康有为八月初五早上离开北京，傍晚到了塘沽，就搭上招商局的海晏轮。海晏轮延期，乃于初六早上改搭太古公司的重庆轮，于11时开航。这时西太后已夺取了光绪的大权，北京政变已爆发了。不过康有为在船上一切都不知道，重庆轮过烟台停泊时他还上岸去买水果和石子。
康有为在搭乘轮船逃亡时，曾经留下两份遗书。
一封是写给他的弟子徐勤，托以后事，书云：
“吾以救中国，故冒险遭变，竟至不测，命也。然神明何曾死哉。君勉（徐勤的号）为烈丈夫，吾有老母，谨以为托，照料吾家人，力任大道，无忧虑也。同门中谁能仗义护持吾家吾国者，央神明嘉之。孔子生二千四百七十五年即光绪廿五年八月九日为绝笔告君勉仁弟，并示同门有志诸子。”
廿年后康有为60岁生日时，又在这封绝笔书上加跋，历叙当时逃亡经过，跋云：
“此吾戊戌八月九日奉密诏到沪，付托门人徐勤勉之绝笔书也。先是难将作，门人林旭两衔德宗朱谕来，第一诏命与同志筹救，谓朕位几不保，不胜焦灼之至。乃与谭复生谋召袁世凯图之。第二诏知为将陷不测，仍假托办官报，命往上海，曰汝一片热肠，朕所深悉，它日更效驰驱，共建大业，朕有厚望焉。且又曰：汝其爱惜身体，善自调摄。盖以在外或安，在内则危，故特遣出外以救之，先帝之若心也。惟为虽奉上命即行，仍欲留京营救，谭复生以救上事自任，幼博赞之，促吾行，黄仲弙告，令吾易僧服走蒙古，幼博跪力请，任公同固请，吾以死生命也，少年在粤遭华德里落砖，如死久死矣。仍往天津经荣禄督署，乃先上招商局船，以无上舱，改乘英人重庆船于六日十时行。是日侵晓难作，先帝遭废，六时步军兵围南海会馆，幼博弟与门人程大璋、钱维骥捕逮矣。即闭九城断铁道，发缇骑三千，大索于京师，谭、林、杨、刘四军机及杨漪川待御、徐子靖、张樵野两侍郎咸被逮，党狱大兴。既不得吾，则又大搜天津陆海，驰电全国，附以吾影像托于各国领事，连日沪船搜捕严密，而吾以五日晓出京，晏然不知也。七日船泊之罘，吾登船游眺，拾海滨五色石数篮而后登船。是时烟台道己奉密捕之电，惟有他事出，在舆中接电不识。及检知即还之罘，而吾船已行矣。乃命飞鹰兵舰逐吾重庆，而飞鹰适载炭不足，遂中道不及。将至沪，吾门人忧甚，纷纷租小轮舟出吴淞外接之，而实无从着力，盖洞察防范已备也。
九日至吴淞外卅海里，英吏登舟持吾像遍视，及吾，延入卧室，出像问曰：汝诚弑耶？吾惊问，乃出伪懿旨相视，曰康有为进丸毒弑大行皇帝，着即行就地正法，钦此！吾即大哭，即投海，英吏抱我曰：外传事未实，姑少待之，遂扶吾过英舰，然以为上必无幸，终当投海耳。乃赋诗曰：忽洒龙漦翳太阴，紫微移座帝星沉，孤臣辜负传衣带，碧海波涛夜夜心。更念老母无以为养，众门人忠肝义胆不以死生易心，不以寒暑易节，可以寄托者，莫如三水徐勤君勉，乃写此书及与吾内子张妙华夫人一书，令其善事吾母，附以诗，令仆藏之，俟吾不测。今阅廿年，君勉经海珠之变而无恙，吾与张夫人幸存，今日门人为吾与张夫人双寿介觞，张夫人亦于戊戌被捕幸脱者。
君勉在高弟被捕，麦孟、华孺、博五、觉任、公裕数人之列者。事阅廿年，吾岁六十，当览揆之日，君勉子良出此书请题，旧梦前痕，我心恻恻。
吾一身经万死本不足计，然吾如被逮于朝，先帝既夕弑，吾永为叛逆，若范蔚宗而国事立可知矣。然吾经十死而不死，今竟能介寿，岂非天命哉？然而此廿年中大劫频仍，朝市变易，国务日落、民生多艰，补天无力，重负先帝重建大业之望，深惭衣带之诏，一死固不足塞责，惟有愧恧感愤而已。此纸写于由重庆船渡兵舰之小轮舟中，索得舟中恶纸劣笔，匆遽写之，故不成书，聊以传言。君勉保存至今，从吾患难廿年如一，益敬不懈，夫与吾游而党者，不啻千万，其始勤终怠，或中道而变者，不可量数，贤哉君勉，臧洪畴也，横览天下岂可得哉。丁巳二月五日康有为年六十览揆时跋此。”
第二封也是在重庆轮所写的绝笔书云：
“我专为救中国，哀四万万人之艰难而变法以救之，乃蒙此难。惟来人间世发愿专为救人起见，期皆至于大同太平之治，将来生生世世，历经无量劫，救此众生，虽频任患难，无有厌改。愿我弟子，我后学体吾此志，亦以救人为事，虽经患难无改也。地球诸天随处现身，本无死理，至于无量数劫，亦出世人而已。聚散生死，理之常，出入其间何足异哉！光绪廿四年八月九日康长素遗笔。到此无可念，一切付之，惟吾母、吾君之恩未能报为可念也。”