元年2月29日晚上的北京城，突然枪声四起，只见许多身穿灰色军服的兵，到处抢劫，首先受难的是正阳门一带。这时南方迎袁专使们正酬应完毕，回到迎宾馆，忽然人声鼎沸，枪弹横飞，血红的火光浮在窗面，人们奔走相告，说是兵变了。为什么会兵变呢？大家异口同声说是由于北方驻军反对“袁宫保”南下，反对专使们抢走他们的衣食父母，所以怀恨作乱。专使们听到这个消息，不由不信，乃仓皇检拾细软，匆匆赶到六国饭店避难。
兵变的部队是第三镇。第三镇是北洋军的主力，段祺瑞便曾两任该镇的统制，后来则由曹锟接掌。曹锟据说是袁身边的“赵子龙”，打娘子关叫他去，打滦州也叫他去。他每次谒见“袁宫保”时，都是笔挺挺地站立着，叫他坐他从不敢坐。袁对他讲话，他除了“是……是……”之外，不敢多说一个字。袁平素对段、冯都礼貌有加，独对曹则不假词色。按照当时官场习惯，若长官对属员很客气，就是不把他当作亲信人，相反如果长官对部下越不客气，骂得越厉害，则这人一定是“圣眷甚隆”。所以当时有人便以挨骂的多寡，做为自己升官快慢的温度表，每挨一次骂便欣欣然有喜色，且奔走告人说：“我今天又挨骂了！”旁边人也为其高兴，且祝贺说：“恭喜，恭喜阁下不日就要腾达了。”依照这个习惯，曹锟是北洋三杰以外最重要的一个人。
第三镇兵变时，统制曹锟亦在北京，兵变原因虽然很多，但最主要的一点是不愿袁世凯南下，所以当时或是事后的舆论都把这次兵变的主使人推在袁的身上。究竟是不是袁，一直是史家争论的重点。作者认为袁对兵变绝对有责任，或者有纵放，但决不会主使。道理很简单，袁当时已被南京参议院尊为中国华盛顿，他能获选为中国临时大总统，最主要的原因就是他代表“安定力量”，不只国内人心如此，即国际间亦认为袁是动乱中国的“安定力量”。袁的聪明智慧怎会不了解这一点。至于袁反对建都南京，当时反对最激烈的是同盟会中的巨头宋教仁、章炳麟，而武昌的黎元洪也主张建都北京，加上参议院投票决定国都地点时，亦可看出多数反对南京。因此袁可以使用其他方法达成不南行的愿望，用不着策动兵变。袁是搞军队起家的人，当然明白兵变这玩意不能随便玩，玩兵变等于玩火，星星之火可以燎原，能放火不一定就能熄火。
还有最重要一点，兵变一发生，很容易招致国际干涉，尤其是日本正处心积虑，主张将中国分而食之。袁是个野心家，但他决不会甘愿制造外人干涉瓜分中国的借口。
不过袁当然愿意军队表示一点行动，适可而止，使自己不能离开北京的借口有事实证明。
至于北洋军在此时闹兵变，是有其背景的。
冯国璋在统率北洋军攻克汉口、汉阳时，汉口曾遭北军洗劫，房屋尽毁，积尸日曝，野狗宵鸣。当时有一位记者曾问北洋军士说：“大家都说你们抢掠，有没有这事？”兵士说：“有的，我们不抢就没得吃了。革命军到处受人欢迎，家家奉献食物；而我辈到来，老百姓坚壁清野，甚至用钱买东西都买不到，我们不抢怎么办？”由这一段对话可以看出当时北洋军的处境。
北洋军在汉口的暴行，曾受中外舆论严厉的指责，加上清帝退位以前，与革命军作战的，几乎全是北洋军。清帝退位，革命成功，南方公私团体不时以文电揭发北军抵抗民军的罪状。袁世凯当选总统后，竟有解散北洋军的谣传，于是势倾一时的北洋军，内心既失望又疑惧。其实和议以前，北方秘使廖少游和黄兴代表曾签有一个草约，其中特别注明：“南北汉军出力将士各享其应得之优待，并不负战时害敌之责任。”这本可以算为保证。可是这是个秘密条款，未被公开，公开流行的，多是不利于北军的谣言，因此兵变时，乱兵一边抢掠一边嚷着说：“不成了，不成了，国家用不着我们了，我们乘早搞点盘缠回家吧。”
第三镇士兵哗变的直接起因是裁饷，原来当时陆军部所定的营制饷章，凡出征出防将士，照例自起程之日起加给津贴，以慰劳武士，优待征夫，事平后仍回原防，回防即无津贴。辛亥起义后，北洋军第一、第四镇奉令开赴前线，按照饷章每兵每月加发一两津贴。第三镇由长春开赴北京防卫，亦照出征惯例加发津贴。和议达成，二、四两镇回防，于是照章裁饷。第三镇仍在北京并未回原驻防区长春，所以不在裁饷之列，不知怎的传说第三镇也要裁饷，兵士遂以讹传讹。
2月29日晚八时，第三镇士兵在朝阳门外东岳庙哗变，先在朝阳门外劫掠果摊食铺，后与朝阳门内变兵会合，分头抢掠，凡金银钱铺首饰店、饭馆及洋杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，受灾区域之惨尤胜于庚子八国联军。兵变前后绵延三日。兵变的第二天3月1日下午4时，袁世凯在迎宾馆（袁当选总统后改为总统府）召集北京高级军政首长会议，决定立即采取行动制止乱事蔓延，除照章补发未变各军应领之欠饷外，另派陆建章、曹锟等分赴各部队驻扎所剀切开导，同时令饬毅军随时缉捕再图逞乱兵士。毅军统领姜桂题奉令后，亲率卫队四出弹压，遇见乱兵任意抢劫者，立即格杀。