慈禧高龄当国，风烛残年，当时两宫不和，光绪所期待的，就是慈禧迟早总要寿终正寝，所以唯一对抗慈禧的方法就是“等待”。不幸，正当慈禧病危时，光绪却抢在她之先驾崩。光绪先慈禧而死，这件公案是清王朝最后岁月中一大秘密，有人说慈禧垂危时叫人先谋害了光绪，又有人说是袁世凯的阴谋。所有的传说只是传说，谁也无法证实真相是怎么一回事。
袁世凯当然恐惧光绪重新执政，他死命地掌握着北洋军，巩固自己的力量，就是以防万一。光绪卅四年（1908年）皇帝和太后都在病中，清廷计划为光绪立嗣以备万一，袁极力支持立庆亲王的长孙为嗣，可是他的计划却不被慈禧所接受。慈禧虽然不喜欢光绪，但是她和醇亲王一家人的关系非常密切，因为她的亲妹妹便是嫁给醇亲王奕譞。奕譞的儿子中，一个是光绪，一个是载沣。载沣继承了醇亲王的王位，娶的太太又是慈禧亲信荣禄的女儿。所以慈禧为了这种私情，宁愿把天下交给载沣所生的，才三岁又好哭的溥仪，并命载沣以监国摄政王名义抱了他的儿皇帝统治大清江山。
另有一个传说是当病中的光绪听到自己亲兄弟要作摄政王，也不禁流露了笑容，于是他秘密地写了一个字条给载沣，上面只有四个字，是“杀袁世凯”。
袁世凯在醇亲王载沣被任命为摄政王以后，也曾做了一番努力，他以国家需立长君为由，建议载沣自己做皇帝，他希望以拥立载沣自己做皇帝，来求取载沣的谅解，可是他这个建议不仅未被载沣接受，反而却召来一顿很严厉的申斥。他乃称病请假到天津小住。
载沣当国后，真的在筹划要替皇兄报仇，诛杀袁世凯。康有为有一封“上摄政王”书，这封信强调光绪之死是袁所杀，请“杀贼臣袁世凯”。康函摘要如下：
“罪臣康有为稽颡上书监国摄政王爷殿下：十月二十一日惊闻大行皇帝上宾，天地晦冥，山川崩竭，薄海号痛，泣于昊天，鼎湖攀髯，呼号莫及。呜呼痛哉！岂谓御宇三十四年舍身爱民之圣主，而弃我臣民如此其速，且如此其酷也。
有为僻居海外，逖听所得，佥谓逆臣袁世凯蓄谋篡弑，已历岁年，今次大丧，又适与大行太皇太后之丧后先衔接；稽诸前史，从所未闻，举国汹汹，杯弓蛇影之痛，怀莫能释，自推原祸首，莫不集矢于逆臣袁世凯之一身。有为痛急之余，不揣冒昧，曾僭电殿下，请讨贼臣人安社稷，未审九阍深邃能达典签否也？
自顷日读宫抄，见大丧之礼无异常，岂先帝之丧实由天祸，而非有如外间所拟议者耶？抑有深哀隐痛，为臣子所不复忍言，而为先帝讳之者耶？海外孤孽，固不敢妄为臆测。虽然逆臣袁世凯为先帝之罪人，固已昭昭然天下所共见，苟有弑逆之事，其恶固擢发难容，即无弑逆之迹，其罪亦难从末减。有为躬受先帝厚恩，而先帝之知世凯，实由有为，今有为若不揭其恶而正其罪，则将何面目以见先帝于地下，故敢沥述前事，为殿下陈之。
夫使先帝之丧而有可疑，则逆谋必出??世凯，固无论矣。即日无可疑，然试思先帝方以鼎盛之春秋，曷为而弃我臣民，岂非戊戌以后，十年忧伤，抑郁之所致乎？而孰使先帝积十年之忧郁而卒赍志以殂落者，则皆逆臣世凯一人为之也。先帝之事大行太皇太后，仁孝恭谨，四十年如一日，天下之所共闻也。
戊戌春夏之交，先帝发愤于中国之积弱，强邻之侵凌，毅然维新变法以易天下。其时慈宫圣意所在，非外廷所能窥伺，就令两宫政见小有异同，而慈孝感召之诚，终未尝因此而稍杀。自逆臣世凯无端造出谋围颐和园一语，阴行离间，遂使两宫之间常有介介，而后此事变遂日出而不穷。先帝所以备历艰险以迄今日，实惟此之故。今使如世凯言而果有事也，则将谓先帝为此事耶？抑谓全由罪臣有为主谋，而先帝受罪臣之蒙蔽耶？
夫以先帝之仁孝，肯为此悖逆之举？若世凯谓先帝为与闻，是诬先帝以不孝也。罪臣受先帝特达之知，稍有人心，固不忍行其蒙蔽，且以先帝之英明，又岂罪臣所能蒙蔽者！若世凯谓先帝为罪臣所蒙蔽，是诬先帝以不明也。推原世凯所以造出此无根浮言之故，全由世凯受先帝不次之擢，其事颇为廷臣所瞩目，而盈廷汹汹，方与新政为难，世凯忽生自危之心，乃幻出此至狠极毒之恶谋，如俗谚所谓苦肉计者以求自解免，此戊戌冤狱之所由起也。
（中略）
罪臣当光绪二十八年八月初二日恭承先帝手颁朱谕，命以爱惜身体，善自调摄，期他日更效驰驱，共建大业。十年以来，每一忆诵，血与泪俱。今先帝大业已矣，罪臣不敢惜身，惟大仇未报，无以见先帝于地下，且举国皆畏世凯无耻忘仇，然则先帝之冤非罪臣发之而谁发之？