此时，离雷云山脉不远的某片荒原上，加门健太郎离开了比高兽的村子。
这时一个绿色的家伙从草原里冒了出来，被眼尖的加门健太郎看到。
“奥加兽！？”加门健太郎先是一愣，随即狂喜：“你没事！太好了~！！”
一人一兽冲向对方，抱在一起（大雾），高兴得转起圈来。
加门健太郎和妹妹萌酱都是第一批进入数码世界的人类小孩，因为小时候曾遇到火灾，虽然被小狗救出，却伤到了手肘，因此不喜欢小动物，性格变得非常内向。几个月来一直生活在星月之城里，不像妹妹萌酱早早加入执法队。后来两个数码世界维度合并，他在中华街遇到奥加兽，两人结下友谊。随后在萌酱的帮助下加入夜之鸦。
这次随夜之鸦小队出战与削除部队战斗本来危险性应该不大的，却因为奥加兽桀骜的性格而在战斗中与队伍走散。随后这两个路痴一头撞进了削除部队的大部队里。并且遇到强敌——黑骑士Knight和他的搭档啄木鸟兽！
黑骑士Knight能使啄木鸟兽超进化为八咫乌兽，并且它的胸口有着“鸟型”的数码记忆体！
奥加兽完全不是其对手，被打伤重伤。就在这时候，身为最古主角的加门健太郎终于爆发了主角气运，强大的心灵力量使奥加兽进化为蛋蛋兽。
原本这是一件好事，但发展过程却完全超出了加门健太郎的控制。蛋蛋兽与八咫乌兽战斗到关键时刻，身上突然出现了封印——泰坦兽破封而出，从噩梦中醒来！
强大的泰坦兽摧毁了一切，削除部队瞬间全灭，被无穷无尽的骷髅大军淹没。若不是八咫乌兽属于特异体，又是飞行品种，恐怕黑骑士Knight在剧情还没开始的时候就要折戟沉沙。
由怨恨中诞生的泰坦兽杀性极重，幸亏唤醒它的是加门健太郎的正义之心，泰坦兽保留了一些奥加兽的意识。但很快，朱庇特兽就察觉到了宿敌的气息，于天空中降下。这激起了泰坦兽的愤怒，它无法忘记当年的仇怨。就此与朱庇特兽发生激战。
打打停停，就进入了雷云山脉，依靠山脉，两人僵持在这里。而加门健太郎追着泰坦兽一路前行，中途也受了伤，只能与奥加兽商定在比高兽的村子分手，他住在这里养伤，直到奥加兽摆脱朱庇特兽。也许是因为泰坦兽的威胁太大，这期间居然没有削除部队到附近来找麻烦，让加门健太郎不禁松了口气。
这段时间，加门健太郎和奥加兽一直雷云山脉附近与朱庇特兽周旋。加门健太郎想要一劳永逸地摆脱朱庇特兽，却找不到一点办法。奥加兽于是说它见到了暴君天使兽X，这样才能顺利逃回来，让加门健太郎陷入深思。
“现在奥林匹斯十二神应该都在找你吧。”加门健太郎思考道，“这样我们还是非常危险！”
奥加兽摇头不屑道：“奥林匹斯十二神都是一群高傲地家伙，朱庇特兽尤其如此，它才不会传讯给其他人呢！”
“但不管怎么说，我们还是很危险。你维持究极体的时间太短，否则我们也不需要在这里耽误这么长时间。”
“我们不能去找暴君陛下吗？他一定会保护我们的吧！”奥加兽建议。
加门健太郎点点头：“你有注意暴君陛下他们往哪里去了吗？”
奥加兽摇头。
“……”加门健太郎只好转而道：“那我们先往暴君国度走，距离这里最近的应该是冰冻荒原。”
没花多长时间，狮鹫兽就飞出了雷云山脉，但泰坦兽的踪迹却一点也没找到。漫无目的地飞了一圈后，只能放弃这种毫无效率地寻找。
“现在怎么办？”藤枝淑乃三女从狮鹫兽身上下来休息。
可惜数码世界不是魔法世界，没有寻路术这种技能。陆峰也没什么好办法，只好决定去寻访墨丘利兽等其他奥林匹斯十二神。
视线回到地球，在某个阴暗的角落里，月光从天窗倾泻下来，让黑暗的阁楼里有了些许阴冷的光辉。大群的蝙蝠尖叫着呼啸而至，被一只修长的利爪拍散、
“你就是这么欢迎老朋友的吗？”许久未曾现身的新种恶魔兽带着嗜血的笑容说道。
倒掉在铁杆上的一排蝙蝠中忽然有一只蝙蝠睁开了眼，放出血红血红的光。“朋友？你是在羞辱我吗？你以为你已经可以无所畏惧的站在我面前了吗？”
对方冷漠的话语无法让新种恶魔兽产生丝毫动摇。“噢~不用那么生气，贝利亚吸血魔兽！我只是充当一个传话人罢了，你需要积蓄力量，不是吗？损耗在我身上可不值得！”
“是什么给了你底气？”贝利亚吸血魔兽借着这只小蝙蝠的身体问道。
“阿戈斯兽！”新种恶魔兽优雅道，“它是一个很特别的家伙，我觉得你和它合作之后可以非常有效的控制所有人类！获得……无与伦比的力量！”
“哦？！”贝利亚吸血魔兽在思考权衡，“详细说说~”
……
第二天，阳光照常遍洒大地。也就是在这一天，一个叫做龙野剑的少年第一次接触了数码兽对战终端。他被好友透拉到街边的游艺厅里参加网络对战，恰好被华原翔看到。
他们本是小时候的朋友，但此时的华原翔正因为第一次任务即被加门健太郎击败而生着闷气，于是误以为龙野剑是在用网络对战来泡女生，急需发泄的华原翔于是冷笑着走入了另一家游艺厅……
在网络游戏的世界里，龙野剑带着他培育的暴龙兽在长着兔子耳朵实际上却是个显示屏的向导兽带领下进入魔神城逛了起来，随后遇到了一同进入游戏的北岛亚美，也发现了北岛亚美的搭档比滋兽胸前的Mu端子。
北岛亚美认为这可能是新手标志之类的东西。这时旁边出现了一个神秘人告诉他们，这个Mu端子表示这只比滋兽是“变异种”、“特异体”。被吓一跳的龙野剑以为这是游戏安排好的增强气氛的环节就没有在意。然后进入对战擂台。
所有的对战擂台都漂浮在空中，有上有下，相距数千米的距离。擂台由一个圆盘形的战斗场地和两块观众席构成。龙野剑是一个学校足球队的主力，也是一名非常优秀的驯兽师，暴龙兽在他的指挥下连连取得胜利。但就在此时，传说中的黑客驯兽师出现了！网络BBS上盛传的黑客驯兽师黑骑士Knight，突然闯入竞技场进行无视规则的对战，败者的数码兽将变成数据垃圾！
来者正是华原翔，他的啄木鸟兽亦具有Mu端子，暴龙兽完全不是强大的变异种的对手，被打得奄奄一息。若不是龙野剑绞尽脑汁想出了各种战术，恐怕连稍稍抵挡都办不到。尽管如此，在啄木鸟兽那带出残像的高速千重喙（ThousandBeak）面前，暴龙兽也毫无反抗之力。最终被啄木鸟兽的螺旋爪（SpiralClaw）贯穿……
披着斗篷的神秘人眼见如此，终于认可了龙野剑的潜力，于关键时刻抛来一枚六边形的标记——Mu端子，龙族数码记忆体！
数码记忆体的力量救下了暴龙兽的命，却也暴露了神秘人的身份。它正是从光之城逃出来的妖精兽！一直被削除部队追捕，为了重建光之城，也为了对抗觊觎数码记忆体的魔王巴尔巴兽，它进入网络游戏的世界寻找新的被选召的孩子！
“是你！？妖精兽！”一身金色铠甲遮住面容的黑骑士Knight惊呼，随即命令啄木鸟兽发动攻击——苦无雨！
这些苦无不仅有攻击的作用，更能将华原翔编写的病毒程序布置在擂台各处，一经发动，便能将整个擂台分解成数据垃圾！
妖精兽无意与Knight僵持，它发动强制传送Transfer将龙野剑和北岛亚美带入了数码世界。
两人的失踪让透吓坏了，警察经过调查后，这件案子很快被转到了网络管理局山木满雄手中。
“可恶~！这些数码兽又在活动了吗？”山木满雄皱眉，心下阵阵愤然，“我的希波丝系统已经成熟，可是面对这些能够在网络世界自由来去的家伙还是不行，必须建立强有力的防御体系……”
在山木满雄的苦思冥想下，他还真的找到了办法，一年后，他联合欧洲DATS与美国51区，将网络世界的根基——13台根服务器，改造成了强大的
这13台根服务器中1台为主根服务器，12辅根服务器。其中9台在美国，2台在欧洲，1台在日本。它们控制着全球互联网域名体系和IP地址的管理，因此可对网络世界进行全覆盖式的防护，甚至网络管理局以此为跳板可对数码世界进行一定程度的攻击。
然而烦心的事情并没有结束，山木满雄很快又收到消息，那些受到严密监视的被选召的孩子又消失了！
呃～我为什么要说“又”呢？