民国7年3月18日北军攻占岳州，捷讯到达北京，冯国璋仍想贯彻他的和平主张：“北军对南的军事行动以岳州为止”。他认为岳州既已收复，北洋派的声威得到恢复，而桂系又愿意谈和，则何必一定要劳师动众，对南用兵。他的主张正在拟成命令尚未发出时，3月19日接到了督军们的联名电报，这通电报以曹锟为首，包括长江三督在内，共有15省三特区的北洋军阀们，他们要求段祺瑞再起组阁，内云：“锟等互相约定，我公复任揆席，则同人誓当一致，共扶危局，否则亦惟从公高蹈，不问世事，全国安危，同人离合，均系我公一身。”冯接到这个电报，简直像接到哀的美敦书一样，没奈何只好再请段勉应众命，以北洋团体为重，接受组阁大命。段仍表示“无意于此”；冯则指天誓日地表示愿与段同生死，共患难。并且自动承认五个条件：（一）参陆办公处仍然迁回国务院，以靳云鹏为主任以代师景云。（二）国务院决议，总统保证不擅改一字。（三）阁员由总理选择，不必征求总统同意。（四）公府秘书长由总理推荐。（五）中央（指总统）致各省的电报，须由院方核发。
3月23日大总统令准署国务总理王士珍辞职，特任段祺瑞为国务总理。24日派张志潭为国务院秘书长。25日参陆办公处迁回国务院。27日令张敬尧为湖南督军兼署省长。28日令改海军总司令为特任，以蓝建枢为总司令。29日令陆徵祥复任外交总长，钱能训为内务总长，段芝贵为陆军总长，刘冠雄为海军总长，傅增湘为教育总长，朱深为司法总长，田文烈为农商总长，曹汝霖为交通总长兼署财政总长，吴鼎昌为财政次长。4月4日晋授曹锟勋一位，一等大绶宝光嘉禾章。授予张敬尧一等文虎章，二等大绶宝光嘉禾章。授予吴佩孚勋三位，二等大绶宝光嘉禾章。犒赏攻克岳州和长沙的将士各30万元。另以6万元赈济湘灾。
新任参陆办公处主任靳云鹏和徐树铮、吴光新、傅良佐四人是段祺瑞手下的四大金刚，四大金刚中以徐树铮最能呼风唤雨。新任国务院秘书长张志潭字远伯，是徐树铮很赏识的人，徐原来做国务院秘书长时，张是秘书，一切大小事徐都和张商量，徐曾告张国淦说：“远伯才气高，我希望他将来可以接替我。”段这次组阁后，徐树铮是扭转局势的大功臣，所以重要人事都是徐的安排。不过徐树铮后来却和张志潭闹翻。
段第三度复任总理，上台后第一件事就是通令各省，称北军为“国军”，南军为“敌军”，不许再用北军、南军字样。这表示段要把武力政策进行到底。而段的宠臣徐树铮得意洋洋地到北京来祝贺新内阁时，也公开表示“不打到广州决不罢兵”。
段确定了对四川、湖南、广东三省进兵的第三期作战计划：（一）湖南战场仍以直军为主力，俟湘东之“敌”肃清，即抽调张怀芝的第二路为进攻广东主力，同时令江西的“国军”向南雄推进，福建的“国军”向潮汕推进，会合广东境内龙济光军四路进攻。（二）以奉军为进攻四川主力，分为两路，一路由鄂西入川东，一路由陕南入川北，会合陕军和刘存厚的川军进攻。
同时电前线将士予以嘉奖，电云：
“据第一路总司令两湖宣抚使曹锟，总司令湖南督军张敬尧等，迭次电称：‘各军自三月十八日克复岳州后，节节进攻，分途收复平江湘阴两城。二十五日，由同山口进窥长沙，逆军处处死抗，经我军协力痛击，星夜追逐，逆势不支，遂于二十六日将长沙省城完全克复’等语。此次各军激于义愤，忠勇奋发，由岳州取长沙，曾不数日，力下坚城。该总司令等督率有方，各将士忍饥转战，嘉慰之余，尤深轸念。所有在事出力官兵，着先行呈明，分别呈请优奖，仍即督饬各军，乘胜收复县邑，以奠全湘。所有地方被难人民，流离荡析，并着查明，妥为抚恤。用副国家绥辑劳徕之至意。此令。”
段对于北军在湖南战场的胜利，认为武力统一指日可以实现，而北军一定可以击败南军。其实这时刘存厚在四川已不能立定，龙济光在广东也节节失败，可是段完全不在意。
段内阁这次组织后，冯国璋是完全低头了，就是主和的实力分子长江三督也不敢唱反调。这时政局中的大红人是徐树铮，李纯也竭力拉拢徐，江西督军陈光远公开表示接受第三期作战计划。到此时期，直系已完全屈服于皖系。
段论功行赏。徐树铮应居首功，于是他到了北京，不仅段内阁的人事他有决定大权，对南军事也由他主持，同时他还包办了新国会的选举。4月7日另一皖系大将倪嗣冲来到北京，极力主张以临时参议院代行国会选举权，即日进行总统选举。可是徐树铮认为新国会在三四个月内就要成立，由新国会选举总统是合法的，因此不必提早总统选举，而且提早总统选举是不合法。