瘟疫的突然猛烈蔓延令孙坚感到有些措手不及，按理来说冬天里是不太容易传播瘟疫的，但是这一次的瘟疫也确实是来势汹汹，孙坚急于攻下允吾城来，所以对于尸体的处理确实存在着一些不太到位的地方，瘟疫很有可能就是因为这些不但增加又没有处理的尸体所造成的。
不仅仅是孙坚，韩遂还有董卓这边也存在着比较严重的尸体处理上的问题，之前董卓在攻城的时候，让投石车将一些尸体直接从城外投入进城中，但是那些投入城中的尸体主要都集中在外城里，后来董卓攻破了外城，结果他自己的士兵就要站在那些没有来得及处理的尸体堆中了。
即使董卓采取了一些行动去处理这些尸体，但是实际上整个尸体的处理情况还是比较糟糕的，伴随着尸体的腐烂很多能够传播疾病的蚊虫和老鼠就开始活跃，它们大大的加速了各种疾病的传播，而韩遂的士兵有则有很多都在此之前就已经感染了某些疾病，只是随着时间的推移这些疾病感染的情况变得更加糟糕，局面开始越发有些失控了起来。
关键攻城战一直在如火如荼的进行之中，即使很多士兵的身体状态和精神状态都已经非常糟糕了，但是他们所收到的命令也都是进攻，进攻，再进攻，仿佛他们的生命都是完全不值钱的，如同那地上的蝼蚁一般，可以随时随地的抛弃，随时随地的被消灭，而不会有人感到惋惜。
终于当瘟疫严重到一定程度之后，董卓手下的士兵率先开始放弃进攻，也不管董卓此时再对他们下达什么样的命令，反正都是一死，我就摆烂了，你要杀便杀悉听尊命！
董卓当然很气愤，当即下令处死了不少不愿继续进攻的士兵和将领，但是这种情况根本没有得到扭转，反而让更多的将士摆烂，眼看如果董卓继续这么下去只会出现两种情况，要么是他把自己手下的将士都杀完，然后他自己拿着武器去攻城，要么就是激起将士心中的怒火，让他们决定彻底的反抗自己，那样就会出现营啸甚至是叛变，无论哪种情况对董卓来说都不是什么好事。
于是慢慢冷静下来的董卓便只能够下令先停止攻城，先想办法将内城到外城之间的尸体清理干净，然后等待军中的瘟疫稍微好起来再说。
韩遂这边的情况可能比董卓稍微要好一些，可能是因为之前很多感染瘟疫的士兵都在与董卓的那场大战之中被杀或者是逃跑了，反而让韩遂军中感染瘟疫的情况比较轻，但是这并不意味着韩遂的情况就很好，因为时间一直拖下去的话，城中的粮草将会越来越少，除非城中的将士和老百姓都因为这场瘟疫而死完了，否则粮草的消耗依然很大。
而且很多人病倒之后就丧失了行动力，从而使得剩下略微健康一些的人要承受更多的工作，这就使得他们原本就已经很紧绷的情绪更加紧绷，很多人都已经到了即将要崩溃的边缘了，也有很多人觉得自己还不如病倒的好，至少还能够休息。
在这种情况下竟然还真有些人主动去尝试让自己染病，而这种现象对于韩遂来说当然是非常可怕的，他只得下令将一些感染比较严重的将士或者老百姓直接杀死，或者隔离在某处，其实隔离也就相当于是放弃他们，让他们自生自灭了。
每天都会有大量的尸体被丢弃到挖好的坑洞之中掩埋起来，或者是集中到某个空地里点上一把火给烧掉，然而尸体似乎总是越少越多，而能够有力气去搬运尸体的人却越来越少，很多人前一刻还在搬运地上的尸体，后一刻自己就成了需要被别人搬运的尸体了。
在这种情况下处理尸体的效率不断下降，以至于韩遂即使想到了各种各样的办法，但实际执行起来的情况都相当糟糕，尸体总是越来越多，瘟疫也似乎越来越严重，看来不用等到城中的粮食耗尽，这座城市就将会因为这场瘟疫而成为彻头彻尾的死城了。
许多人连吃饭的力气都没有了，索性就躺在地上或者某个角落里边，静静的等待着死亡的降临，或许对于他们之中的很多人来说，死亡真的也算是一种解脱了。
但是即便如此韩遂手下依然还是有一部分将士并没有彻底放弃希望，没有放弃抵抗，依然在顽强的守卫着这座城市，他们不愿意投降，不愿意成为东汉朝廷的俘虏，宁愿战死沙场，对于他们来说在战斗之中死去也是要比在瘟疫之中死去好很多的死法。
孙坚这边的情况相比之下竟然还是最好的，但是其实也好不了太多，关键是孙坚这边的士兵居住空间是最狭窄的，允吾城北面的地形整体就很复杂，士兵的营地必须在复杂的地形上去建造，这就让士兵平日里的各种行动都很不方便，有些地方高低落差很大，看起来直线距离很近的地方，却往往需要绕上很长一段路，这毫无疑问是会让人感到十分头疼的情况。
因为这让他的军队在遭遇到瘟疫的袭击后，会有更多的士兵因为身体素质下降乃至于失去行动能力，而很难继续在复杂的地形中前进，所以即使孙坚军中感染瘟疫的将士是最少的，但是受到的影响却也并不算小，很多被迫扎营在比较偏僻而陡峭区域的士兵，就在感染瘟疫之后悄悄的死在了这些地方，直到一段时间之后才会有其他士兵来到他们这里去发现他们的尸体。
而他们的尸体却也没有办法被带走，只能够想办法原地掩埋或者焚烧，相比于韩遂和董卓在地势比较平坦的区域上能将大量的尸体集中处理，孙坚这些死掉的士兵就很难进行集中处理了，因此尸体的处理效率也会大大降低。
一来二去之下，孙坚全军上下的战斗力也在持续下降之中，很多后续乘船登陆的士兵都不愿意前来，因为他们也害怕会被这场瘟疫所波及，于是便只能够在登陆后的河滩之上进行扎营。