岑春煊早在4月初旬就已由上海到了香港，在清朝末年他的声望仅次于袁，他和袁两人一直是敌对的。民国后他也是反袁的，而且加入了国民党。二次革命时，传说国民党要拥他为总统以对付袁，可惜二次革命失败得太快。这一次岑总算赶上了直接参加倒袁的活动，两广和西南都是他最有关系的地区，使他有所作为，他遂于4月19日由香港启程前往肇庆。
岑春煊抵达肇庆后，即由两广军方联名通电推戴岑为护国军都司令。5月1日两广护国都司令部成立。岑春煊为都司令，梁启超为都参谋，李根源为副都参谋。
两广都司令部成立后，岑春煊、陆荣廷、梁启超等就打算把护国讨袁的重心由滇、黔移到两广，因此计划筹组一个中央机构。
5月8日，梁启超一手拟议的护国军中央机构军务院宣告成立，以代行北京国务院的职权，军务院的组织如下：
第一条：军务院直隶大总统，统筹全国军机，施行战时及善后一切政务。
第二条：大总统不能亲临军务院所在地时，一切军政、民政、对内、对外事宜，以军务院名义行之。
第三条：军务院置抚军，无定员。以抚军议决或同意行其职权。抚军以各省都督或护理都督、全省以上联合军都司令、都参谋及各独立地方成军有二师以上之军总司令任之。凡新取得前项资格者，同时取得抚军资格。
第四条：军务院由抚军互选抚军长、副长各一人。抚军长执行抚军议决及同意之事项。抚军得赞襄抚军长协理一切。抚军长有事故时，副长摄行职权。抚军长、副长俱有事故时，得公推抚军代摄行职权。
第五条：军务院置政务委员会，由抚军互选一人领委员长。设各种委员，无定员，分掌外交、财政、军政、法制各项政务。
第六条：军务院置各省代表会，由各省都督各派二员列席，以备咨询。
第七条：军务院置秘书，无定员，承抚军长、副长、政务委员之命，掌管机要事宜。
第八条：军务院遇有关于对内、对外特别重要事宜时，由抚军之合议或同意得特任专使处理之。
第九条：军务院所属各种委员会、各省代表会组织细则，以院代定之。
第十条：军务院自国务院依法成立时撤废之。
原来拟议中的抚军长是岑春煊，其后决定推唐继尧，因为云南唐继尧是首义人，又是实力派。所以应由唐继尧为抚军长，以岑春煊为副抚军长。军务院设于肇庆，唐远在昆明，乃由岑以副抚军长代理抚军长。并推刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜为抚军。
抚军资格规定为独立各省都督及军长以上的实力派，梁启超则是特殊的例外，是实力派以外的人，他因为是倒袁的首创者，又是蔡锷的老师，所以他很自然地成为军务院中的政务委员会委员长。从这张名单中看出这是两广主唱的戏，一切是梁启超的策划，却把首义的滇、黔降为配角了。
军务院直隶大总统，这里所谓的大总统当然不是袁世凯，大总统不能施行职务时，由军务院代行，军务院置各省代表会，由各省都督派代表二人列席。以唐绍仪为外交代表，王宠惠和温宗尧为副代表。唐继尧遥领抚军长后，通电中外，略谓：“迫于时艰，勉膺重任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事，一俟大难削平，即当退避贤路。”
蔡锷是反对设立军务院的，当5月初旬两广筹组军务院时征求滇、黔同意，蔡即复电认为目前只须迫袁退位，而由段祺瑞出面主持，不宜组织政府，致招争权夺利之嫌，而启南北分裂之渐。
军务院成立后，发表第一号宣言：
“中华民国大总统领海陆军大元帅一职，依法应由副总统黎公继任，已由本军政府宣言在案。但黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查《大总统选举法》第五条第二项云：大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺位，由国务院摄行其职。今大总统身体蒙难，副总统职尚虚悬，国务院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织。而军事正亟，既当求统一之方，至国运方新，尤宜作通筹之计。今由继尧等往复电商，特暂设一军务院，直隶大总统，指挥全国军事，筹办善后。军务院置抚军若干人，用合议制裁决庶政。其对外交涉，对内命令，皆由本院名义行之。俟国务院成立时，本院即当裁撤。除将军务院组织条例别行公布外，特此布告中外，咸使闻知。”
军务院各首领就任宣言——
“北京黎大总统，云南、贵州、南宁、广州、杭州都督府，泸州护国军第一军总司令部、南宁护国军第二军总司令部及护国军各地前敌总司令，各省将军、巡按使、巡阅使、镇守使，各师旅长，各道尹县知事，暨两广各团体、各报馆公鉴：护国军军政府宣言如下：本军政府设置军务院，权理军国重事，业经宣言，并将组织条例公布在案。今于五月八日组织军务院成立，遵照条例，以继尧、显世、荣廷、济光、春煊、启超、锷、烈钧、炳焜等任军务院抚军，并往复通电，互选继尧为抚军长，春煊为抚军副长，启超领政务委员长，暂定广东为军务院所在地。继尧因云南地方职守未能远离，依条例第四条第二项由春煊摄行抚军长职权。继尧等菲德庸才，迫于时艰，勉肩生任，谨掬血诚，誓以公心效忠国事。一俟大难削平，即当退避贤路，皇天后土，实鉴斯言。为此布告中外，咸使闻知。再，浙江都督吕公望，遵依条例应任抚军，因交通阻梗，电商未复，除专电敦请加入外，合并声明。云南都督唐继尧、贵州都督刘显世、广西都督陆荣廷、广东都督龙济光，两广护国军都司令岑春煊、两广护国军都参谋梁启超、护国军第一军总司令蔡锷、护国军第二军总司令李烈钧、广西护国都督陈炳焜。青。印。”