黎元洪的一生，是幸运也是不幸，他在辛亥起义时糊涂地做了民国元勋，又在袁世凯称帝失败后，莫名其妙地坐上了总统宝座。袁世凯在做民国总统时，感觉到做得很不舒服，因此逐渐产生了总统不如皇帝的错误观念，一念之差演成“洪宪称帝”的悲剧。黎元洪则是在总统任内没有过一天舒服的日子，因为黎、段之间势成水火，遂致总统府与国务院之间也无法调和。
黎、段两人有新仇，也有旧恨，旧恨是当黎以副总统身份兼领湖北都督时，段奉袁的密令以绑票方式来武汉，押他上火车，结束了黎在湖北的局面，从此黎在北京做了袁世凯的政治俘虏；新仇是段虽拥黎继任总统，可是在袁死后段去见黎时，一言不发，面孔冷酷有如对待一个陌生的政敌，加上张镇芳又从中挑拨。张镇芳是袁临终时四个接受顾命大臣之一，可是段祺瑞却最瞧不起张，由于张是袁的表弟，洪宪帝制时，张在大典筹备处办事，贪污舞弊，所以段经常骂他是“黄带子”、“掌柜的”。张自然也恨段入骨。黎继任总统后，张在黎的军事智囊哈汉章面前放了一把野火，他说：“我们在项城（袁）的灵前讨论总统问题时，老段反对黄陂（黎）继任，是东海（徐世昌）竭力促成的。”这句话很让黎相信，所以黎非常恨段，对徐世昌则有好感。
至于段呢？压根就瞧不起黎，因为在清朝时，段曾做过统制（等于师长地位）、军统（等于军长地位）和提督，并且署理过湖广总督，可是黎那时才不过是一个协统（等于旅长地位）；到了袁世凯时代，段则是北洋系首屈一指的大将，而黎虽是副总统，在段眼中，不过因缘时会，窃取辛亥革命果实，到北京后只是个政治俘虏；袁死后，黎的总统是段一手“提拔”起来的，如果段不支持黎，黎根本登不上总统的宝座。他在袁死的当天晚上告诉黎派来探听消息的张国淦说：“我姓段的支持黎，就是一句话，不会让姓黎的落空。”
因为段有这些观念，所以完全不把黎放在眼中，黎则看段有如芒刺在背。黎、段之间便因此无法谐合。
黎接任总统后，对当时的各项问题由不问而要问，由要问而多问，他认为小事可以不问，大事必须过问，这对段是无法忍受的。段本已苦于国会给他的困扰，使他不能独断独行，再加上黎元洪遇事总是掣他的肘，使他感到非常受不了。他有时向他的亲信抱怨说：“我是要他来盖章签字的，不是请他来压在我的头上！”
段拥黎为总统只是叫他盖章，这一点可以从段的秘书长徐树铮的一句话中证实。有一天徐树铮拿了三个人事命令到总统府请黎盖大印，黎偶然问到这三人的出身和历史，徐树铮就很不耐烦地说：“总统不必多问，总理早已研究清楚，请快点盖印吧，我的事情还忙得很哩。”黎听了这话真是气得头上要冒出火来，他脸上发青地对手下人说：“我本来不要做这样总统的，而他们竟公然目无总统！”
黎任总统后调张国淦为总统府秘书长（后来张辞职，改由丁士峄），以林长民、贾寿坤、雷豫钊、欧阳葆真、刘远驹、张则川、瞿瀛、施泰祺八人为秘书。军事幕僚有哈汉章、金永多、蒋作宾等。
军事幕僚们经常建议黎必须掌握兵权，他们的理由是：“责任内阁制是指政治而言。军事方面总统既然是全国陆海军大元帅，就不能不管军事，大元帅没有军权，总统有什么做的价值？”这些话黎很听得进去，他把自己的总统地位和袁世凯做总统时候一比，觉得袁当时何等威风，自己今日何等可怜，自己虽不想大权独揽，可是要制止军人的跋扈擅专，则应该把军权抓在自己手上。黎这个意图和段完全对立。段认为袁世凯当年最大的错误就是成立“全国陆军统率办事处”以集中军权，段的解释是：他以内阁总理身份而掌握全国政权，又以陆军总长身份而掌握全国军权。段今日的地位是建筑在军事独裁上，他之所以能控制住北洋系，就因为他有军权，如果让总统管军权，他岂不是手无寸铁，总统一纸命令就可以撤换了他吗。所以这一点他是誓死必争的。
当陈宦带了一师部队离开四川时，黎的军事幕僚擅自打了一个电报劝陈宦自动解散军队，陈宦居然不向内阁请示就奉总统命而行。段为此恨黎的几个军事幕僚入骨入髓，他公开指哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾为府中四凶。段认为黎竟然过问到督军问题（陈宦督湘是黎所坚决主张的），以及解散北洋军队，是可忍孰不可忍，所以段一直要对付陈宦，“杀鸡给猴子看。”
民国元年宋教仁所致力且因此而丧生的理想——责任内阁制，到了袁死后，竟在段祺瑞组阁时实现。因此，这一期间的总统府和国务院的权力，恰恰和袁时代相反，黎虽能忍让，可是也有限度。段的强项，在袁世凯末期已表现出来，他对袁都敢使气，何况他平素就瞧不起黎元洪，如今两人共事，他更不把黎放在眼中了。