云南省是护国讨袁的首义地区，护国军的主力几乎全是滇军。当时护国军分为三路：一军由蔡锷率领出四川；一军由李烈钧率领经贵州向湖南和两广发展；一军由唐继尧领导，在云南坐镇。
护国讨袁战争期间的军费全部出在云南。云南本是一个协饷省份，不用兵时还要靠中央协饷，护国期间为了大敌当前，军事第一，全省出兵出饷，悉索敝赋；但是讨袁战争结束后，军饷问题并没有解决，加以蔡锷去世，少了一个强有力的发言人，于是省外的滇军变成了孤军。蔡锷留在四川的军队起先由罗佩金统率，后来便由顾品珍统率。四川的将领都反对滇军在四川驻防，因此护国之后五年间，川军一直对留川的滇军采取敌对态度和不断的攻击。滇军在川日久，也有回乡之心，于是发生了民国10年顾品珍率军由四川回云南夺取唐继尧帅印的一幕。
在四川的滇军由顾品珍率领从四川退出，其情形虽然不像粤军回粤，可是他们自然是要找出路。老实说，云南在护国倒袁时期，扩充军队太快。袁死后，这些部队没有妥善地安置，一支留在四川，一支留在广东。人们或许以为唐继尧有野心，想霸占四川，其实这些军队在外，唐也不一定能够控制，不过唐总希望他们在省外发展，不要回云南，因为回云南，云南在财力上养不起这么多的兵，同时有兵在手的将领们，说翻脸就很危险。顾品珍的滇军撤出四川后回到云南就是一个例子。
滇军退出四川时，有900万元军饷未发，这是滇督唐继尧的责任，唐曾请求广州政府接济，但孙中山在穗一样是很拮据，所以无力为助。唐于是和美国商人代表安迪生接洽，准许美商组织明兴公司，在云南采矿，交换条件是美商先垫借200万元，并赠唐本人干股200万元。这个消息传出后，云南省内外的人士一致反对，美商为此不敢投资，唐继尧筹款发饷的计划便无法实现。
当时云南内外对唐继尧有一种潜伏性的反感，因为唐宠信他的堂弟继虞，唐继虞原名继禹，绰号唐三瞎子，曾私运烟土到上海被通辑而改名。云南人叫他唐三，唐继尧对他言听计从，曾拟让予省长一职，因部下反对才改派秘书长周钟岳为省长，但唐三仍任靖国联军总参谋长、昆明卫戍司令等职，权倾一时，使滇军颇为不满。
从四川退下来的滇军军长顾品珍取道毕节进抵宣威，外间便传出顾要取昆明，夺帅印。唐也风闻军心不稳，乃派省长周钟岳到宣威，拟请顾品珍担任东防督办，划出云南迤东为顾的防地，并且答应迅速发饷以安军心。当周传达这个意见给顾后，顾立刻表示接受，同时发出通电声明自己没有政治野心，所谓进军昆明完全是谣言。
唐的安抚政策并没有收效，因为欠饷没有发下，军心仍然摇动，因此谣言还是沸腾起来。
10年1月29日，叶荃（原护国第五军军长）所属靖国联军第八军之一部在云南寻甸、宜良发生闹饷风潮，准备进攻昆明，唐继尧派兵前往镇压。2月5日省军战胜了叶部，把被俘的叛军官就地枪决。然而因为唐的军队调出了昆明，城防空虚，使在宣威的顾军得以乘虚而入。2月7日顾率军向昆明疾进，抵达距昆明只有一百里的杨林，唐不觉手忙脚乱，已无可靠的部队拒顾，只好再派周钟岳前往杨林欢迎顾军入城。
10日这天，唐宣布裁撤靖国联军总司令部，在富滇银行提出现款50万元，连同私人细软移往车站，准备出走。
2月8日，是旧历元旦，唐继尧怀着沉重的心情离开了昆明，由他的佽飞军大队长龙云的护送下，乘滇越铁路的火车前往迤南。龙云后来成为唐继尧的继承人，统治云南达18年，他也是昭通县人，字紫丞，后来号志舟，出身彝族。他们的彝寨名叫金河，少年时他在彝寨中就学习枪棒和拳术，精通内功，辛亥革命后他和卢汉得谢汝翼的介绍，进入了云南讲武堂，由于学科术科都名列前茅，所以被唐继尧所尝识，把他分派在唐的卫队“佽飞军”中担任小队长。佽飞军是个特别名称，出典于汉代，汉代以佽飞为武官的官名，据说佽飞是古时候最有名的勇士，汉代便以此为武官官名，唐继尧把他特别挑选的卫队编为佽飞军。龙云当了佽飞军小队长后，并没有什么特别的表现，可是有一天机会来了，昆明忽然出现了一个法国籍的江湖奇士，自称力大无比，在昆明摆了擂台，一连几天，击败了上台挑战的好手，得意洋洋地用洋泾滨国语说他是天下无敌。恰巧这天是假期，龙云和卢汉都放假下了五华山，听说法国大力士摆擂台，便相率前往观看。看到法国大力士那副目空一切的样子，大为不满，龙云是个血性男儿，于是一扬声，愿向大力士挑战，从容地迈步登台。大力士一看，来的人个子不高，身子不壮，言不出众，貌不惊人，便存七分轻视。可是龙云却一脸严肃之态，一拱手说声请，要对方出拳，大力士不忍心先动手，可是洋人多不懂礼貌，待了一会不见龙云出拳，便对准他的鼻梁一拳，怎知龙云在让拳时已运足了内功，见对方一拳打出，就用右臂轻轻一抬把大力士的来拳挡开，说时迟那时快，龙云的右腿已是一个扫膛腿就把大力士扫出了擂台。两人交手还不到一分钟，大力士便被击倒了。台上台下一片喝采，观战的人觉得龙云替中国人出了一口气，都热烈鼓掌欢呼，从此龙云便成了昆明家喻户晓的英雄。他虽然出身彝族，可是对唐继尧非常忠心，而且肯读中国古书，悟性很高。慢慢地自以为是中国正统儒家传统的保卫者。