9年7月2日徐世昌正式下令批准靳云鹏辞职，靳在请假期间，国务总理是由萨镇冰代理。靳辞职后，亦竭力推荐周树模组阁，自己愿意担任陆军总长。靳的坚决求去，是因为安福系三总长遇事和他作对，而在直皖两系磨拳擦掌，跃跃欲战的局势中，他感到左右作人难，更怕皖系以叛徒名之，所以他急于求去。他之所以愿意退居陆军总长地位，是怕他不做，小徐便乘机攫去，他和徐树铮同名列段手下的四大金刚，可是两人却势同水火。
北京虽忙于新阁问题，而保定关心的却是小徐解职的问题，张作霖与曹锟里应外合地催促罢免徐树铮。吴佩孚宣称非取销筹边使不可，如有反对，决先解散国会，盛传吴军已开抵长辛店。
7月4日，徐世昌在总统府举行特别会议，参陆处员均到，会议结果，对西北军决用部令改归部辖。西北军司令部即撤销。徐树铮开去筹边使，改任将军，遗缺由李垣署理。散会后即由总统府拟定命令共有三项：
（一）特任徐树铮为远威将军。
（二）徐树铮应即开去西北筹边使，留京供职，西北筹边使着李垣暂行署理。
（三）西北边防总司令一缺着即裁撤，其所部由陆军部接收。
这些命令，徐世昌认为是根据29日徐段张三巨头会谈时所决定的，当时段在会谈时并未表示反对，可是段祺瑞则认为他在会谈中没有同意这个决定，段认为徐世昌是自己扶起来的傀儡，现在竟依靠“地方藩镇”势力而自专自行。对于徐树铮的处置不经辞职而予免职是不给面子，也不顾及段的颜面，所以命令发表时，段在团河大怒大骂。
靳云鹏辞职获准后，依法阁员应随总理同进退，所以代理总理萨镇冰主张联带辞职，可是安福系的三位总长都出而反对，相约不提辞呈。当总统准靳氏辞职时，即打算提名周树模为国务总理，咨请同意案送至国会，而安福系的国会议员则相约以不开会抵制，以阻止周树模的提名。
迨徐世昌不待徐树铮自请辞职而予以更调，段为之震怒，安福系议员更形愤激。
7月5日段祺瑞以边防督办名义命令边防军紧急动员，边防军下级军官联名上书请求说明开拔地点和作战任务。段向他们作了一次简短训话，鼓励他们奋勇作战，如果这一战不能打胜，不但他个人失败，边防军也一定不能存在，全体官兵的命运均将不堪设想。
同一天，西北军五个旅长都有电报挽留徐树铮仍供原职，久病不起的段系大将倪嗣冲，也到了北京，可是他的病势沉重，一抵京即赴北戴河养病去了。
北京城顿成谣言城、恐惧城，达官贵人纷纷出京避难，东交民巷的使馆区和外国饭店都告客满，张作霖也搬到奉天会馆来加强戒备。
7月6日徐世昌又请张作霖去团河再作最后一次努力，这天段的火气很大，咆哮着说：“罢免吴佩孚，万事皆休！”张说：“这恐怕办不到吧！”张作霖劝段冷静，应该化大事为小事，退一步着想。段听了很不耐烦地说：“你回你的奉天，不必管这儿闲事。”张听了一声不响就告辞而去。
这时，段派积极备战，直军亦布置防线，不遗余力。7日深夜1时，张作霖并未与任何人作别，悄然乘车出京，在军粮城下车，随即宣言“局外中立”！
8日午前，段祺瑞由团河回到北京城，在将军府召集全体阁员及军政首要举行联席特别会议，靳云鹏等均列席，出席人员逾800余人。段极端愤怒，决定呈请总统将曹锟、吴佩孚、曹锳免职。交段亲自查办。下午国务院开临时会议，结果吴佩孚予以免职处分，曹锟则改为褫职留任，由交通总长曾毓隽、司法总长朱深送府盖印。
段在将军府议决惩办曹吴后，明知曹吴一定反抗，必至兵戎相见，乃退至私宅，召集近畿各师长，讨论出兵计划，决定派出五师，以曲同丰所部边防军第一师为第一线，刘询所部第十五师为第二线，陈文运边防军第三师为第三线，李进才第十三师为第四线，魏宗翰第九师为第五线。同时命交通部转饬京汉路局赶备专车输送。这一来，惊惶的北京城，更为恐慌，纸币骤跌，要人家眷纷纷迁徙，箱笼什物遍街触目。情形一如张勋复辟前后。
段祺瑞呈徐世昌请拿办曹吴呈文云：
“呈为揭劾奸凶，呈明拿办，以整纲纪而振人心事。窃维国于天地，必有与立。法制纪纲，人人所应恪守。封疆大吏，膺方面之重寄，为群众所具瞻，宜如何正己率属，恪供尔职，双报国家倚畀之隆，而尽守法服官之责。若曹锟者，始以第三师长奉派入川，无功而归，尚无大过，适直隶督军员缺，遂以畀之，意尚不满，寻与张勋歃血为盟，秘图复辟。讨逆军突起马厂，声威甚盛，曹锟中慑，乃请附义军，首鼠两端，论功已属可耻。事未几即定，而彼骤增三旅，并要请上将头衔，比因湘战方亟，姑予报可，授以两湖宣抚使之任，兼第一路总司令，俾率众南征。讵彼徘徊汉上，拥兵不前，继假吴佩孚转战之力，获拔长岳，而曹锟不以为喜，反从而嫉妒之。政府拟任吴佩孚为湖南督军，曹锟则再四力阻，惟恐其名位出己上，嗣授以孚威将军，而曹锟仍怏怏，时出怨言，谓政府将夺其所部。于是委师北旋，逍遥津保，嗾使吴佩孚叛变。一则要请经略四省，再则恳求增兵四旅，挟势邀赏，不获不休。政府欲资劳以收统一之效，遂不惜委曲以徇所欲，尽允其请，而卒未出保定一步。今大总统当选时，吴佩孚以曹锟部将仍敢妄肆诋毁，称曰五朝元老，至就任后，犹称东海先生，未赏一尽敬上之礼，与入衡前行止顿异。电文具在，海内切齿。曹锟不惟不加约束，反曲代辩解，纵容指使，情节已属显然。吴佩孚驻守衡州，暗与敌通，受贿六十万无，沿途使用广东毫洋，证据确凿，无可讳言。擅自撤防，叛不奉命。逗留鄂豫，吓诈金钱。盘踞京汉陇海各路，检查邮电，梗阻交通，搜检行人，碍及商旅。又监视巩县兵工厂，私留部械，扣阻陆军部采购之军米，意令京军绝食。截留发给江西之枪弹，意令赣军陷敌。目无政府邻省，跋扈恣睢。而曹锟乃派兵横出京奉、津浦各路，监视德县兵工厂，遥与为应，且令所属津保一带队伍，群向京师修筑炮台，作长围之势。其胆大妄为，罪恶擢发难数。此次湖南失事，全出曹锟奸诈所蔽，自知湖南沦陷，无颜居湘、鄂、川、赣四省经略之名，乃更觊觎直、鲁、豫、晋四省巡阅之职。觊觎而不遽得，羞惧无可掩饰，则妄造黑白，攻击西北边使，迫挟元首，违法出令，以泄骄蹇之气。外蒙全境，大逾内地数省，辛苦收回，未费国家一钱，较之丧失湘省损兵弃械，害民祸商，相去何啻天壤。不知为国进贤，乃独数数勾通陆荣廷，诱惑元首，屡请起用复辟罪魁之张勋，诚不知是何肺肠矣。至其贪墨黩货，不恤士卒，尤堪痛恨。南征时国库奇绌，强索军费数百万元，……其一切贪谋秘计，均由其弟曹锳为之布画，亦难兄难弟也。本上将军创建民国，至再至三，参战一役，费尽苦心，我国国际地位，始获超迁。此后正当整饰纪纲，益巩国基，何能听彼鼠辈，任意败坏法律，牵惹外交，希图摇动邦本。谨用揭明罪状，上请大总统迅发明令，褫夺曹锟、吴佩孚、曹锳等三人官职，交祺瑞拿办。余众概不株连。整饬纪纲，以振人心，而定国是，去腹心之患，则统一可翘足而待。兵队现经整备，备齐即发，伏祈当机迅断，立涣大号，与天下更始，不胜激切屏营之至。谨呈大总统。”