袁世凯在小站练兵时，清廷发生了一件重大的事件，就是“戊戌政变”。袁世凯和戊戌政变有重要的关系，因此我们在叙述这一段历史之前，必须先把西太后和光绪之间的种种作一个交代。
同治皇帝死后，因为他没有儿子，也没有过继儿子，于是没有主见的慈安太后（东太后）和有野心的慈禧太后（西太后）便共同商定，以醇亲王（奕譞）的次子载湉，为咸丰帝的承继儿子，继承皇位，这就是光绪皇帝。按照清室的皇位继承法，这本是不合理的，因为同治和光绪都是“载”字辈，他们俩人是堂兄弟，兄终弟及，在满清还无先例。可是光绪的父亲奕譞是咸丰皇帝的兄弟，光绪的母亲是西太后的妹妹，两兄弟娶两姊妹。西太后既是光绪的大伯妈，又是光绪的大姨妈，亲上加亲，除了亲生儿子，这种关系应该是最亲的了。选择这样关系的亲人来做皇帝，是有把握可以控制的，何况这时西太后有极旺盛的权力欲望，如果她不作太后，则如何垂帘听政呢？
光绪五岁即位，还是个不懂事的小孩子，清廷一切政事全由东西两位太后垂帘听政。东太后素来不愿管事，因此西太后便掌握了实权。到光绪十二年（1886年）光绪已17岁了，这时东太后也死了五年多，西太后不好意思再继续听政，乃宣布于明年正月“还政”，其实还政不过是个名目，她换了个“训政”的名目继续揽权。到了光绪十四年（1888年）光绪才宣告亲政，这时光绪已19岁，可是二品以上大员的黜陟，仍要由慈禧决定。
不论从哪方面说，光绪帝总算是一个可爱的、值得同情的年轻小皇帝。他想做一个有为的好皇帝，可惜在一个无可施展的政治环境中，上有慈禧的专横，而朝中满籍官吏尽是顽固守旧愚昧无知，不要说政治上他不能有作为，甚至于在爱情上也不能自由。清王朝的家法本来就极严格，加上慈禧的跋扈，结果造成同治和光绪两朝的皇帝悲剧。
清宫中有一个不公开的秘密，就是关于慈禧迫死他亲生儿子同治和他的皇后一件公案。据说选定同治的皇后是东太后所主张的，所以西太后不高兴，在同治新婚时借口皇后年轻，不懂宫中礼节，所以不许小夫妇在一块。同治出天花时，慈禧把皇后喊去斥责，皇后深感委曲，乃遄赴养心殿同治皇帝处哭诉。同治劝她忍受，安慰她说：我们夫妻终将会有出头的一天。不料这句话却惹来了大祸。原来慈禧既不喜欢这个媳妇，因此早就在同治周围设下了监视的耳目。这天她听说皇后在探视同治，就不许声张悄悄到养心殿的东暖阁外偷听儿子和媳妇的谈话。这对小夫妻万没料到说几句私房话会闯下了滔天大祸，只见慈禧怒气冲冲地闯了进来，一把抓住皇后的头发，举手痛打，并且叫内廷准备棍仗侍候。同治吓得昏厥过去了，慈禧因此没有对皇后用刑。等到同治一死，慈禧便把责任全部加到皇后的头上，下令限制皇后的饮食。两个月后，皇后也就被折磨死了。皇后死后，慈禧的怒气还不消，又革掉了皇后的父亲崇绮的侍郎职位。第二年，有个多事的御史上了一个奏折，说外边传说很多，有说皇后死于悲痛过度，有说死于绝粟，总之，节烈如此，应当表彰，赐与美谥云云。结果皇后的谥号没有争到，这位御史把自己的官也丢了。
在同治死前，慈禧、同治母子不和已是一件公开的秘密。故宫的老太监都证实同治给东太后请安，还留下说一些话，在自己亲生母亲那里，简直连一句话也说不出来。同治亲政时，西太后在朝中的亲信羽翼早已形成，东太后又一向不大问事，皇帝办起事来如果不先问问西太后，根本得不通。这就是母子不和的真正原因。慈禧是个权力欲非常强烈的人，绝不愿丢开到手的任何权力，她为了自己的权威，对自己的亲骨肉或亲信都是顺我者生，逆我者死。
光绪年间，她的脾气更加喜怒无常。有一个太监陪她下棋，说了一句“奴才杀老祖宗的这只马”，她立刻大怒道：“我杀你一家子！”就叫人把这太监拉了出去活活打死了。
慈禧还政后，恣意享乐，通过李莲英卖官鬻爵，挪用海军款修颐和园。中日甲午战争时，她正在做60岁生日，从西苑到颐和园，沿途扎彩，奏乐演戏。她还当着皇帝的面对大臣们说：“谁使我生日不高兴，我便使他一辈子不高兴。”慈禧既然对待她自己亲生儿子同治都那样专制，因此她对待光绪自然也极霸道，尤其表现在光绪选后方面。她强迫光绪选她的内侄女为皇后，就是隆裕，可是光绪却喜爱自己所选中的珍妃。隆裕在光绪大婚后倍受冷落，光绪宠爱珍妃，也被慈禧禁阻。光绪比同治勇敢，他看到慈禧穷奢极侈，又顽固地把持朝政，甚至连皇帝的婚姻也不能自由，内心起了极大的反感。加以当时的清王朝已到了危亡的关头，这位年轻皇帝于是大胆地接受新的思想，真正地掌握朝政。可怜他生不逢时，维新变法只不过百日，他就被慈禧打入冷宫里去了。