当黄兴在南京组织讨袁军后，江苏都督程德全阳为赞成，阴存观望，于7月17日托病由南京赴上海。迨7月25日，袁军已攻下江西湖口，程德全乃发出通电，向袁输诚，电云：“南京独立，系黄兴及第八师师长陈之骥所为，现已另刊关防，召集水陆军警，亟图恢复云云。”这时，上海的讨袁军因受外人干涉，司令部被解散，南京无以为恃。冯国璋、张勋乃各率大军沿津浦路南下，黄兴于是功败垂成，退出南京，陈之骥亦取消独立，以师长名义维持南京秩序。8月11日何海鸣重组讨袁军于南京，与冯、张两军作殊死战凡20日，9月1日袁军大举进攻，何兵外无奥援，孤军苦战，困疲万分，不能再守，南京遂被袁军攻占。张勋和他的辫子军攻城时，曾下令城下之日大掠三日以为奖赏，于是南京城被辫子军攻下后，遂遭浩劫。
北洋军对南京的作战任务，是由张勋部攻打太平门，雷震春部攻打南门，冯国璋部攻打北门。张勋使用掘地道、埋地雷种种方法，轰倒了一段城墙，于9月1日攻进了太平门。城破后，北洋军放火烧了下关，城内还有三五成群的讨袁军残部在巷战，这时的讨袁军总司令何海鸣，躲在马棚草堆下得以乘机逃脱。从9月1日至3日，张勋大纵兵士任意地奸淫抢劫，他于9月4日才进城。洗城的那三天中，雷震春军在南门，张勋军在北门，好像划分势力范围一样，挨家挨户地烧杀抢掳，上自天花板，下至阴沟都不放过。许多妇女投秦淮河自杀。由于讨袁军总司令黄兴是湖南人，坚守南京的部队也绝大部分是湖南人，因此张勋对湖南人恨得最厉害，湖南会馆先被查封，湖南人被杀的也不计其数。在抢劫过程中，城内大街小巷出现了各式各样的怪现象，有些兵士脱下军衣，把步枪当作扁担来搬走他们的“战利品”，有的强迫人力车替他们搬运，有的则因抢夺赃物而互相枪击。张勋虽然打了一次胜仗，可是等到士兵们归队点名时，却少了很多，这些士兵不是战死而是失踪，他们为什么失踪呢？原来他们打完了仗，老总们都饱掳满载，发了一笔不小的财，于是他们便开小差回家去享福了。
南京市民用罢市运动来抗议辫子军的罪行，张勋用武力对付，强迫商人开市，他认为开门七件事最要紧，乃勒令柴、米、油、盐、酱、醋、茶店铺首先开门，其余的则一概不理。
9月9日，沪宁火车首次通车，南京市民们扶老携幼，不约而同地都赶到火车站，想搭车离京，以逃避辫子军暗无天日的洗劫。火车站上人山人海，拥挤不堪，人人都争先恐后要离开南京这座黑地狱。因为辫子军在南京的洗劫，毫无终止的迹象，同时又听说张勋且要驻节南京，遂使南京市民们一传十、十传百，这是由于张勋过去治理南京的余悸还深印在大家心上。
提起张勋实在是中国近代史上的一个怪物，他的辫子军杀人放火无所不为。当清帝退位前，他曾率军勤王，勤王军在天津被洋兵挡阻，他才怏怏回到德州。这次听到革命党又在南京“造反”，“袁宫保”又要和革命军打仗，他乃自告奋勇率兵剿“匪”。袁派他会同冯国璋攻南京，这正给他恢复自己因辛亥革命而失去的江南地盘的大好机会。
张勋和辫子军攻下南京后，大肆洗劫，使到天愁地暗，中外震动，连袁世凯听了也为之惊讶，于是发电给南京各军师，全电如下：
“阅路透电，称南京城内住宅商店，茅舍草屋，无不被抢，妇女老小贫富，多被奸淫，其余均入外人家避难，各军皆然，而张部蓝衣兵实占多数。各官长目睹不理，所谓不伤一人，不惊一户之宣告，完全背弃。日本民居，亦多被害，有自日领署出者，被兵枪毙三人，受伤一人云云。此次大兵南下，伐罪救民，似此强暴行为，如果尽确，则是丧尽名誉，大干军律。查各国军人素尚文明，即俘虏亦无凌虐。吾国削平内乱，自残同类，已属可矜，况无辜良民，久困匪中，日望援救，闻者坠泪，见者痛心。若以盗贼之行为，尤而效之，各国传布报纸，目为野蛮，于立国大势，所关非细。且乱党乘间抵隙，执为口实，更足以煽动人心，东南大局，何时可定？各弁目等，谁无身家妻子，入伍为兵，退伍即民，易地以观，忍乎不忍？民纳税以给饷，兵出力以卫民，不能卫之，而反扰之，天良何在？为之官长者，目睹何忍？本大总统治军数十载，素以保民为宗旨，闻此情形，不禁泣下。仰即传集各该官长，剀切诰诫，并明查暗访，得有奸抢实据，立按军法严办，以期湔洗于万一。至保护外人生命财产，更属文明通例，尤应格外留意，勿因细故，败坏大局为要。”