前文曾提到孙中山入京的事。原来民国元年4月3日孙中山交卸大总统后，无官一身轻，乃离京至上海，随行有胡汉民、汪兆铭、廖仲恺、李晓生等。在上海遇到廿年前旧友宋嘉树，相见甚欢，乃下榻宋寓，畅叙往事，并请宋引导胡汉民等至西服店添制西服，孙中山并说：“尽量做，多多益善。”
4月9日晨，孙中山率胡汉民等廿余人抵达武汉，会晤副总统黎元洪，共留武汉三天。武汉方面举行盛大欢迎会，并请孙中山演讲民生主义。据说黎元洪对孙中山的民生主义不太懂，且持反对意见。这是黎元洪首次和孙中山会面，黎的表现给同盟会的巨头们很不好的印象，尤其是胡汉民。胡为人高傲，和黎谈政治，黎浑浑然，于是胡便不理睬黎。自此而后，黎和同盟会便距离更远了。
袁世凯听说孙中山到了武汉，深怕南京和武汉合流以对抗北京，因此急遣唐在礼、范源濂、张大昕和王揖唐持亲笔函至武汉，恭邀孙中山赴北京访问。4月11日孙中山在汉口行辕接见范源濂和张大昕，范、张把袁的亲笔函当面呈递。袁函如下：
“中山仁兄先生阁下：大业告成，高飞遐举，鸿冥天幂，蝉脱尘埃，企慕私忱，匪言可喻。顷得沪上消息，知大驾将赴鄂中与黎君宋卿倾谈国事，两贤相聚，天炳德星。世凯羁滞幽燕，不获饫闻政论，伊人秋水，寤寐交萦。本拟欢迎旌节，示我周行。因前承电复须先回粤一行，粤事棼如乱丝，非先生才望不足以转危为安，世凯何敢以一人之私，孤粤中父老云霓之望。惟数月后，粤事大定，务请屈临指教，俾纾辋饥。兹遣范君静生、张君真吾两员莅鄂上候起居，并呈小影，一如世凯躬陪盛宴，亲挹雄谈。临颖神驰，无任延跂，惟为自重不宣。”
该函为红色八行笺楷书，末亲署“袁世凯叩上”五字，无月日。
4月12日孙中山一行离鄂，14日返抵上海，换乘泰顺轮南下。25日抵福州，在闽只停留一天，继续乘轮前往广东。24日抵香港，改搭宝璧兵舰，25日下午抵广州。广州万人空巷欢迎这位同乡伟人莅临，而孙中山自首次倡义被香港放逐起，足不踏广州城已17年，这次重临，虽不是衣锦荣归，却是功成还乡，其中滋味，非亲历者无法体味。
广东省的代理都督是陈炯明，他见到孙中山偕胡汉民返粤，胡是他的老长官，从任何方面说，胡已交卸了临时大总统的秘书长重返广州，他似乎代理的任务已告结束，加以广东内部都是拥胡的人，他亦无法恋栈，于是他在欢迎孙中山一行抵穗，并于当晚公宴款待后即托故赴香港，并请陆军司长邓铿（仲元）邀胡汉民至督府，由朱执信告胡说陈已去港，请胡汉民复任广东都督。胡是个书生，认为都督一职已交给陈炯明，自己怎可再作冯妇，因此坚持不肯接受。这时孙中山正在省参议会演说，演说完毕来都督府，大家把陈去及希望胡来种种报告孙中山。孙中山赞成胡汉民复职，并且来一个激将法，表示自己愿为都督府的秘书长，这一来使胡惊骇不已，乃允复职，但必需陈炯明回粤为条件。当场决定由朱执信赴港邀陈炯明来穗。4月27日午后，广东省议会票决胡汉民复任广东省都督。胡就职后乃通告全省：
“本都督受人民重托，为维持地方起见，断不敢姑息苟安，以贻后患。粤省匪氛未靖，尤在厉行军政，务使内地一律肃清，继续陈前都督所未竟之业。倘有心怀不轨，希图扰乱公安者，本都督惟知执法严惩，决不宽贷。”
胡以都督兼民政长及同盟会广东支部长，任陈炯明为护军使，邓铿为陆军司长，廖仲恺为财政司长，罗文干为司法司长，朱执信为核计院长兼广阳绥靖处督办，邹鲁为官银钱局总办。
孙中山返粤后即居住广州，有时赴澳门、香港。
孙中山北京之行的酝酿，已经好多个月了，最后决定启程的日期是8月17日乘新铭轮北上，后又改为搭18日的安平商轮。就在筹备动身时，北京传来消息，袁世凯15日以秘密军法枪杀张振武和方维。上海方面得到这个消息为之震动，同志蔡元培、吴敬恒、徐宗汉（黄兴的夫人）等都反对孙、黄赴北京，认为袁世凯无信无义。而北京、天津方面的党人也因袁残害革命同志，包藏祸心，来电劝阻。孙中山则主张以诚信感化袁，坚持“无论如何，不能失信于袁”，不过同意黄兴暂缓北上，由其“单刀赴会”。这时候黄兴正染喉疾，于是孙行黄止便成为当时的一个重大决定。
黄兴和宋教仁是当时革命领导人物中地位仅次于孙中山的，对袁世凯来说，袁在人格上，革命功勋上，革命思想上都无法和孙中山相比，所以袁所仇视的真正对象不是革命创造者孙中山，而革命实行家黄兴和政党策划专家宋教仁。