袁世凯不能和国民党共存，可以说是先天就注定了，不必待宋教仁被刺才真相毕露，不过宋教仁案加速了袁和国民党的对立。
袁对他的大敌国民党的处理，非常矛盾，他口中不离“乱党”两字，同时部署一切军事计划要铲除国民党在南方的一切力量。可是他这时还是一个临时大总统，由临时大总统过渡到正式大总统，必须经由国会产生，而国内的多数党却正是国民党，如果解散国民党或者宣布国民党为非法党团，那么国会便不足法定人数，正式总统也无法产生。北洋军系的人主张由军人共推袁为总统，以显示军人力量，袁没有考虑走这一条路，因为时代不同了，现在是中华民国，不是中华军国。
对国民党既然还有些投鼠忌器，因此他对于北京的国民党员就比较客气一点；而身在北方虎穴中的国民党员，也比较有妥协性一点，这是没有办法的事。袁授意北京总检察厅票传国民党北京支部部长吴景濂到案，质问黄兴是不是国民党的领袖，如果黄的“逆叛”行为与国民党有关，那么国民党就该负起“谋叛”的责任，如果黄的行为与国民党无关，国民党就该立刻开除黄兴党籍以明责任，限吴景濂三天内答复。吴景濂拿这个难题无法解决，很想召开一次北京支部大会来研究处理，可是时间太仓促，这时留京的国民党员已伤透脑筋，拿这问题来谈岂不是更头痛。会议召开不及，三天限期转眼即到，吴景濂没有办法，只好想出一个应付的办法，他以个人名义在北京报纸上刊登一段启事：“黄兴除名一案，非经大会不能决定，但限期甚迫，不及召集大会，因即遵令除名。”
袁系骂黄兴是捣乱领袖，其实黄在宋案后一直是主张委曲求全的，对宋案本身言，黄主张纯以法律解决，求是非，讲法理。对于袁政府的态度，黄鉴于外交严重，各国尚未承认民国，蒙藏风云紧急，所以反对用武力对付袁。他的主张受到多数人支持，因此在袁下令免三省都督前，国民党对于解决纠纷的办法是：“宋案责成法院，借款责成议会。”并拟推岑春煊、王芝祥、章士钊、汪兆铭等为调和专使前往北京。
袁免赣、皖、粤三省都督后，国民党方面仍希望不致决裂，所以6月10日李烈钧有蒸电报告袁政府“遵令免官”，并且通电将已经调动的部队撤回原驻地点。6月16日胡汉民有铣电“请授赴藏方略”，并且解释“宋案借款之争，仅系建言作用，不敢出法律范围”。而柏文蔚早在调任令发表之前就表示要辞职。这一切并非国民党施缓兵之计，实在因为国民党的多数派还不打算对袁进行武装抗争，宁愿解除自己的武装力量，只求保存国民党是一个合法政党，在国会中占多数，所以迁就到底。
黄委曲求全终不能全。其实不独黄主张如此，汪兆铭自欧回粤，亦主张国民党可作在野党。汪本内定为北上调和专使，因情势改变而作罢，他的把兄袁克定曾有电给他：“别来经年，想见若渴，弟扶病北来省亲，晳子云兄将来，喜甚。惟迟行未至，伏枕怅望，尚冀早来，借慰病友。克定谏。”
在这纷扰的期间，还有一个酝酿，据说是日本在幕后策动的，就是要在南京另外组织一个政府，推举岑春煊为总统。
民国2年7月28日熊希龄的通电，曾经揭破这个密谋：“报载四省独立，有在宁设立政府，推举岑西林为总统之谣。前南北议和时，犬养毅等于前年冬来华，运动南北分立，渠与希龄本属旧交，屡至沪寓密告希龄，谓袁如得志，中国可危，不如劝孙、黄公推岑为总统与袁对抗，并要求希龄介绍往见。希龄与张謇、汤寿潜、庄思缄、赵凤昌诸君与犬养毅接谈数次，竭力反对。幸黄兴当时力主和议，岑亦病辞不见，犬乃回国。去年春间再到上海，乃不与希龄接洽矣。此日本民党利用我南北分立之实在情形也。”
岑春煊在南京组府之说传了一个时期，后因袁军事力量直扫南方，因之没有出现。岑、袁两人在清时就有大隙，袁依赖奕劻，而岑则反对奕劻。宣统年间盛宣怀红极一时，挟隆裕和载涛、载洵以自重，辛亥起义后，盛主张用岑，奕劻则主张起用袁，其后袁因缘时会，水到渠成，遂代清而为民国元首。岑去福建。福建之役，岑怨袁欺，大失所望，拂袖而去，袁又请岑继黄兴为粤汉路督办。袁与南方决裂，督办亦撤销，袁、岑之间遂更成水火。岑在上海，据说孙、黄都去拜望他，他告诉访客说：“别人都怕袁世凯，我是不怕他的，倒要和他较量一下。我本无意大总统，今既有现成的，就不妨试试看。”
袁既然冒天下之大不韪，用武力来解决问题，他的军事目的当然并不止于撤换国民党系的三省都督为已足，他要粉碎国民党在各省的军事力量和基础，同时还借此铲除所有非北洋系和袁系的军事力量与政治力量，所以袁的最后目的是想达到武力统一全国。