朝鲜受中国文化薰陶最久。举例来说，清王朝统治中国二百多年，在中国全部采用清历，但在朝鲜，除了官书用清历外，普遍的民间记载却以崇祯甲申后第若干年为纪，由此可见中国文化对朝鲜的影响。不幸的是，清朝政府饱受列强的欺侮，已是焦头烂额，所以在对朝鲜问题的处理上，举棋不定，因此朝鲜内部便产生了很多主张脱离清朝自寻出路的主张。在这期间列强也在朝鲜勾心斗角，袁世凯担任对朝鲜外交和商务的重责，实在是很艰苦的。
这时他再度上书给北洋大臣李鸿章，献议对朝鲜问题处理的策略，上策是：“乘朝鲜内敝，而日本尚不敢鲸吞朝鲜，列强亦尚未深入，我政府应立即彻底收拾朝鲜，建为一个行省。”下策是：“门户开放，免得与日本或帝俄正面冲突，索性约同英美德法俄日意各国，共同保护朝鲜。”他的建议应该说是针对朝鲜的困难所作的良策，可惜那时清朝政府除了李鸿章外，大都是庸懦愚昧，对于他的建议便搁置不问。
从光绪十四年（1888年）起，朝鲜便开始蜕变，除了前述的派遣全权大使赴美国和欧洲外，还准备以关税作押向列强借款，朝鲜的外交和关税原来归中国管理，因此朝鲜这样作法，等于是对中国宗主权挑战。当时天主教势力深入朝鲜，守旧派对天主教反对得很历害，煽动人民说天主教徒烹食小儿，由此遂激起民变，攻击教堂，殴杀教徒。俄法美日各国均调兵自卫，袁世凯亦调水师入京城。韩王忽然宣布邀请俄法美日四国的军队入宫保护，这一举措简直是给清朝政府严重的打击。袁世凯一方面请北洋大臣郑重诘责韩王，一方面促请韩王左右的亲华派劝阻韩王，这时美俄两国驻韩公使都把袁世凯看作是一个严重的阻碍。第二年朝鲜派赴美国的全权大使朴定阳返韩，韩王拟派朴定阳外务大臣，这等于宣布外交的亲美路线，袁世凯倾全力反对，可是闵妃则一心一意要实现朴任外相的计划。袁世凯曾请韩臣郑秉夏去报告韩王说：朴定阳是清廷所绝不同意和容忍他出任外务大臣的，请韩王悬崖勒马，不可听小人之言，影响大局。袁知道闵妃在这件事情上最坚持，他无法劝她，乃找到一位闵妃的救命恩人洪在义，请洪去劝阻闵妃，总算达到了目的。至于朝鲜政府企图收回关税的打算，是受到列强的鼓励，以为可以用关税作抵去借外债，因此自行撤换总税务司。这种种迹象显示朝鲜在蜕变，而列强则利用这些情势得寸进尺。
光绪十六年（1890年）朝鲜的赵太妃去世。赵太妃是前王昭宗的皇妃，死时已80岁，她经历了朝鲜四个朝代，代表朝鲜的旧传统，倾心归向中国，很得韩人的爱戴。闵妃虽擅权，但碍于老太妃，还不敢放肆，赵太妃一死，闵妃遂更为猖狂了。她感到自己的丈夫没有定见，时常在和大臣讨论国事时，听从大臣的意见而和她的决定相违背。因此她认为最好能使国王不听政，由她一人擅权，才可为所欲为，因为她最怕的是国王和他父亲大院君重新合作，她知道自己的丈夫和谁接近就听谁的话，所以她尽一切努力阻止大院君父子接近。她对国王说：“赵太妃等于是你的母亲，你应该守孝，不宜亲政，也不必接近大臣。”国王是怎么说怎么好。便乖乖地接受闵妃意见，真的足不出户在宫中守孝。自此朝鲜国事，无论大小全由闵妃作主。闵妃一方面主持政务，一方面把重要的职务完全交给亲信的人接任，倚赖亲信闵周镐，起用已罢黜的朴定阳。原来朴定阳，是袁世凯最坚持要罢黜他的，袁的本意不足罢黜他，还要求朝鲜当局重惩他，由于闵妃维护，乃以永不委任朴定阳担任外交职务为折衷条件。这一宣布才几个月，闵妃又起用朴担任政务。国王也许是在深宫闷得大慌，因此大病一场，闵妃并不为自己丈夫生病而忧愁，反而感到自己可以独断独行而高兴。
清廷接受了袁世凯的要求，对于赵太妃的丧事，给以隆重的祭奠，派遣特使前往唁问，袁世凯抓住了这个机会要求韩王一定要亲自郊迎，以消除外边的谣言。袁这一举措的目的是在重振中国的宗主地位，这时美、俄、日等国公使透过韩臣劝国王只应在宫内接见清使，国王这次倒是有了主见，亲自前往郊迎，礼仪非常隆备，使列强各国为之侧目。
光绪十七年（1891年）袁世凯的嗣母牛氏病危，袁得急电乃请假回籍，李鸿章命袁举荐代理人，袁推荐唐绍仪。唐这时担任龙山理事官，袁给李鸿章的电报说：唐绍仪忠直明敏，胆识兼优，通晓韩情，可当大任。李鸿章批准了袁的要求，于是袁世凯乃兼程返里。他回到乡间不久，牛氏逝世，乃请假100天在原籍服丧。