段祺瑞转任参战督办后，冯国璋的主和立场反而逐渐软化，冯既然被迫放弃主和立场，7年2月5上一连串下达了六道命令，兹抄录如下：
（一）查湖北襄郧镇守使兼陆军第九师师长黎天才，暨湖北陆军第一师师长石星川，分膺重寄，久领师干，宜如何激发忠诚，服从命令，乃石星川于上年十二月宣布独立，黎天才自称靖国联军总司令，相继宣告自主，迭次抗拒国军，勾结土匪，攻陷城镇，并经各路派出军队，奋力痛剿，将荆、襄一带地方，次第克复，而该两逆甘心叛国，扰害闾阎，实属罪无可逭。黎天才、石星川，所有官职勋位勋章，应即一并褫夺，仍着各路派出军队，严密追缉，务获惩办，以肃军纪而彰国法！此令。
（二）谭浩明等，拥众恣横，甘为戎首，前已有令声罪致讨。谭浩明以现任督军，不思绥辑封圻，恪尽军寄之责，乃竟自称联军总司令，率领所部，侵扰临疆，若再滥厕军职，何以申明纪律，警戒来兹？署广西督军陆军中将谭浩明，着即褫夺官职暨勋位勋章，由前路总司令一体拿办。其他附乱军官，并着陆军部查明惩处，以彰国法而警效尤！此令。
（三）前因湖南督军傅良佐，代理省长周肇祥，擅离职守，曾令免职查办。两月以来，荆、襄叛变，岳州失守，士卒伤亡之众，人民流离之惨，深怆予怀。追论前愆，该前督等实难辞失律偾事之咎。傅良佐一案，着即组织军法会审，严行审办。周肇祥职司守土，遇变轻逃，并着交文官高等惩戒委员会依法惩戒，以肃纲纪而儆方来！此令。
（四）陆军第八师师长王汝贤，前令以总司令代行湘督职权，督同第二十师师长范国璋保守长沙，立功自赎，乃竟相继挫败，省垣不守。此次岳州防务，范国璋所部，又复先行溃退，总司令王金镜，身任军寄，调度乖方，以致岳城失陷，均属咎有应得。王汝贤、范国璋，均着褫夺军官勋位勋章，交曹锟严行察看，留营效力赎罪。王金镜着褫夺勋位勋章，撤销上将衔总司令，以示惩儆！此令。
（五）江西督军陈光远，于湖南战役，叠有电令进援，乃该督军托故延缓，致误湘局，殊难辞咎。陈光远着褫上将衔陆军中将，仍留督军本职，俾其奋勉图功，以策后效！此令。
（六）冯觉得又主和又主战，对国人颇难交代，于是下令“罪己”：“……迨前湖南督军傅良佐弃职轻逃，前援湘总司令王汝贤，副司令范国璋，接踵溃退，长江陷落，大损国威。前国务总理段祺瑞暨各国务员等，以军事失败，政策挠屈，引为己责，先后呈准辞职，国璋于此，正宜申明纪律，激厉戎行，奋一鼓之威，作三军之气，乃因湘有停止进兵之电，粤有取消自主之言，信让步为输诚，认甘言为悔祸。方谓干戈浩劫，犹可万一挽回，固料其非尽真诚，而终思要一信义，于是布告息争，以冀共维大局。孰意谭浩明等反复恣肆，攻破岳州，今则攘夺权利之私，实已昭然若揭，不得不大张挞伐，一翦凶残。然苦我商民，劳我师旅，追溯既往，咎果谁归？傅良佐等偾事失机，固各有应得之罪，而举措之柄，操之中央，循省藐躬，殊多惭德。兵先论将，往哲有言，泛驾之材，讵可轻驭。国璋不审傅良佐等之躁率，而轻用人，是无知人之明也。叛军幸胜，反议弭兵，内讧终凶，言之成理。国璋欲慰大多数人之希望而径许之，是无料事之智也。思拯生灵于涂炭，而结果乃重扰闾阎，思措大局于安全，而现状乃愈趋棼乱。委曲迁就，事与愿违，是国璋之小信未能感孚，而薄德不堪负荷也。耳目争属，责备难宽。既丛罪戾于一身，敢辱高位以速谤？惟摄职本出《约法》，讵容轻卸仔肩？鄂疆再起兵端，尤应勉纾筹策。所望临敌之将领军队，取鉴前车，各行省区域长官，共图后盾，总期大勋用集，我武维扬，俾秩序渐复旧观，苍赤稍苏喘息。国璋即当返我初服，以谢国人。耿耿寸心，愿盟息壤，凡百君子，其敬听之。特此布告！”
主战派稳居上风后，不止是要严惩西南人物，同时也要整肃北方主和派，并且还明目张胆地宽赦帝制犯。2月4日北京政府下令：
“据督军曹锟等呈：时事多艰，人才难得，查有梁士诒、周自齐、朱启钤三人，前因政治嫌疑奉令通辑，嗣于上年七月间军事猝起，奔走擘划，多所裨助，拟请略迹原心，复其自由等语。梁士诒、周自齐、朱启钤免予缉究。”
接下去便有康有为的弟子陈焕章（总统府顾问、孔教会会长）根据这道赦令，呈请为张勋和康有为开脱：
“帝制犯可赦，复辟犯亦可赦。人才难得，法律平等。”