于谦薛禄等人来到湖广后一个月才基本摸清当地比较复杂的军政情况。他们发现澧州以东驻扎有覃有胜的岳州兵两千多人；且打探清楚了澧州、石门、慈利等三县的叛军部署，实际上比较脆弱。此时三县仅有“叛军”主力三百人，另在当地征募了近千人的农兵，那些农兵几乎没有形成战斗力，还在训练；主要兵力都驻扎在澧州，可能他们也察觉到了东部官军的行踪。
三县距离叛军的统治中心辰州较远，难以得到增援。虽然这个时候薛禄还没准备好对叛军作战，从各地动员调兵也未聚拢；但于谦仍建议让他先收复三县，开个好头。
薛禄当即下令正在护送火炮辎重的马岱率两千人离开水路，和覃有胜合兵一处，即刻突袭澧州，歼灭其守军主力。
几天之后，三县兵马的指挥孔武阳派快马向辰州告急，旋即被围在澧州。覃有胜马岱军四千多人，以绝对优势兵力对澧州各门发动进攻，孔武阳抵抗了三天，城门和城墙都被损坏严重，将士伤亡惨重疲惫不堪。
黄昏时分，官军派了使者入城劝降。孔武阳召集队正总旗官商议，认为火药箭矢告罄、城池守不住了，也等不到援军到来，再抵抗下去毫无意义。
“很多兄弟家有老小，我希望大伙至少能留一条性命，活下去。”孔武阳诚恳地对众将说。
众人沉默良久，终于有人说了一句：“官府会怎样处置咱们？”
孔武阳道：“按理他们会有司法定罪，可能有一些人会被判死罪，一些人关大牢，大部分人兴许会被流放戍边罢。但愿兄弟们将来某一天还能在家乡见面。”
其中的武将不少是建文余臣，听罢不禁神情黯然。家乡在何方？武陵大山中么，或许真正的家乡应该在南直隶。
因无人反对，孔武阳随后见了来使，答应他们在次日早晨缴械投降。当晚孔武阳下令烧毁了所有和辰州来往的机密信件和卷宗，炸毁了火枪一百多枝、炮两门。
次日凌晨，朱雀军三县守军最后一次奏响军乐，将城头已经残破不堪的军旗缓缓降下，全军解除了兵器。老兵在军乐中痛哭失声，农兵因刚加入朱雀军仍茫然不已，他们不久大部分只是澧州各地的农民。
南门开启，幸存的朱雀军官兵约一千人手无寸铁从城门出来，准备向官兵投降。城外是覃有胜马岱的大批人马严阵以待。朱雀军指挥孔武阳等人骑马上前，送上佩剑和军旗表示投降。马岱因为在三天的攻城战中也伤亡惨重，顿时大怒，当场要孔武阳跪下磕头羞辱他。不料覃有胜却劝阻下来，好言道接受叛军投降，让孔武阳约束将士听从安置，不得混乱云云。
孔武阳被要求率军到瓮城集结。瓮城里一旦前后的门关闭，城上步兵防守，就等于进了死胡同。但他们既然已经投降，只能答应要求，孔武阳下令各队进了瓮城，然后被关在了里面。
及至下午，官军用吊篮送了吃食下来，将士稍安。
覃有胜向正在常德督促军|运的总兵官薛禄告捷，信中提及了攻城战惨烈折损了不少人马，叛军投降时军纪整肃，毁掉了火器信件等事。薛禄心里有个崇拜的偶像，便是开国大将常遇春，常将军一声戎马所向披靡、敌军无不胆寒，但此人嗜杀；薛禄也不例外，他认为善战的大将都是白骨堆成，正所谓一将功成万骨枯。于是薛禄当即派出密使，下令将俘虏全部就地处死，以震慑叛贼。
覃有胜等见到密使及总兵亲笔军令后，不敢怠慢。马岱很轻松地说正好俘虏在瓮城里，杀起来十分方便；但覃有胜是个很有点官场头脑的人……几个月前他就应该去攻打三县的，当时下令的人是朱勇，不料朱勇很快战败；覃有胜怕自己打下了三县，但官军新败增援不力，可能重新丢失，到时候会反被治丢城失地的罪，所以才按兵不动。
这回薛禄又下令他杀俘，军令当然只能遵守，可是覃有胜又明白，杀俘不仅不是光彩的事，而且真要追究起来是违律法的。大明总有国法铁律，虽然朝廷可能不会追究屠杀反叛者的责任；但未经司法定罪，擅自杀人总归是说不清楚。何况就在城里杀俘，影响太坏。
……两天之后，孔武阳得到官府的命令，让他把全部将士以总旗为单位，分批离开瓮城。孔武阳询问要去哪里，但没得到回答。
接下来大约半个时辰就会开城门一次，会有一队全副武装的官兵在城外等候，押送一个总旗六十多人的俘虏离开澧州。当天中午，孔武阳随另一个总旗的人马离开了，剩下的部将都纷纷向他告别，期待有朝一日能在他乡重逢再叙生死之交。有个将领强笑道：“若是哪天回去了，孔指挥的小子得认俺做干爹。”孔武阳也回笑道：“就这么说定了。”
在官兵的催促下，孔武阳率领几十个将领出了城门。刚出城一会儿，又来了一队官兵，拿着麻绳不由分说就将俘虏全部反绑，又用绳子栓在一起，防止他们单独逃跑。
他们被押着向东步行，沿大路走了一段距离，然后就被驱赶上了一条小路，几十个人排成长长的一路。小路前面是澧州东面的一片山林，孔武阳发现路上丢着朱雀军使用的水袋铁盔等物，证明之前的人也是走的同一条路；而不是像官府所说，把他们分开收押。孔武阳顿时觉得十分不妙。
他的脸色越来越苍白，但毫无办法，手被反绑，周围有披甲执锐的官兵看着。
行至山林边上，又见一队松散的官兵在那里，有的坐在地上啃着干粮喝水，有的冷笑着看着俘虏。孔武阳被驱赶着走进山林，没一会儿，就看见林子里有个几个大坑，坑边的泥土黏糊糊的全是血，鼻子里也闻到了一股让人作呕的腥|味。众人顿时哗然，纷纷停止了前行，想要跑但绳子栓在一起，一时混乱人们不可能一起向一个方向跑，顿时许多人摔倒在地。一小支马队很快冲了过来，扬起皮鞭在人群里胡乱挥打，顿时惨叫痛呼不已。
人群已经十分混乱，两股官兵戒备将六十多人围在中间，但并不马上杀他们。很快十几个官兵出列，一员小将抽出腰刀砍断了绳子，将分开的十几个人先鞭打驱赶到一个大坑边，凶神恶煞地喝令他们跪下；后面站着一排拿刀的官兵，一声令下，随即挥起军刀，向俘虏的后颈砍去，大部分人的脑袋并没有被砍下来，但几乎是活不成了，当场鲜血飞溅，人们摔进了土坑里，另一些持长枪的官兵则在坑里胡乱戳了一顿，确保俘虏全部被杀死。
孔武阳很快也被驱赶到了坑边，他平时受人尊敬，就连皇子张宁和他说话也不会大呼小叫，这时却被像牲口一样鞭打，来到坑边腿上顿时挨了一脚，不得不跪倒在前。他向下一看，里面全是狼藉的尸体，许多死尸大睁着眼睛，泥土和血都搅合在了一起，场面十分恐怖。孔武阳不再挣扎了，他闭上了眼睛，一时说不上是懊悔还是什么感受，最后浮现出了家里尚未成人的小儿，希望他们母|子能好好活下去。