云南以边僻一隅来对抗袁世凯，在形势上来说，强弱之势任人皆知是很悬殊的，癸丑（民国2年）第二次革命，国民党几乎奄有半壁山河，和袁一开火，就迅告失败，所以袁在称帝前后，确是没有把云南看在眼中。
然而，云南有它有利的条件，在地理因素上，云南居高屋建瓴之势，易守而难攻，云南的军队骁勇善战，并且极能吃苦耐劳，这是云南用兵的有利之点。
唐继尧在蔡锷抵达云南后召集军事会议时，曾分析整个战略形势，他说：
“云南东北与川黔桂毗连，出师形势关系甚钜。兹就三省地势言之，贵阳为滇南门户，辰沅为湖南西门，以云南为根本，奋师东征，以一支上辰沅经新化取长沙；以一支由辰沅下沅水取常德，长沙取，北向岳州逾洞庭之险以有武昌；常德取，北扼虎渡规荆州以指襄阳。有武昌则长江之消息通，有襄阳则中原之消息通，不出旬月，东南大势俱属云南矣。此上策也！要之云南之险，不在云南而在西蜀，以云南为根本，大举东上，以一支出叙、沪进渝、夔下宜昌、武汉，以一支出宁远过成都上泯洮赶秦、陇，如是则以西南而忽据西北，天下视听必且一新，以为亚夫之兵从天降也。此亦上策也！若夫南宁者，广西心膂，梧州者，西江上游，由云南展膂而东，驻师梧州，以一支东下广州，封城绵远，田壤沃饶，大海南环，五岭北阻，北出则可以震动江左，东出则可以进据闽浙，以一支由梧州向桂休逾衡、永、浮湘直下，长岳既得，武汉震惊，此中策也，故据以上所论，我可发展之时机可分为三：
（一）我军势力完全达到黔、桂、蜀三省。
（二）我军由黔、桂、蜀以达武汉，闽、浙、秦、陇。
（三）向闽、浙之兵以取守势，进秦陇之兵相机威迫袁军右侧，然后以武汉主力大举北向。
今拟两策并用，三路出师。”
在军事会议中，有三个重要的课题引起争论，第一：起义讨袁后应该成立一个什么型式的机构？当时有的主张成立元帅府，有的主张设立军政府，可是蔡锷也好，唐继尧也好，都主张不要包办讨袁，应该示天下以公，于是决定把袁世凯所派的地方官制“将军”和“巡按使”合并，恢复都督府，召集省议会。第二：起义讨袁后，义军应如何称呼？当时有的主张称讨贼军，有的主张称定乱军，最后决定用李梓畅所建议的护国军。护国的含义是维护中华民国国体。第三：护国军政府的都督应由谁担任？唐继尧推蔡锷，蔡锷推唐继尧。在唐来说，蔡是他的学长（蔡是日本士官三期，唐是日本士官六期），又比他长一岁，蔡且一直是唐的长官，唐回任滇督也出于蔡的推荐，蔡在国内外都有大名足资号召，所以诚心诚意地推荐蔡出任都督；可是蔡推唐也有理由，护国兴师举义全赖云南，唐是云南人，蔡自己是湖南人，主客之势已成，自己不能喧宾夺主，何况唐督滇已有三年，在云南已有基础，所以也是诚记诚意地推让唐为都督。两位贤者的谦让，成为民国初年政治史上的佳话。最后，蔡以严肃的口吻说：“我们这次举义，最要紧的是要赢得全国各方的同情，以求得多助。蓂赓（唐继尧号）身为地方大吏，如果率军出征，很容易引起邻省认为是假名侵略之嫌，过去滇军扰川已有猜疑，今若不避嫌，更容易被袁世凯挑拨，中其反间，所以统军出征应由我和协和（李烈钧号）。至于坐镇后方，领导军政府重责蓂赓万万不可谦让。”蔡锷的这番话非常感动人，他自己也泪随言下。于是与会人士一致鼓掌赞成。
这一次会议，在一张长条桌前，唐和蔡是并坐主席位子，唐为了尊礼蔡，他的位子一直侧一半，以示不与蔡并肩。会议中决定唐继尧为云南护国军政府都督，护国军成立三个军，蔡锷为第一军总司令出四川；李烈钧为第二军总司令出广西；
唐继尧兼第三军总司令出武汉。
唐继尧郑重地向与会人士表示三点意见：（一）关于军制军令，凡涉总揽之事，只以云南军督府名义行之。（二）蔡、李两将军均聘任，来往文书用咨函。（三）对外文告，由唐、蔡、李三人共同署名。因此，后来护国军发出的通电檄文都是唐继尧、蔡锷、李烈钧等共同列名。三位元戎往来的文电均系平等语气，军总司令虽隶属于军政府，可是组织大纲上并无统属之规定。
云南护国都督府和护国将佐名单如下：
职别姓名别号籍贯党籍备注
军都督唐继尧蓂赓云南会泽同盟会
左参赞转任统兵官戴戡循若贵州进步党
右参赞任可澄志清贵州进步党
政务厅厅长陈廷策幼稚苏贵州进步党