第三新东京市的郊外，原本荒芜的松代地区被临时划为了禁区。
一圈又一圈的铁丝网和高墙将这里与外界彻底隔绝，荷枪实弹的联合国部队三步一岗，五步一哨，肃杀的气氛几乎让空气凝固。
这里，是EVA三号机的启动实验场。移动式的指挥拖车内，赤木律子正有条不紊地下达着指令。
而在她身旁，通过通讯屏幕，可以清晰地看到已经穿上战斗服，正准备进入插入栓的明日香。
“准备得怎么样了，明日香？”
律子推了推眼镜，问道。
“哼，这种小事，还需要问吗？”
明日香的声音透过扬声器传来，带着她一贯的骄傲与自信，
“不过是启动实验而已，别把我当成那个笨蛋真嗣。”
律子笑了笑，只是看着工作人员将橙色的插入栓缓缓推入三号机漆黑的脊背。
那台EVA的涂装是深邃的暗蓝色，夹杂着不祥的黑色，静静地矗立在巨大的拘束架中，像一头沉睡的史前巨兽。
……
与此同时，在NERV本部一处僻静的角落
葛城美里冰冷的枪口，正死死地抵在加持良治的太阳穴上。
“美里，用这种方式打招呼，可有点太热情了。”
加持良治颇为无奈的说道。
“别跟我嬉皮笑脸的，加持。我查了所有关于EVA的资料，除了它们是对抗使徒的最终决战兵器外，一无所获。”
“我一直以为，使徒的目标就是第三新东京市，就是NERV本部。
直到我回想起一件事……”
葛城美里见状气不打一处来。
“哦？”
加持良治饶有兴致地挑了挑眉。
“运送二号机的那次，”
美里咬着牙，每一个字都像是从牙缝里挤出来的，
“我原以为鱼天使是为了袭击二号机而来，但仔细想想，根本说不通！”
她顿了顿，枪口又往前递进了一分，冰冷的金属紧贴着他的皮肤。
“结合你当时的反常举动……加持，虽然你是个不折不扣的渣男，但你绝不是那种会在关键时刻临阵脱逃的懦夫。
所以，合理的解释只有一个——使徒那时的目标，根本不是二号机，而是你！
或者说，是你拼了命也要从德国带回来的那个东西！”
“呵……你这么说，我很高兴哟，美里。”
加持轻笑一声，似乎对她的夸奖很是受用。
“少废话！”
美里低吼道，
“快说！NERV到底在隐藏什么？EVA的真面目……又到底是什么！”
她可以肯定，这个男人肯定知道些什么。
加持良治脸上的笑容终于淡去，他深深地看了一眼美里，眼中闪过一丝复杂难明的情绪，最终化为一声微不可闻的叹息。
“这还真是个，很难回答的问题啊……”
就在这时
“呜——呜——呜——”
刺耳的警报声划破天际，红色的警示灯在走廊的每一个角落疯狂闪烁。
是最高级别的警报，使徒来袭！
加持良治立刻摊开双手，露出了一个“你看，不是我不想说”的无奈表情。
葛城美里死死地咬住下唇，牙龈几乎要渗出血来。
她不甘地瞪了加持一眼，最终还是猛地收回了手枪，转身用最快的速度冲向中央作战指挥室。
当她推开大门，冲到指挥台前时，主屏幕上显示的画面让她瞬间愣住了。
那是一台EVA的身影，正是刚刚还在进行启动实验的三号机。
但屏幕一侧跳动的数据流中，一行蓝色的识别代码却像毒蛇的信标一样刺眼——分析图样：蓝色。
“律子！这到底是怎么回事！”
葛城美里抓起通讯器，对着屏幕那头的身影嘶声质问。屏幕中的画面信号不稳，夹杂着刺啦作响的电流声。
律子的声音断断续续地传来：“……在LCL注入过程中……被使徒侵蚀……应该是某种……寄生型使徒……”
“寄生型？还有这种形态的使徒？”
葛城美里的大脑飞速运转，一个更可怕的问题涌上心头，
“那驾驶员呢？驾驶员的状态怎么样了！”
回应她的，是长久的沉默。
那份沉默，比任何言语都更加冰冷，更加绝望。
EVA的驾驶员，是通过复杂的神经系统与机体进行深度链接的。
如今，三号机被使徒寄生，就意味着驾驶员的精神，她的灵魂，很可能正在与那个未知的、恐怖的存在进行强制同步。
一个脆弱的人类，去承受使徒那庞大而混沌的意识洪流，会发生什么？没人知道。
葛城美里的脸色瞬间沉了下去，浑身的血液仿佛都凝固了。
而就在指挥室陷入死寂之时，碇源堂，那不带丝毫感情的声音响了起来，
“零号机，出动。”
……
与此同时，避难警报响彻了整个学园都市。
碇真嗣正随着拥挤的人潮，被动地朝着地下避难所移动。
初号机依然被封存冻结，他现在只是一个手无寸铁的普通中学生，什么也做不了。
他茫然地抬起头，透过人群的缝隙，看到了远方天际线下，一台蓝白相间的零号机，正被发射系统弹射升空。
而在它的目标方向，另一台漆黑的EVA，正以一种极其诡异的姿态，缓缓地站立着。
为什么……为什么零号机的对手是EVA?
一个又一个疑问在他脑中炸开。
然后，像是被一道闪电劈中，所有的线索在瞬间串联了起来。
今天一早请了假的明日香……
剑介无意中提起，说今天NERV在松代有三号机的秘密启动实验……
迟迟没有出动的二号机……那台漆黑的EVA……这一切，都指向了一个他不敢、也不愿去相信的恐怖事实。
那台被判定为使徒的三号机里的驾驶员……是明日香！
“明日香……”
碇真嗣的嘴唇无声地颤抖着，如遭雷击般愣在原地。
下一秒，他猛地转身，用尽全身的力气，逆着奔逃的人流，向外冲去。
他撞开了一个又一个惊慌失措的路人，在一片咒骂和惊呼声中，跌跌撞撞地找到了一个公共电话亭，然后拨通了NERV的内部通讯。
“美里小姐！”
电话接通的瞬间，他几乎是吼了出来，
“三号机里的驾驶员，是明日香吗？！”
电话那头沉默了片刻，那短暂的寂静仿佛有一个世纪那么漫长。
“……没错……”
然后，葛城美里疲惫而沉痛的声音传来。
“让我驾驶初号机出击！”
碇真嗣深吸了一口气，做出了决定。
“不行。”
“初号机还在封存调查中，你现在什么也做不了。”
一个冰冷而熟悉的男声，毫无征兆地切入了通讯，是碇源堂。
碇真嗣的拳头狠狠砸在了电话亭的玻璃上，发出一声闷响。
他闭上眼，强迫自己冷静下来，脑海中浮现出明日香递给他便当时那别扭又期待的神情，浮现出她手指上那张小熊创可贴。
“呼……”
他长长吐出一口浊气，再次开口时，声音已经恢复了镇定，
“那样的话，让我驾驶二号机出击！”
“不行的，真嗣君……”
葛城美里急忙劝阻道，
“没有明日香，你和二号机的同步率太低了，没办法像上次那样启动的！就算强行出击，也绝对不是使徒的对手……”
“可以。”
然而，下一刻，碇源堂的声音再次响起，推翻了美里的判断。
……
当碇真嗣再次穿上那身熟悉的战斗服，走进二号机的插入栓时。
鲜红色的LCL液体缓缓注入，将他包裹，和上一次的感觉完全不同。
他握住操纵杆，闭上了眼睛。
一幕幕闪过。
拜托了，二号机。
那家伙……那个只会逞强的笨蛋，现在正等着我们去救她。
拜托了，让我们一起去救明日香吧……
指挥室内，葛城美里紧紧盯着屏幕上的数据。
“插入栓连接，神经接续，开始同步。”
“驾驶员脉搏、呼吸正常……同步率……15%，12%，持续下降中！”
一名操作员汇报道。
葛城美里疲惫地叹了口气，果然还是不行吗……
她正准备下令让真嗣放弃。
但就在下一刻，异变陡生！
仿佛是听到了驾驶员发自灵魂深处的祈祷，那台一直沉寂着的红色巨人，双眼中猛然闪过一道凌厉的电光！
主屏幕上，代表着同步率的曲线图，停止了下跌，然后……开始疯狂地向上飙升！20%……35%……！