阿瑞斯到达后的几周内，伊西斯和雅努斯的生活几乎回到了正轨。他们和从前一样进行实验，只不过现在阿瑞斯总在现场，从他们身后观望着他们的一举一动，虽然几乎从不发言。雅努斯也很少说话，就算开口，他说的也只是关于手头的任务的话题，而且对于他奉献了一生的工作已经没有了激情，一点也不热心。业已得知她对自己的同胞做了什么后又加上这样的状况，伊西斯坠入了黑暗的深渊中。每一天，每一刻，她都觉得登陆舰的墙壁会朝她倒下来，甚至这个他们永远也无法离开的小世界也会塌到她身上。她感到自己陷入了困境，完全是孤独一人。
她转身时，经常发现阿瑞斯用冰冷的眼神盯着她。但阿瑞斯从不靠近她，也不和她说话。
一天，雅努斯外出考察时，阿瑞斯发消息叫她过去。她勉强起身，传送到复活方舟上。在她心底深处隐隐有个希望：他也许改变了主意，他也许会让我去见莱克斯。她按照飞船的指引前往副静滞舱。把莱克斯关在那里，和主静滞舱隔开，这很合理。她心中的希望又多了几分。
门分开了，伊西斯惊得合不拢嘴，房间里竖着十二根管子，排成一个半圆，每根里都装着一个人形生物，各不相同。
“只是想引起你的注意。我知道你很喜欢野蛮人。”
伊西斯转过身：“你没权力把他们抓到这里。”
“他们处于危险中。事实上，多亏了你啊，他们现在是这个宇宙中受到的威胁最大的物种。衔尾蛇军总有一天会把他们同化吸收掉。除非哨兵们先找到这个世界，把他们消灭掉。当然，这还得假设个前提，流放者们没先找到我们——”
“你这样说不对——”
“你不在场，伊西斯。你真该看看那些流放者的舰队是怎么蹂躏我们的母星的。他们是些野蛮人，有着惊人的力量但毫无自控能力的野蛮人。一群怪物——你的疗法创造出的怪物。你的实验的受害者，就像8472亚种一样。”
“你想要我干什么？”
“我想要给你一个机会，伊西斯，一个为你自己赎罪的机会。”
见伊西斯没说什么，阿瑞斯继续说道：“我们有个机会，能把所有的错误纠正，能让我们的同胞重归统一，也能拯救这些人。”
“怎么做？”
“我们可以引导他们的进化。我们可以创造出能结束这场战争的东西。”
伊西斯非常想要抵制住他的诱惑，想要逃出房间，永不回头，但纠正她犯下的错误的诱惑让她无法抵御。她决定自己要听听阿瑞斯的话，听一下也没坏处嘛。她平静地说：“请继续，我在听着。”
“我已经采取了遗传样本，但我没有创造我所需物种的工程技能。你有这个能力。而我有你需要的信息——关于哨兵是如何用DNA锁定目标，以及衔尾蛇病毒的信息。自从大流亡以来，这些信息我一直对我们的同胞保密。”房间对面尽头墙上的屏幕上显示出一个DNA序列。“这是大流亡之前被用在亚特兰蒂斯探险舰队上的衔尾蛇病毒，这是解决问题的关键。有了我的信息，还有你在基因工程上的知识，我们能改变这个宇宙的局面。”阿瑞斯一步步逼近她，“我们创造的物种将会让我们的人民复兴。如果你拒绝，那你就真的是把我们彻底毁灭了。”
阿瑞斯似乎在操纵她，就像操作一件乐器，他知道乐器上的每个按钮何在。他抓住了伊西斯会愿意为此付出一切的东西：救赎。一个把他们的同胞重新团结在一起、让流放者们重获安全的机会。伊西斯对自己说，为了做好事，有些时候必须跟坏人合作。但在她内心深处，她在怀疑自己的行为是不是理性的。
接下来的几年当中，伊西斯秘密和阿瑞斯一起工作。这一次的工作她又瞒着雅努斯，阿瑞斯正确地指出，他一定会反对这件事的。伊西斯知道阿瑞斯仍在隐瞒某些信息，他告诉她的只有完成他需要的实验所需的最低限度的信息。他一再重复同样的理由：哨兵和衔尾蛇相关的信息是保密的，把相关的全部细节向伊西斯披露会损害无数个世界的安全。
伊西斯知道自己被利用了，但是她觉得自己无路可逃，别无选择。年复一年，她更加无法对雅努斯坦白一切，她不能再背叛他了。
一次又一次的休眠周期。她每次退回到自己的休眠舱中时，都希望阿瑞斯能实现自己的诺言，希望下次醒来时会听到阿瑞斯宣布8472号亚种已经准备好了，宣布亚特兰蒂斯人即将重新统一。
这一次她醒来时听到的仍然不是那个好消息，而是一阵警报声。在休眠舱外的屏幕上亮起了人口数警报。伊西斯看着显示，意识到了阿瑞斯的背叛行为规模之大：在世界各地，人类的几个亚种都濒临灭绝——三个亚种同时如此，但他的武器8472号亚种除外。