5年1月5日，袁世凯正式对云南护国军用兵，颁布讨伐令，令云：
“前据参政院代行立法院奏称：唐继尧、任可澄拥兵谋乱，声罪请讨。又据各省将吏先后电称：蔡锷等通电煽动，请加惩办等语，当时疑其另有别项情节，先将唐继尧、任可澄、蔡锷褫职夺官，听候查办；嗣据各路边报，蔡锷纠合乱党，潜赴云南，诱胁该省长官及一部军人，谋叛国家，破坏统一，宣言独立，遣兵窥川，稍拂逆谋，横遭残害，妄自尊大，擅立官府，人民多数反对，饮泣吞声，不能抗其威力。又任意造谣，传播远近，妄称某省已与联合，某国另有阴谋，非诈欺惑众，即挑拨感情，呓语谎言，全无事实。各省军民，服从政令，拱卫国家，各友邦又皆希望和平，敦睦邦交，决非该逆等所得诬蔑。当滇变肇端，政府及各省将吏，驰电劝诰，苦口热心，积牍盈尺，而该逆等别有肺肠，悍然不顾，以全体国民所决定之法案，该逆等竟敢以少数之奸人，违反举国之民意，于政府之正论，同僚之忠告，置若罔闻，丧心病狂，至此已极。该逆等或发起改变国体，或劝进，一再赞同，为日几何，先后迥异，变诈反复，匪夷所思。自古国家初造，类有狡黠之徒，包藏祸心，托词谋变；而如该逆等之阴险叵测，好乱性成者，亦不多见。至滇省人民，初无叛心，军士亦多知大义，且边陲贫瘠，生计奇艰，兵仅万余，饷难月给，指日瓦解，初何足虑。国家轸念滇省军民，极不愿遽兴师旅，惟该逆等倚恃险远，任意鸱张，使其盘踞稍久，必致苦我黎庶，掠及邻封，贻大局之忧危，启意外之牵涉，权衡轻重，不敢务为姑容，竟废国法。着近滇各省将军、巡按使，一体严筹防剿，毋稍疏忽，并派虎威将军曹锟督率各师，扼要进扎，听候调用。该省之变，罪在倡乱数人，凡系胁从，但能悔悟，均免追究，如有始终守正，不肯附乱者，定予褒奖。所有滇省人民，多系良善，尤应妥为抚恤，勿令失所，用副予讨罪安民之至意。此令。”
同时布置三路进兵云南的计划，准备以泰山压顶的力量一举而打垮护国军。然而实际上这三路大军，没有一路发生作用。袁的三路大兵是：
派虎威将军第三师师长曹锟、第七师师长张敬尧、第八师师长李长泰所部入四川。曹锟的第三师原驻岳州，张敬尧的第七师原驻南苑，李长泰的第八师原驻保定。作为正面攻滇的主力。
派第六师师长马继增、第廿师师长范国璋、第七混成旅旅长唐天喜入湘西，兵力包括由南昌调动的马继增所属第六师，由河南调动的第七混成旅，以及由奉天调动的第廿师一部分。
派粤军第一师师长龙觐光由广西入贵州，另由安徽调倪毓棻所属的安武军由湘西入黔。这是侧面的攻击。
袁还有一个打算，是由海道运北洋军到越南，假道滇越铁路进攻昆明，这当然不会获得法国的同意。
袁在丰泽园组织了“征滇临时军务处”，他想请段祺瑞出来替他撑场面，段以“宿疾未愈”为由辞却。这简直好像辛亥年清廷命袁督师而袁对以“足疾未痊”如出一辙。袁为了讨好于段，爱屋及乌，把平素极不喜欢的徐树铮请了出来，小徐因遭袁忌，专心办正志中学，袁忽命其为将军府事务所长，可是段仍无动于中。
袁又想请冯国璋为征滇总司令，可是冯也是和段一样，一再称病，一再续假，暗中却和北方军人及南方实力派接洽议和工作。这也和辛亥年袁暗中与革命军议和一样。
冯国璋称病南京，拒绝北上，袁特派蒋雁行以探病为由，于5年2月13日到南京。冯当然没有病，他抓住蒋雁行的手痛哭流涕地说：“我跟随总统一辈子，总统要如何便如何，为什么总统都不把我当作人看待。”他这话是指他前次赴北京谒袁时，袁对他否认帝制的那一幕。
袁接到蒋的密报，知道冯的“政治病况”，就走马灯似地派阮忠枢、荫昌、田中玉等轮流到南京来疏通冯。暗中却指使蒋雁行勾结江宁镇守使王廷桢就近篡冯的位，又想电召冯到北京，解除他督理江苏军务一职，可是因为山东将军靳云鹏、江西将军李纯打密电请勿调动冯，所以未曾下手。
袁又想借重黎元洪以副元帅名义统率征滇军，可是黎表示宁可杀头不为利用，这一着也落了空。
袁的可悲是他身边已无大将替他主持征滇军事，而他自己呢？既要做中华民国大总统，又要做中华帝国大皇帝，既要管外交，又要管内政，既要筹钱，又要管军事。云南讨袁军突起后，袁只好把全副精神都用在对云南军事上，一方面命政界减薪，一方面以金钱和爵位鼓励前方将士，有功者男爵加封子爵，少将升为中将，旅长升为师长，或者赏食双俸。