15年3月间冯玉祥离平地泉宣布出国赴俄，于23日抵达库伦。代冯出任国民军第一军司令的张之江却请辞西北边防督办和察哈尔都统，并保李鸣钟和鹿钟麟继任。北京阁议复电慰留。25日国民一军将领一致拥护张之江，张不得已勉强主持国民一军大计，所谓大计就是固守京畿，倘无和平办法及正式交代，决不放弃京畿。倘欲国民军让步，须通过和平途径，武力压服决不接受。这都是国民军中鹰派的主张。鹰派的代表人就是鹿钟麟，他认为国民军以前应付滦州、沧州、保定、朝阳、大同各战线都能支撑，现在缩短了战线，怎么不能守一个北京城。当时国民军的兵力共有步兵十一师，除甘、热、察、绥留四师外，在京畿附近的有步兵七师，骑兵两师。而国民二、三、四、五四军残部已完全撤至长辛店及北京西郊，实力仍完整，足可一战，所以应该凭借掌握北京作为谈和的条件。
4月1日国民军将领在北京警卫部开紧急会议，一军鹿钟麟、韩复渠、郑金声、门致中、程奇圣。二军弓富魁，三军胡德甫，五军方振武均出席，一致决议听鹿钟麟指挥、备战、筹饷、谋和。一、二、三、五各军并组联合办公处。
当时对北京具有威胁性的，是奉军和直鲁联军，这两支军队都是奉军系统，由于奉军对国民军有威胁性，同时由于有郭松龄联结国民军对奉张倒戈的一幕，所以奉张咬牙切齿派兵入关，当然要消灭国民军以报一箭之仇。在这个时候，国民军内部多以联吴拒奉为改善当前困境的一着棋。由于直系巨头曹锟在北京，也可以说在国民军手中，如果恢复曹锟的自由，就是疏通直系之路。
和平运动本是由北京父老王士珍等组织调人团向各方疏通，奉张表示需国民军放弃直隶、热河、京畿三区为先决条件。这当然是国民军无法接受的，于是国民军乃派王乃模、何遂赴保定与吴军先头部队田维勤搭线，接触情况颇顺利，田并派耿乃熙入京，会见鹿钟麟，鹿且领衔国民军将领公宴耿，即席表示欢迎直军入京，驻防南苑，共同御奉。4月9日丁春喜电鹿钟麟，谓吴佩孚必先去段，恢复曹锟自由，才有谈和余地。耿乃熙亦以相同意见告鹿。吴的条件驱段释曹，比张作霖的退出北京和直隶，热河要好办得多，因此鹿钟麟遂决心发动政变。
15年4月9日夜10时，北京警卫司令鹿钟麟先下手为强，派出大刀队监视电话局，断绝通话，另派大刀队、保安队5000余人分守九城和交通机关，由东单牌楼起断绝行人。以（一）金佛郎签约。（二）屠杀学生。（三）挑拨战争诸大罪包围执政府。宣布讨段迎吴。段率安福系诸要员在国民军进入执政府前逃入东交民巷。
北京警卫司令部于4月10日发布布告云：
“为布告事，照得段祺瑞自就任执政，祸国殃民，无所不至，其最巨者，如擅定金佛郎案，枪毙多数学生，尤为国人所痛恨。其左右亲信皆系安福余孽，逢奸长恶，违法营私，挑拨战事，涂炭生灵。……本军为国家计，为人民计，迫不得已……。并电请吴玉帅即日移师入都，主持一切。京师地方秩序，仍由军警负责维持，合亟布告商民一体周知，各安营业。倘有造谣生事，妨害治安之徒，一经捕获，即依法惩治，以警效尤……。中华民国十五年四月十日。总司令鹿钟麟。”
北京政变后，段祺瑞及其亲信逃入东交民巷，即令国务院发布两则通电如下：
“十万火急，各省区军民长官鉴，本月九日夜半，鹿钟麟率兵围困府院，截断交通，意图危害。不特一切政务无由执行，且致首都秩序不保，市民恐怖异常。在此扰乱期间，所有捏造事实，假借名义之文件，概属无效。各省区地方治安，均盼军民长官妥为维持。奉谕特达。国务院。蒸一。”
“十万火急，各省区军民长官钧鉴，蒸一电计达，本院暂行停止办公，执政安全。国务院。蒸二。”
北京国务总经理贾德耀于15年4月12日通告外国驻北京的公使团，告以政变经过，内云：
“径启者，顷因京畿警卫总司令鹿钟麟，突于本月九日深夜之际率兵围困府院，意图危害，以致一切政务之执行，暂时陷于停顿之状态。本总理诚恐上述事变之真相及其结果，不无足以引起贵公使及各国公使深切之注意，是以不得不说明其要点如左：
（一）现在段执政虽为在京一隅之暴力所障碍，暂时不能得使其职权，然未尝因此而为辞职之表示。且对于全国治安业经通电训令各省区军民长官，本其职守，妥为维持。并严重声明，在此纷扰期内，所有一切捏造事实及假借民意之电文，概属无效。