袁从来不放心任何人，他大权总揽，遇事躬亲，真是一个名符其实的独裁者。在他垂亡的时候，他发现自己已经陷于众叛亲离，四面楚歌了，这才请出黎元洪、徐世昌、段祺瑞来共撑危局。他请黎每天和他一块儿办公，意思是要培养黎作为一个国家的元首，来接替他的地位，使他可以放心地告老还乡，钓游洹上；他把政治方面的一切交给徐世昌，由徐全权负责；又把军事问题全权付托段祺瑞。
然而，不管袁是真心或是假意，这一切都嫌太迟了，黎根本和他貌合神离；徐世昌虽然位高望重，但对北洋军系或是南方的反袁运动完全不发生影响；只有段祺瑞还在北洋军系中有极高的威望，南方护国军方面也把段当作一个实力派来看。
5年4月22日，徐请辞国务卿，他仅仅作了一个月的冯妇，就辞职前往河南辉县水竹村做“挂冠诗人”去了。
23日，袁发表段祺瑞为国务卿兼陆军总长，陆徵祥为外交总长（不久陆退休，由曹汝霖兼任），王揖唐为内务总长，孙宝琦为财政总长（不久孙亦不干，乃由周自齐继任），刘冠雄为海军总长，曹汝霖为交通总长，张国淦为教育总长，金邦平为农商总长，章宗祥为司法总长，王士珍为参谋总长，庄蕴宽为审计院长。
段奉命于危难之际，其处境和辛亥革命后袁出而组阁时一样，他要求变更政事堂而成为真正的责任内阁。袁是个老狐狸，他在表面上完全接受了段的意见，发表申令说：“依照《约法》第二十一条，制定政府组织法，树责任内阁之先声。”可是这只是一张空头支票而已，段这时候态度很坚决，他宣称如果没有实权他就不干，袁这才被迫于5月8日下令，废除政事堂，恢复国务院。
段的第一步目的达到，就要求第二步，他请求撤销大元帅统帅办事处，袁在这个呈文上批了一句：“君能每日到部办公乎？”段又请求让陆军部接收模范团和拱卫军，袁来个相应不理。袁这时看出段所走的路完全和自己当年对付清朝一样。
段组阁后不久，他接到梁启超一封信，略云：
“今日之有公，犹辛亥之有项城。清室不让，虽项城不能解辛亥之危；项城不退，虽公不能挽今日之局。”
然而段是袁一手提拔起来的人，他虽然不满意袁，可是正如他自己所说的，对袁是“受恩深重”。他是个十足的旧中国军人，因此认为自己出面倒袁是万万不可以，他需要护国军来打倒袁，然后自己以北洋军系领袖的身份来对付护国军。他知道在此以前是袁一个人和护国军作战，所以护国军能居上风，如果护国军和整个北洋系作战，护国军不一定会居上风的！
袁、段之间在这最后关头仍旧不能谐和，不愉快出在国务院秘书长身上，段一天也离不开他的得意门生徐树铮，他想用徐为国务院秘书长，但因为徐是袁最不欢喜的人，所以段怕当面和袁谈此事时弄僵了，乃转托王士珍。王是个阅历很深的黄老派，他当然也知道袁讨厌徐，又不便对段推辞，乃来一个“拖”字，拖了几天没有下文，段忍耐不住，乃请张国淦代他向袁提出。张碍于段的拜托，乃去见袁，轻声地对袁说：“总理想自己物色一个院秘书长。”他的话才说完，袁的脸色就沉了下来问：“他想用谁？用谁？”张一看情形不妙，可是总统如此追问，只好勉强地说：“想用徐又铮（徐的别号）以资熟手。”袁的脸色更难看了，恨声地说：“真是笑话，军人总理，军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀。”然而袁气尽管气，当前情况不是闹气的时候，所以又自己转弯，平下脸色对张国淦说：“你去告诉芝泉（段的别号），徐树铮是军事人材，就叫他再任陆军次长吧！”张国淦是知道段曾托过王士珍的，这时王士珍也在坐，他偷眼望了望王；只见王脸上毫无表情，就好像完全什么也不知道，他心里想王真有道行，不愧是“北洋三杰之龙”。
张从袁处出来，立刻就去见段，他当然不把袁那些难听的言语和难看的脸色告诉段，只把袁要徐树铮做陆军次长的话讲了出来。他的话还没有讲完，就见段猛地把桌子一拍，随手把衔在嘴中的烟斗使劲地扔在地板上，脸色的难看超过了袁，大声地说：“怎么，到了今天，还是一点都不肯放手吗！”段这时虽然走袁辛亥年的老路，然而形势上却不如袁，所以他虽然取得责任内阁的虚名，结果连国务院秘书长都不能派，仍是袁指定的王式通担任秘书长，不过折衷办法由徐树铮为帮办秘书，就是副秘书长。
这一幕历史重演来得太快了，辛亥武昌起义后，清政府四面楚歌，草木皆兵，面临垂亡之顷，明明知道用袁世凯是等于吃毒药，然而却不得不饮鸩止渴。不到五年，袁在全国人民一致反对他，旧部纷纷叛离他的危急关头，也不得不起用段以求渡过难关。袁何尝不知道他的这个老干部已经学会了他的本事，以子之矛攻子之盾，他当然是有戒心的：我只是请你来解我的围，不是请你来篡我的位。辛亥年我接收清政府的兵权，现在你想接收我的拱卫军和模范团，辛亥年我向清政府提出责任内阁的条件，而现在你也向我提同样条件，你真是“孔夫子门前卖文章”。