袁生前由于洪宪称帝而和他所培植的北洋军阀发生严重的矛盾，特别是袁、段之间的矛盾，几乎达到了快要破裂的程度。可是袁一死，段近水楼台继承了北洋军系的领导地位，他对袁的怨恨也立刻化为乌有。不只没有了怨恨，他还极力地对袁表示了极大的尊敬。因为段要以北洋军系正统的继承人自居，他就必须要保全封建的传统，他对陈树藩的优予安排也是基于这个理由。
段的这套手法，就像袁对逊清王朝一样。段一切都师承袁，所不同的是：袁采取了总统制，集大权于一身，以后还想当皇帝；段则采取袁当年所反对的责任内阁制，段以内阁总理而集中事权。他捧黎当总统虽说时势所迫，也是一种很好的手法，因为黎不是北洋派，黎当了总统，北洋派的人都要防他，为了防黎，自然而然只有团结拥段了。
袁世凯之死，只是死了一个北洋派的老祖宗，他的得意门生和化身，却是无数个袁世凯活在世上。
段取代袁而为北洋派领袖后，北洋派便不像袁在世之日那么完整，以后的日子是北洋派逐渐走向分裂的局面，首先是直系和皖系，以后是南北战争，北与北战争。这一幕历史很像东汉末年董卓死后，他的凉州军阀们纷争的局面，它留给人们是无比的恶劣印象。倘若民国初年没有这一幕，而是蓬勃建设，中国怎会是今天这个样子呢！
袁世凯死后第二天，陕西都督陈树藩就宣布取消独立，他发表通电如此说：
“袁大总统既已薨逝，陕西独立应即取消。树藩仅举陕西全境奉还中央，一切悉听中央处分。维持秩序，自是树藩专责，断不敢稍存诿卸，贻政府西顾之忧。抑树藩更有请者，独立虽共九省，而袁大总统之薨逝，实在未退位以前，依其职权，究属中华共戴之尊，溯其勋劳，尤为民国不祧之祖。所以饰终典礼，拟请格外从丰，并议定优待家属条件，以表我国民未尽之思。此外关于大局一应善后事宜，退请随时安示遵行，至深感祷。”
他的这个行动，段很满意，认为值得鼓励，于是在6月10日发表命令，任命陈树藩为汉武将军督理陕西军务。从此陈树藩便成为北洋附属军人了。
陈的取消独立电受到北洋派以外全国各阶层的憎恶，国民党领袖之一的于右任打电报质问陈：
“阅公阳电，使人发指。陕西独立，取名护国，自当与西南首义诸省取一致行动。今袁氏朝死，暮即取消独立，且殷殷推袁为共戴之尊，不祧之祖，是则陕西何必独立，独立岂非叛祖？尤异者，请对袁氏饰终典礼从丰而外，又请定优待家属条件，试问袁氏遗产岂少，何待越俎代谋？军兴以来，战地人民死者不下数百万，此等家属，更谁恤之而谁怜之？”
第二个取消独立的，是四川都督陈宦，他是于6月8日宣布，并有电给北京国务院，电云：
“川省前因退位问题，与项城宣告断绝关系，现在钧座既经就职，宦谨遵照独立时宣言，应即日取消独立，嗣后川省一切事宜，谨服从中央命令。除通告各省外，伏乞训示祗遵！”
他之出此也有出的理由，因为他接到黎元洪的策士蒋作宾、金永炎、哈汉章三人发来的密电，以乡谊来劝诱他，现在大总统是湖北人，湖北人应该捧湖北人，如果四川能为西南各省倡导，对当前局势是有贡献的。这些话很能行动陈，何况陈和黎还有一段共事之谊，便是陈未出京前，担任参谋次长，黎则是挂名的参谋总长，黎、陈因为有同乡之私，所以相处甚洽，由于既是同乡又曾同事，陈也觉得应该捧黎的场，所以他未和蔡锷和护国军方面联系，便通电取消独立。
陈这一着却错了。他讨好黎，却不知黎是个无权无实的光杆总统，有实权的国务总理段祺瑞对陈宦却极不谅解，这是为了陈宦宣布独立时的通电中，亲笔加了一句“与袁氏个人断绝关系”一句话。陈当时卖弄聪明，认为袁垮台已属必然，和袁个人断绝关系并不是和北洋系断绝关系，可是这句话在段看来则完全不可宽恕，段很重视道义的，他对“公”、“私”两字的界限划分得非常清楚。段认为凡是受过袁私恩的人，在公的立场上反对帝制则可，在私的方面叛袁则不可，叛袁是忘恩负义，是北洋系的叛徒，段正以北洋系正统领袖自居，他觉得昨天你可以和袁断绝一切关系，明天何尝不可以和我断绝关系？这种人还可以用吗？这是段觉得陈不可用的第一点。其次是陈之取消独立，不是因为段的促成，而是响应黎元洪左右策士（段认为这些人都是小人）的指使，表示对黎的忠诚，这是叛离了北洋系，更是和段利害冲突的。第三是在交往方面，陈宦过去和段相交甚浅，自陈宦督川后，陈一直是和冯国璋相呼应，冯正是和段争夺北洋系领袖的两大对头。四川未独立前，陈宦和冯国璋亦步亦趋，曾派代表到南京联络，而陈下面的旅长冯玉祥也曾派代表向蔡锷建议，在袁下台后拥冯国璋为总统，蔡对此未表示意见，但曾把这个建议转给西南护国军参考。而陈也秘密向蔡建议，在袁下台后实行联邦制，推冯国璋为联邦总统。陈的这些意见段当然也知道，所以段对陈非常不满。