早在民国5年李根源在陕西省长任内受陈树藩的压迫，被迫离开陕西后，辗转到了上海，摆在他面前是两条路，一条路去北京投奔段祺瑞，一条路到广东参加护法政府。他不是北洋系，当然不会选择北上。广州引诱他，因为第一：他是政学系，广州非常国会，政学系是多数派；第二在广东有一支滇军，如果他到了广东，便有机会可以把滇军抓在手中。
李根源字印泉，云南腾越（今腾冲）人，日本士官毕业，一脸麻子，自称李大麻子，是一位权术家，其呼风唤雨手段，在当时和徐树铮不相上下。
据说他从上海经香港到广州一段经过极为生动，他到广州后，要对三个人下功夫，其一是孙中山，其二是岑春煊，其三是莫荣新。他先去见岑，岑是军政府首席总裁，又是政学系领袖。李去见岑时，穿的是青衫马褂，脚登双绊鞋，一付老派模样，见到岑即行跪拜大礼，口称：“根源行能无似，遘难陕西，此番间关来粤，愿效驰驱。”然后分析一番大势，有平闽、攻湘、会师中原三策，把岑春煊说得喜笑颜开，从此李根源便成为岑的重要军师了。接着他换了一套西装去见孙中山，力陈自己参加同盟会，献身革命种种，此次在陕西就是因为反对不革命的军阀陈树藩而遭受打击，现在不辞万难，来广州追随先生革命。孙对每一个同志都是信任的，对李根源自然也不例外。最后他穿了军服去见广东督军莫荣新，谈到粤境滇军的统率权，认为云南督军唐继尧遥遥指挥这支滇军是不合理的，也不符现实需要，应该由荣师（指莫荣新）指挥才是。莫荣新听了正中下怀，便对这位来自陕西的云南人刮目相看，引为知己。
李根源在广州分别接触了军政府三位总裁，都赢得了他们的好感，尤其是莫荣新，他是实力派，不久他就发表李根源为粤赣湘边防督办，节制北江的滇军。
滇军是在民国5年护国讨袁时，由李烈钧率领到广东的，此后一直留在广东。军政府成立后，李烈钧出任参谋部长，仍指挥滇军。这支滇军共有两师，番号是第三师第四师。第三师师长是张开儒，第四师师长是方声涛。滇军的防区本来是划在北江，军政府成立后不久，第四师师长方声涛率部移驻西江，北江便只有第三师一师。7年5月，张开儒因为倾向国民党。被莫荣新免职，由唐继尧电派郑开文继任师长。
滇军的矛盾是有双重领导，系统上归云南督军指挥，而实质上则要受广东督军管辖。李烈钧因为是国民党，所以不受莫荣新的欢迎，因此李根源一番游说，很容易便打动了莫荣新。
唐继尧听说李根源被桂系的广东督军委派为粤赣湘边防督办，大为担心，唐知道李的手段，生怕这支滇军被李掌握后变成李的政治资本。但他又无法反对或阻止，于是乃加派李根源为靖国联军第六军军长。靖国军和护国军不同，护国是讨袁，靖国是护法。另方面唐暗暗通知驻扎北江的滇军师长张开儒，要他小心应付李根源。
李根源到韶关接事，他集合滇军训话，在讲台上他先自己左右开弓地打了自己两个耳光，然后用诚挚并且忏悔的语调对滇军官兵说：“根源对不起家乡，对不起三迤父老和弟兄，这次在陕西失败，我自己痛加检讨，深深觉得过去自己在做人做事上太差，对家乡父老尤其对不起，现在我是以赎罪的心情到北江来，请各位安心工作，我不会随意调动每一个官兵。”他的话使到每一个滇军官兵都很感动，大家本来对于这位李大麻子有戒心，自经他一番话后，完全冰释，认为他经过陕西一役，确已改变了。
其实李根源是一步一步要抓住滇军，他的行动当然惹起李烈钧的反感，二李在日本是同学，后来护国之役在云南又是同袍，本是极要好的朋友，就为了争夺这支滇军，为之反目。
8年秋天，国民党元老张继到了昆明，张继是支持李烈钧的，因此便在唐继尧面前放了一把火，张说：“由于李根源插手其间，驻粤滇军变成桂系和李根源个人的政治资本。”这时唐继尧的滇军在四川和广东都有，在四川正和川军作战，而四川战场上的滇军兵力不够，驻川的滇军军长顾品珍对唐也不够忠实，唐怀疑顾品珍和李根源之间有勾结，因此联想到滇军一出滇后，就难为控制，不如把驻粤滇军调回云南。
9年2月3日桂系下手了，广东督军莫荣新命令李根源把滇军第三师师长郑开文和靖国联军第六军参谋长杨晋对调。这个调动的目的，是要把滇系直接委派的师长调离军队，而派一个和唐继尧没有关系的人物来接收兵权。这显然是桂系想吞吃滇军的第一步。