袁世凯的历史走到尾声了，他毫无问题是一个枭雄，是政治能手，而他的致命缺点是不肯以诚待人，不肯轻信于人。他出身本是一无凭借，他的崛起，当然是由于他的才智，于是他由庙堂柱石一跃而为民国总统，由民国总统又变为洪宪皇帝，再由洪宪皇帝腼颜回任民国总统，李宗吾的《厚黑学》以形容袁，实在再恰当也没有了。他任事躬亲，集中权力，他明知皇帝不可为而又愿为皇帝，是由于他不喜欢总统受制于国会以及责任内阁削减了总统权力，以为皇帝可以免去这些困惑。
自云南倡义后，他更不放心，遇事躬亲，不幸的是，他已没有当年得心应手的好运，如今全是不如意事，今日接一个独立电，明天接一个劝退电，国贼之名不绝于口；他的老友、部下、学生，甚至亲戚，都指名呼姓地痛骂他。虽然他表面镇静，可是内心的苦恼已臻极点，尤其是陈宦5月22日“与袁个人断绝关系”的来电，更对他是致命打击。他明于责人，昧于责己，他以权诈取天下，当然要失败的。他的御人术，第一是金钱收买，第二是宠以官爵，第三是武力镇压。这三点有时而穷，穷途末路时，以为别人对不起他，其实他从来就不以诚待人。
袁身体素健，平日食量也很大，尤其是喜啖河南烤鸭，每天晚上睡觉前要饮参茸酒一杯。旧中国的士大夫总要摆出一副倚老卖老的姿态，袁也一样，50岁以后见客时就要人搀扶，别人叫他老头子，他则常把“吾老矣”、“衰朽之年”一类的话挂在口头边。民国5年他不过58岁，不应该有骤死的可能，也许他平日过分养尊处优，少于运动，加上妻妾过多，房事消耗，所吃的都是大补大热药品，过分的刺激和打击遂使他一病不起。他害的是什么病，言人人殊，袁死后《政府公报》说是尿毒。当病危时，中西药杂投，罗瞎子、王神仙之类的草药医生也来奉药。由于袁病倒时，正遇陕西陈树藩、四川陈宦、湖南汤芗铭先后来电独立，所以大家便有“送命二陈汤”之语。“二陈”指陈宦和陈树藩，“汤”指汤芗铭，“二陈汤”是中国的药名。
袁病时，每天仍在病榻开榻前会议，处理一切公务，直到病危时，亦不中断，只是改由袁克定在榻前襄助。
袁的病开始于5月27日，在此以前袁已心疲力竭，27日发病时，来势很猛，其家属乃急延中医刘竺笙、萧龙友会诊，但无效果。29日湖南独立，袁左右本不打算让袁知道，可是袁在病中仍逐日召集榻前会议，躬亲处理文电，所以无法瞒他。
6月2日袁命张一麐打电报给老朋友徐世昌，这时徐已归隐河南辉县，袁请他立即到北京来见最后一面。徐于6月5日抵京，立即赶到总统府，袁仰卧病榻，有气无力，喘得很厉害，颤气地说：“菊人，来得……好，来……得好，我……已是不中用……了。”
徐世昌和袁缔交最久，40年的好朋友，不论公谊和私交都相处甚欢，这时见到袁垂危的病容，也不禁老泪纵横。他悄悄背过身去试了眼泪，然后轻轻地说：“总统不必焦心，好好养几天就会好的。”袁却摇摇头闭了眼睛，眼角旁流下了一大颗眼泪。原来先一天袁已病势加剧，总统府急请法国公使馆医官卜西尔诊视病状，卜西尔诊视结果，确定为尿毒症，加以神经衰弱，肝火涌塞，病入膏肓，断定已难挽救。到5日，袁的精神越为不济，卜西尔替袁打了一针“强心针”，袁的神志才略为清醒，正巧徐世昌来了，可是不久袁又陷于昏迷状态。
在袁最后弥留时，口中断断续续地说出了“他害了我”四个字，这好像是他最后的遗言。是谁害了他？他的儿子吗？还是他的朋友或是部下呢？袁死后这一句话以讹传讹，竟说成是革命党以40万金贿赂法籍医生卜西尔给袁打了一支毒针，所以袁打针后喃喃说：“他害死了我”一句话。这当然是无稽之谣，然而袁这句话的真意则和他的去世而埋葬了。
民国5年6月6日清晨3时，袁终于断了气，这位乱世奸雄，清末民初两个时代的重要人物，终于和人世永别了。
袁死后发表遗令如下：
“民国成立，五载于兹。本大总统忝膺国民付托之重，徒以德薄能鲜，心余力绌，于救国救民之素愿，愧未能发摅万一。溯自就任以来，昼作夜息，殚勤擘画，虽国基未固，民困未苏，应革应兴，万端待理；而赖我官吏将士之力，得使各省秩序粗就安宁，列强邦交克臻辑治，抚衷稍慰，怀疚仍多。方期及时引退，得以休养林泉，遂我初服；不意感疾，寖至弥留。顾念国事至重，寄托必须得人，依《约法》第二十九条，大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权。本大总统遵照《约法》，宣告以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。副总统忠厚仁明，必能宏济时艰，奠安大局，以补本大总统阙失，而慰全国人民之望。所有京外文武官吏，以及军警士民，尤当共念国步艰难，维持秩序，力保治安，专以国家为重。昔人有言：‘惟生者能自强，则死者为不死’，本大总统犹此志也，中华民国五年五月六日。国务卿陆军，总长段祺瑞。外交总长、交通总长曹汝霖，内务总长王揖唐。财政总长周自齐。海军总长刘冠雄。司法总长、农商总长章宗祥。教育总长张国淦。”