北方直系和桂系纠缠不清，如果西南军人真能在护法旗帜下拥戴孙中山，那么南北局势就会改观了。可惜西南军阀们对孙并不支持，桂系对国民党也不合作，因此南方局势也和北方局势一样复杂。
在广州，桂系有桂系的力量，地方军人是地方军人的力量，国民党是国民党的力量，6年11月30日，广东新任督军莫荣新前赴江岸迎接来自上海的伍廷芳，被人行刺未中。广东地方派军人也和桂系发生磨擦，省长李耀汉以辞职为示威手段，国民党程璧光等乘机推胡汉民继任广东省长，但是警卫军将领联名通电反对更动省长，李耀汉又于12月1日自动复职。李以肇庆为大本营，俨然自成一国，与在广州的福军司令李福林，警卫军统领兼警务处长魏邦平等联结一气，桂系对他们无能为力。
在广东还有一支滇军，共有两师，是第三师和第四师。这时也发生了分化，唐继尧因为在四川作战不利，下令调这支滇军回云南，准备移赴四川作战。滇军第三师师长张开儒置之不理，第四师师长方声涛是福建人，自己想向福建发展，已把师部移驻东江，准备协助陈炯明的粤军进攻福建。因此滇军遂分为两支力量，同时滇系和桂系都争取这支军队的领导权。唐继尧委托李烈钧为驻粤联络员兼驻粤滇军统帅，桂系也委托与滇军有历史的李根源督办北江防务。李烈钧和李根源同是士官同学，又在护国之役并肩作战，可是这时却为了滇军领导权发生了磨擦。
直系和桂系勾结时，直系要求桂系取消自主，解散军政府和非常国会，桂系没有完全照直系的要求做，是因为自身也有困难，一方面北方主战派还叫嚣讨伐，不能自乱阵容：一方面国民党也有武力，尤其是海军，因此投鼠忌器。不过桂系并不拥护国民党，而是暗中勾结西南各省的实力派，组织“护法各省联合会”，以拆护法军政府的台。
桂系的骑墙手段，让孙中山大为愤怒，因此亦积极充实国民党的实力，争取广东地方派军人为同盟军，派人到各县招收民军以扩充自己实力。广东督军莫荣新通令各县，要把孙所委派的招兵委员当做土匪就地枪决，单是增城一县就有69名招兵委员被杀。孙痛感两广军阀太没有革命观念，因此想带兵到福建另谋发展，但桂系又不肯给予物资支援。12月下旬又有两个招兵委员在广州被捕，孙写信给莫荣新要求保释，莫竟连信都不回就把两人枪决了，这使得孙忍无可忍。
民国7年1月3日，孙中山以大元帅名义密令海军、滇军和地方军人举行一次军事突袭，以推翻桂系在广东的统治。海军豫章、同安两舰接到命令后，按照指定时间开出广州，向观音山发炮作为起事信号。炮弹打到观音山，广东督军莫荣新急忙传令熄灭灯火，避免目标暴露，同时不许开炮还击，并打电话到海琛舰的海军总长办公室，请程璧光调处。程立即派海琛舰向豫章、同安两舰传令停止炮击，并令两舰开回省城。这两舰发炮后没有获得陆军响应，又接到长官命令，只好开回省城，两个舰长且受撤职处分。
程璧光虽是国民党，可是他不赞成激进，且反对广东内部分裂，早在6年11月15日孙中山曾命令海军炮击观音山以驱逐前任督军陈炳焜，就因为程璧光反对而未实现，这次孙因为获得地方派军人所表示的支持，才避开程璧光而直接下令，如果当时各方都支持孙的决定，桂系是可能被赶出广东的。无奈当时大家都为自己打算，意见不统一，行动不坚强，所以孙想驱逐桂系出广东的计划遂告流产。
莫荣新应付海军战舰的攻击是冷静而不还击，这个手段非常高明。
第二天国民党元老和桂系对这一突发事件一致主张进行调解。孙中山向桂系提出五个条件：（一）承认军政府为护法各省的最高领导机构，（二）承认大元帅有统率军队的全权，（三）承认广东督军由广东人选任，必要时大元帅得加以任免，（四）被捕民军代表交军政府处理，（五）广东外交人员由军政府任命。莫荣新回答说：第一至第三条须向陆巡阅使请示，第四、第五两条修改为“须得军政府的同意”。莫荣新的答复，等于一个条件也没接受。不过护法军政府和桂系之间的紧张情势总算告了一个段落。大元帅府新任参军长黄大伟发表了一个文告，公开指斥桂系军阀“戴冯拒段，停战乞和”，不过末了说：“督军勇于认错，愿意表示歉忱。”
1月9日孙中山招待各界人士说明这次事件真相，强调“军政府是中华民国唯一的合法政府，如果说不承认军政府，又不承认北京政府，中国岂不是一个无政府的国家。”接着孙指出军政府成立以来，由于地方当局不合作，以致形同虚设，贻误戎机。至于谈到这次炮击观音山的问题，孙表示：莫督军既未开炮还击，又能接受条件，军政府有了生路，也就不必苛求了。最后用光明磊落的口气说：自己愿意率一支军队北伐，以减轻广东人民的负担，宁可在外面讨饭，也不愿加重广东地方的因扰。