张怀芝和曹锟本来都是激烈的主战派，忽然产生了厌战气氛，曹锟一再请求回直隶养病，5月29日没有等待段祺瑞同意，就离开汉口，还把第一路司令部全部带走。30日张怀芝也率领亲信径返山东。这两位大将在离开汉口之前，曾与王占元、赵倜、陈光远、李纯交换意见，打算发出一个电报，假口“民生凋敝，不堪再战”，命令前方“停战待命”。
段听说前线将帅公然主和，大为震动，赶紧活动疏通，花了很大气力才说服他们没有发出这个电报。虽然如此，段已深感他的阵营中，主战派全变了主和派了，这是新的主和派，其中三个是原来的主和派，三个是原来的主战派，现在他们结合起来了。最不幸的是这个新的主和派领袖竟是曹锟。
直军前线全体将士也联名发表通电，力言湘省水患滔天，瘟疫流行，兵疲将惫，不堪再战。同时前线直军的五位旅长也联名发表请假的电报，这五位旅长是王承斌、阎相文、萧耀南、张学颜、张福来。所谓的请假就是怠工示威，五位旅长联名请假就是集体怠工。
新主和派的出现，显示北洋派内部的矛盾已经错综复杂极了。过去段祺瑞的皖系主战，冯国璋的直系主和，曹锟以直系大将而参加主战派，促成了段在冯段之争中操到胜券的主要原因。现在，正当南北战争的有利形势落入北军手中时，忽然原来的主战派全部转到主和派，实在是一桩极大的转变。由于主和势力大增，厌战情绪就像一种流行病一样蔓延到整个主战阵营来，连极端主战的倪嗣冲也不愿让他的安武军独当其冲，因此也请求北京把他的军队调回休息。
为什么主战的将军们在紧要关头上竟会主和呢？这也有实际因素，由于张敬尧部队的军风纪太坏，使北军在湖南完全不受欢迎。湖南人民憎恶北军，使北军在湖南的处境完全不利。另一方面南军在抵抗北军的战争主力完全未受损害，尤其是桂军元气完全未受伤害，如果北军进一步打到粤桂边境，则西南内部自会团结抵抗，则北军能否胜利实不可知。
段祺瑞在这种情形下，认为再催促前线的北军进攻是不可能了，因此他决定对湖南改攻为抚，派赵春霆为湘南镇守使，兼湖南招抚清理局局长，派员分途招抚南军，凡愿受抚者，一律改编为“国军”，官兵仍供原职，凡不愿入伍者，准其给资遣散。这是一个很恶毒的分化南军，尤其是分化湘军的策略。
段本人始终无意于终止武力统一政策。
就在主和空气声势大振时，一位著名人物龙济光在广东兵败被逐出后，到了北京。龙济光不能在广东立足，想跑到北京来找机会，他有两个目的，一是自吹自擂，说他在广东还有很大的力量，如果得到有力的支持，打回广东是不成问题的；另一个是为了要钱，他说曾垫了笔军饷1000万元，要求北京政府发还给他。
段对龙济光极尽拉拢，且想利用他来作为示范，仍然称他为两广巡阅使，给他以热烈的欢迎。龙济光向段要求准许在北方招募新兵30营，加以短期的训练，然后由海道运赴广东，作为反攻广东的基本力量。段答应龙济光在天津设立振武新军办事处，发给他一笔军费和一批军火。同时大肆鼓吹，说广东内部有隙可乘，龙巡阅使在广东仍有潜势力。
龙济光在北京高唱征粤时，闽粤边境的形势颇于北军不利。原来李厚基在段祺瑞的督促下，曾联合浙军进攻潮梅，不料受到粤军陈炯明的阻截，陈军且乘势反攻，5月17日粤军占领武平和永定属之芦下坝，20日占领上杭属的峰市，30日占领永定，31日占领长汀。6月2日以前，粤军以破竹之势完全取得汀州各属。
段祺瑞在北京又拟定了第五期作战计划，是在湖南采取守势，但在广东采取攻势。
6月10日段祺瑞召见旧国会参议长王家襄，段曾询王究竟有多少国会议员到广东去？王说：最近又有不少议员到广东去，因此非常国会可能凑足法定人数改开正式会议。段说：我现在将派45000人打广东，两个星期开始攻击，请你告诉议员们，千万不要再去广东。凡是附和南方的，一概格杀不论。
段组阁后，一直没有到总统府去看过冯国璋，有人告诉段，冯目前仍然还是总统，总理应该去见总统谈谈。5月31日段破例地到总统府见冯，报告中日交涉已告一段落，并且说今后仍当随时报告。
6月7日，一直住在天津的徐世昌突然到北京来，他抵京后，倡议冯段合作，同时主张在北洋派内取消内争，直系皖系的界限应该同时消除。过去人们都说徐世昌是活曹操，冯段交恶时，大家认为徐世昌应该站出来调和，而徐却躲在天津不肯见人，梁士诒由北京到天津时，亦促徐命驾入京为鲁仲连，徐向梁士诒说：“过去黎时代，府院是明争，我尚能调解，如今是暗斗，我无能为力，实在心有余而力不足。”所以当徐到北京大倡调和冯段之争时，大家知道北京政局在酝酿新的变化，否则徐不会贸然到北京来的。