南北和会除了地点、人数、名称问题难以解决外，还有两个实际难题，一个是陕西省停战问题，一个是段祺瑞主持的参战军的存废问题。
关于陕西问题要从陈树藩说起，陈树藩是陕西安康人，在陕西军中当下级军官，一步一步地爬到旅长地位。民国5年乘各地讨袁，陕西革命党人胡景翼发难活捉陕西将军陆建章长子陆承武，逐陆建章出关，陈树藩乃乘机率军由大荔驰至三原，组织陕西护国军，自称总司令，进入西安，综管省政，向段祺瑞递门生帖，5年10月正式升为中将，取得督军地位，变成了皖系附庸军阀之一。
陈在陕西驱逐了省长李根源，俨然关中之王，克扣军饷，横征暴敛，勒种鸦片，声色自娱。由于他的胡作非为，陕人无不切齿。6年10月耿直以警备军在省城举义讨陈，巷战两昼夜，失败走蒲城，死城下。郭坚亦在蒲城自立。11月胡景翼所部营长张义安举兵三原，击败陈树藩部下曾继贤、严锡龙军，进迫西安。7年1月胡景翼在三原成立陕西靖国军。陈树藩打长途电话给胡说：“你不要把对付陆建章的手段对付我，你是认错人了。陆建章年过五十，腰缠千万。六年前我是一个穷学生，现在仍是一个穷军人，谁反对我，我就和谁拚命。”
陈虽大言不惭，可是陕西反陈的民军遍地皆是，曹世瑛率部自陕北来。卢占魁率蒙古骑兵数千人占榆城。高峻则占领白水、韩城及沿河诸县。樊钟秀则率河南民军战于省南，袭击潼关。张义安围省城，陈树藩伪称求和，张乃撤退至鄠县，陈树藩大军至，张义安措手不及战死，郑宝珊、董振五以余众退渭北。陈树藩乃向北京及邻省河南乞援。段祺瑞命河南镇嵩军统领刘镇华援陕，即以刘为陕西省长。
7年6月，陕西靖国军公请在上海办报的革命元勋于右任回陕主持西北革命大计。于乃偕王玉堂取道山西渡黄河，向北经宜川、延长而抵三原，就任陕西靖国军总司令，以张钫为副司令，井勿幕为总指挥，下辖郭坚、樊钟秀、曹世瑛、胡景翼、高峻、卢占魁等六路。惠又光一旅则屯渭北省西。
10月中旬靖国军誓师讨陈，先渡渭水。渭南守将姜宏谋与胡景翼原有私交，即开城迎降，胡单骑入城接洽收编，不料乃是诈降，当场将胡扣留，并解往西安。
陈树藩颇懂政治，他不杀胡，却要胁胡写信给他的部下投降，胡也答应写信，但他在信中使用暗号，表示自己决不投降陈树藩，于是胡的部下便推举支队长岳维峻代理司令。陈树藩派员赴胡部招抚，又派第三旅旅长李天佐到板桥，均被靖国军击毙。
7年11月下旬，靖国军总指挥井勿幕受于右任命迎叶荃军于西路，会商共同作战方略，归途经凤翔到兴平防地，陈树藩使民军内奸李栋材伪造郭坚的函件，邀井到兴平南仁村开会，井不疑有他，于11月21日轻骑前往，遂中计被杀，李栋材把井的首级带到西安去报功。
于右任令四路军副司令田玉洁裹帛为首，将井的遗体葬于泾阳。于有哭井勿幕诗：“十日才归先轸元，英雄遗憾复何言。渡河有恨收群贼，殉国无名哭九原。秋兴诗存难和韵，南仁村远莫招魂。还期破敌收功日，特起邱山拟宋园。”
陕西靖国军先后受到胡景翼和井勿幕两事的挫折，但仍继续有开展，南北和会召开时，陕西靖国军的六路军在陕西全境奄有广大的地盘。其分布是：第一路司令郭坚驻防乾县、武功、岐山、扶风、眉县。第二路司令樊钟秀驻防盩厔。第三路司令曹世瑛驻防交口、高陵、三原、乾城、洛川。第四路代司令岳维峻驻防泾阳、三原、富平。第五路司令高峻驻防郃阳、澄城、关山、兴市。第六路司令卢占魁驻防三原、高陵、同安、耀县。还有云南督军唐继尧所属川滇靖国军也进入平利、兴安、镇巴、紫阳一带。而陈树藩所保有的地盘，一天比一天小。
就和会来说，南北两军的主要战场在湖南，陕西不算是重要战场。可是因为湖南战场发生了变化，段祺瑞便想在陕西开僻第二战场，借以继续南北战争。所以在和谈进行前，他调遣大批北军投入陕西战场，以图在短期内消灭陕西民军。他称陕西靖国军为土匪，不承认为南军，并把陕西的军事行动说成是剿匪，以示与南北战争无关。
段派赴陕的军队是奉军许兰州部，和会召开时，又调第四混成旅张元部开入陕西，并令甘肃督军张广建出兵长武、邠县，与驻防凤县的陕南镇守使管金聚（兵力有一混成旅），以及由四川逃到汉中的刘存厚（兵力约有两师），合力进攻靖国军。这一来陕西境内的北军与靖国军双方兵力共达20万人，因此陕西全省成为一座满目皆兵的大军营。