黎元洪和段祺瑞的冲突终于在是否对德宣战这件事上完全爆发出来。
最初一段时间，黎元洪还是相当能忍耐的，他做副总统那么久，自然早已学会韬光养晦，遇事忍让。而段祺瑞脾气虽大，但好歹也是留过洋的人，多少有些遵行宪法的观念，也不至于给黎太过难堪。
俗话说，阎王好见，小鬼难拿。有些事情反而是坏在了手下那些人手里。
段祺瑞早年留学德国，最少还能表面上表现出对黎总统的尊重，但他的手下就很难做到，比如段祺瑞最信任的“小扇子军机”徐树铮就是最难说话的一个。
徐树铮很有才干，而且极得段祺瑞倚重，段祺瑞怠于政务，每天总要下棋、打牌，把时间消磨在这上面，公务基本上由徐帮忙处理。而且徐十分能干，总能将政务处理得井井有条，又对段忠心耿耿。时间一长，段就对其极为依赖，仿佛没有小徐自己就不知怎么处理公文。
但徐树铮这人最大的毛病就是恃才傲物，飞扬跋扈，说话做事盛气凌人，丝毫不留情面，甚至是老段的情面也不讲。包括段的亲信，见到其都绕着道走，敬而远之。
反正小徐替老段把能得罪的人都得罪光了。
从用人识人这方面，老段跟袁世凯比差得太远。老袁手下有一帮人替他做事，而老段只有一个小徐可用。
段祺瑞任国务总理，便让徐树铮任国务院秘书长。
段祺瑞做太上总理，让黎元洪当橡皮图章。
这里面的起因是民党最早为限制袁世凯而匆匆制定的所谓《临时约法》。由于当时约法对总统府与国务院之间的权限不甚了了，而老段和老黎在平日里也不太互通声气，因此在一些事务上难免出现误会与冲突。按照约法规定，国务院所决定的重大事件，应当呈递给总统府，由大总统盖印发布。徐树铮是国务院秘书长，因此经常要往返于国务院和总统府办事，但这个小徐经常不给黎总统说明事件来由，只管催促总统赶快盖印。要是黎元洪多问上几句，小徐脾气上来就敢当面顶撞。徐树铮这种盛气凌人的态度，若不是总统府秘书长张国淦从中斡旋调解的话，黎总统还真是有点吃不消。
有一次，徐树铮拿着山西省三个厅长的任命书来请总统盖印，黎元洪刚刚问了几句这三人的从前来历，小徐就不耐烦的说：“大总统问这些干什么？请赶快盖印，我事情忙得很！”这下可真是把黎元洪气得半死。等徐树铮走了，黎元洪恨恨的跟手下人说：“我本不想要做什么总统的，可你们看看，这些人目无总统到了什么地步！”
总统府秘书长张国淦两头受着夹板气，自然日子好过不了，干了三个月，终于受不住辞职走人。黎元洪做了总统后，一大帮湖北老乡都攀附到他的门下，总统府被人戏称为“湖北会馆”，这帮人可不愿眼看着黎元洪手上无权，在这些人的鼓动下，总统府与国务院之间的矛盾更是迅速激化。
在张国淦辞职之后，代替他的是人称“报界三杰”之一的参议员丁世峄。丁秘书长可没有张国淦那么好说话，他的性格和小徐倒是有点像，一向是言辞犀利，做事干练，岂能容忍小徐那样骄横跋扈的作风？这不，他一就职，马上就搞了一个“府院办事手续”草案，名义上是为了划分府院权限、规范办事手续，但说白了，其实就是要为总统府争得权力与地位……你国务院不能把总统府看成是一个盖印的机器啊！…。
丁秘书长的提议得到了黎总统的支持，但引起了国务院那边激烈的反对，他们认为这个草案就是“总统争权”，是用总统制来替代内阁制，这如何使得？段祺瑞身为内阁总理，当然不能对这事坐视不理，他随后便请假不出，以此来向黎元洪施加压力。
黎总统其实也心虚得很，他也不想把事情搞大，因为老段不出来理事的话，他还真维持不了局面。于是黎元洪又找人出来斡旋调解，说他本人是尊重《临时约法》和责任内阁制的，绝没有要恢复总统制的想法；之所以搞出“府院办事手续”的草案，主要是想协调府院之间的关系，避免误解，减少矛盾。趁此机会，黎总统又向老段投诉徐树铮等人在总统府嚣张跋扈的种种做法，并希望老段能对这些人稍加约束。
既然黎元洪服了软，老段也就坡下驴，销假回来办事。双方经过一番调解和讨论之后，都做了让步和折中，老段还特别指示小徐，以后交给黎总统核阅的文件，一定要亲自递送，并且一定要注意收敛。于是，“府院办事手续”的风波就暂时平息了下来。
一波刚平，一波又起，这次却是来自国务院内部，内务总长孙洪伊与秘书长徐树铮发生冲突。孙洪伊是清末著名的立宪党人，在民国初年的组党热潮中大出风头，他此时与黎总统及林副总统的关系打得火热，自然免不了与老段、小徐发生矛盾。
小徐仗着老段的信任，在国务院一手遮天是人所皆知，偏偏遇到孙洪伊也是眼高手低的朋友，他的为人争强好胜，而且政治能量也不小，用当时人的话来说，这两位在一起，几乎就是“日日在火并之中”。
老孙是直隶人，年纪比小徐大十岁，哪里看得惯小徐这个嚣张劲。两人的日常口角就不消说了，这里说几次大的冲突。第一次冲突是徐树铮擅自以国务院的名义发布调令、命广东、福建、江西、湖南四省军队会剿护法军李烈钧部的事情引起。本来这事已经在国务会议上讨论过，决议是去电调解，而小徐却私自拟了一个讨伐的命令拿给黎总统盖印，结果被拒绝了。小徐一怒之下竟然擅自以国务院的名义将讨伐之令发出，结果引起其他内阁成员的一片哗然，孙洪伊当面指责小徐违法越权，而小徐也不甘示弱，两人就此结下梁子。
紧接着，在8月下旬的时候，众议院将湖南议员提出的一个议案转给了国务院，其中对现任福建省长的胡瑞霖提出查办要求，理由是其在任湖南财政厅长时有贪污等劣迹。胡瑞霖是皖系的人，徐树铮接到议案后擅自以国务院的名义为胡瑞霖辩护，并将议案驳回。
孙洪伊得知后十分恼怒，他怒气冲冲的找到老段说：“对民政长官的处分问题属于内务部的职权，我自己分管的事情，我竟然一点都不知道，这算哪门子王法？如果秘书长可以包办一切，那我这个内务总长还做它作甚？”黎总统得知此事后，也召见并慰留孙洪伊说：“就是啊，现在哪里是责任内阁制，简直就是责任秘书长制嘛！”
被这么一闹，老段也觉得这事做得荒唐，随即命小徐将咨文追回，徐树铮表面上答应，实际上却不了了之。由此，孙洪伊又和老段卯上了。
中国的事情，就是千万不要轻视了小人物的作用，千里之堤溃于蚁穴，从古至今，有多少大人物是被小人物给拖下水并一蹶不振的！徐树铮和孙洪伊两人在前台斗法，两位后台老板免不了在私下里抱怨，段祺瑞说：“这孙总长也太不象话了！”黎元洪则说：“徐秘书长未免欺人太甚！”…。
一个月后，孙洪伊为整顿内务部，裁减了部里的三十多名职员。由于这些被裁者大都和北洋系的头头脑脑有着这样或那样的关系，他们岂能善罢甘休，而徐树铮也想利用他们来把孙洪伊给搞下去，于是便怂恿他们向平政院上诉。结果，平政院裁定撤销内务部原令，被解职的那些人仍旧回去上班。
平政院是袁世凯时期设立的一个政治仲裁结构，孙洪伊不但不接受这样的裁定，反认为平政院是一个非法机构，随后他拟将此案提交国会审议。徐树铮害怕国会接受孙洪伊的意见，于是决定先下手为强，他在经过老段的同意后拟定了一道执行平政院裁决的命令，准备交总统府批准。
徐树铮的这道命令，不但内务总长孙洪伊拒绝副署，黎总统也拒绝盖印，府、院之间反复争执，酿成政治风波。老段自上次就对孙洪伊十分不满，于是暗地里给孙传话，让他辞职算了。但是，孙洪伊非但认为自己没有错，而且口气十分强硬，拒不辞职。
老段这回真动怒了，他在十月中旬下了一道将孙洪伊免职的命令，让小徐拿给黎总统盖印。黎总统见后十分震惊，坚决不肯用印。徐树铮为这事来回跑了四趟，黎总统连拒四次，丝毫不肯让步。最后一次，徐树铮威胁黎元洪说：“总统不肯盖印也无妨，以后我们不准孙洪伊参加国务会议！”黎总统大怒：“你说的这是什么话？！”徐树铮冷笑道：“什么话？这是段总理的原话！”
过了几天，很少到总统府的段总理突然气呼呼的出现在黎总统的面前，他拿着将孙洪伊免职的命令交给黎元洪，说：“总统要是不肯免孙洪伊的职，那就把我免职了！”
老段下了最后通牒，黎总统也只好退让，不过他还想给双方留点余地，也给自己争回点面子，于是他建议：“免职令还是不下的好，让他自动辞职！我来给他做做工作！”
偏偏孙洪伊这位也是个死硬派，他死活不肯主动辞职，还大声嚷嚷道：“什么官我都可以不做，只要维持我的人格！我不辞职，不出洋，不外调！”
黎总统也说服不了他，这下事情闹僵了。一方面，要是不把孙洪伊赶出内阁的话，段总理的面子没地方放，以后也就没了威信；另一方面，孙总长坚持自己没有错，主动辞职就是失却人格。双方都不肯妥协，把黎总统夹在中间，左右为难，束手无策。
最后，黎元洪只好把北洋系的大佬徐世昌给请出来，希望他来调解这个纠纷。徐世昌是个老官僚，见多识广，他一眼就看出了其中的问题所在。于是，徐世昌提出一个方案，那就是将孙洪伊和徐树铮同时免职，原总统府的秘书长张国淦出任国务院的秘书长。张国淦与府院之间的关系都不错，由他出任国务院秘书长的话，双方的沟通就相对好很多了。
老段用人，从来就是“用人不疑、疑人不用”，他对部下的袒护是出了名的。对于徐世昌的提议，老段开始不同意，因为他并不希望徐树铮被免职。直到后来国会要弹劾徐树铮，老段才不情愿的同意了这个方案，但又加了一条，那就是将总统府秘书长、号称黎元洪“四大金刚”之一的丁世铎也一并免职。
11月下旬，孙洪伊、徐树铮、丁世铎三人先后被免职。老段这次以一换二，而且徐树铮仍旧是陆军次长，勉强占了上风。至于被免职的孙洪伊，他转身又回到了国会，仍旧对老段不停的发难。
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