在喧嚣与狼藉彻底平息之后，庞大的回收作业有条不紊地展开。
二号机被专业的工程队伍固定在巨大的海上平台上，连同那具同样庞大的鱼天使尸体，一同被运往NERV日本总部。
在交接的混乱与掩护之下，一架不起眼的运输机悄然降落。
在没有引起任何注意的情况下，加持良治将一个手提箱，不动声色地交到了碇源堂的手中。
箱子里，便是从SEELE德国支部窃取而来的，人类补完计划最关键的钥匙之一——亚当的胚胎。
之后，明日香也加入了NERV，然后被张启以没有房间为名，将想要和他一起住的明日香塞给了葛城美里。
之后又回到了短暂而平静的日常，但对于真正的棋手而言，一场战斗的结束，仅仅是另一场博弈的开始。
SEELE那群古老而顽固的幽魂们，自以为掌握着通往神域的全部地图。
他们拥有亚当的灵魂，以及其在第二次冲击中四分五裂的身体残片；
他们解析出了S2机关的理论，控制着人类的母亲莉莉丝，以及唯一能够抑制其力量的朗基努斯之枪。
在他们的剧本里，万事俱备，只欠一个东风——那便是将所有前来叩门的使徒悉数歼灭。
也正因如此，他们才会默许碇源堂将第三新东京市打造成一个巨大的要塞、并将莉莉丝作为勾引使徒前来的诱饵。
这样当NERV解决完全部的使徒之后，他们就能直接启动人类补完，让人类回归莉莉丝的母体，成为究极生命。
然而，他们低估了棋盘上另一个玩家的野心。
碇源堂，这个看似忠诚的执行者，早已在暗中布下了自己的棋路。
他通过绫波丽这一系列的克隆体，巧妙地将莉莉丝那懵懂而原始的灵魂牢牢攥在了自己手中。
现在，经由张启和加持良治的运作，作为使徒“父亲”的亚当，也已落入他的掌控。
在碇源堂的视角中，棋盘已然清晰。
一旦最后一只使徒倒下，就是他掀翻棋盘，无视SEELE的规则，强行启动属于他自己的“人类补完计划”的时刻。
而这两边都不知道的是，另一个棋手也悄然加入了棋局……
“还真是厉害啊……”
在戒备森严的私人实验室内，张启凝视着全息屏幕上投射出的、复杂到令人头晕目眩的基因图谱，由衷地发出了一声赞叹。
这是从那块微小的亚当胚胎组织上解析出的遗传信息，是生命之树的根源，是所有使徒的原点。
它的到来，连同之前获得的三具使徒尸体——水天使、昼天使、雷天使，以及刚刚送达的鱼天使样本，终于为他补齐了解析S2机关的最后一块，也是最核心的一块拼图。
正如他与强殖装甲世界的他所共同推测的那样，S2机关的运作原理与兽神将和巨人殖装体内的核心动力单元，存在着惊人的相似性。
这在生物学领域叫做趋同进化，两种或两种以上亲缘关系甚远的生物，由于栖居于同一类型的环境之中事，会演化成具有相似的形态特征或构造的现象。
为了支撑超级生命体的能源，在不同宇宙之中的两个文明都发展出了类似的技术。
它们本质上都是一种基于特定细胞组织的能量转换器官，能够直接从被称为“狄拉克之海”的虚数空间中，汲取近乎无穷无尽的能量。
这些能量随后被使徒的特殊细胞结构转化为维持其庞大躯体活动，以及展开AT力场所需的动力。
但两者的实现方式，却走向了截然不同的技术路线。
强殖装甲世界的“降临者”，在生物科技上的造诣显然更高。
他们能将这种细胞级的能量提取器官进行高度集成化、晶体化处理，最终形成类似巨人殖装的能源增幅装置或兽神将水晶体那样的稳定结构。
这种高度集成的优势在于“可控性”。
不仅能自由定义兽神将的能力，还能在创造出微型黑洞之后将其关闭，收放自如。
而这个世界的第一先民，他们的造物——使徒，其S2机关则是一种更为原始、粗犷的设计。
能量提取器官并非一个独立的核心，而是弥散性地分布在全身的细胞组织之中，与生命体本身深度绑定。
这种设计的后果便是能量的不可控性。
就像引发第二次冲击的亚当，它在南极苏醒时所释放的能量，直接将自己都炸得四分五裂，威力巨大，却也伤及自身。
不仅如此，使徒的能力相对单一，多数还不具备人类的形态。
如果说降临者的技术是精密的“外科手术刀”，那么第一先民的技术大概就是一把开山斧。
但只有一点，这个世界的第一先民是领先于降临者的，那就是对于灵魂的研究，其外在体现就是AT立场。
一瞬间，无数的线索在张启的脑海中串联、碰撞，最终形成了一个大胆推论。
这样的话，第一先民制造出这些被称为“生命之果”与“智慧之果”的生命种子，并且为其设计了如此残酷的“冲击”机制，其真实目的，他之前已经能猜到几分了。
这不仅仅是为了传播生命，而是一场横跨亿万年的、无比宏大的文明筛选实验！
他们通过设定这种“生存竞争”的规则，逼迫最终脱颖而出的生命体，在进化与融合的道路上不断前行，最终筛选出那个能够完美驾驭、精准控制S2机关能量的究极生命形态。
那个生命，将成为他们文明曾经存在过的、最辉煌的证明。
“这可真是……越来越有意思了……”
张启的眼中闪烁着难以抑制的兴奋光芒，他仿佛看到了两条通往生命终极奥秘的、截然不同却又可以互补的道路。
强殖装甲世界的降临者，更专注于物质侧的极致研究。
他们创造的兽神将，是生物改造的巅峰，其究极生命体甚至能够凭借自身的意志扭曲物理法则，凭空创造与湮灭物质，堪称行走的人形天灾。
而这个世界的第一先民，则似乎将更多的精力投入到了精神、或者说“灵魂”领域的研究之中。
AT力场，人类补完计划，LCL之海……这些概念无一不指向了那个看不见、摸不着，却又真实存在的领域。
物质与灵魂，肉体与精神，这两者所构成的才是生命……