民国11年6月13日，陈炯明的部队在广州白云山一带宣布戒严。叶举等纷纷由东江回到广州。14日陈系的人在叶举的总指挥部举行秘密会议。15日孙中山派往惠州迎接陈炯明的廖仲恺在石龙被扣，局势陷入了最紧张危急 墓赝贰?
据说陈炯明、叶举等曾在石龙开秘密会议计划叛变，当时讨论到进行的程序，曾问各将领由谁担任发难，与会的各将领都默不作答。陈说：“谁先发难，就是首功！”可是仍没有应者。
最后陈炯明决定以湘军洪兆麟部担任先行发难部队。为什么陈要选择洪兆麟部呢？这也是陈的阴谋。原来洪兆麟的李云复师第二旅驻扎观音山后，正好就近担任围攻总统府，“陈家军”则巡查街道或把守要隘，陈本人则事变之日在石龙坐待消息，如果湘军进攻总统府，孙中山不幸遇害，陈即进入广州，为孙举哀，痛哭流涕，把杀害总统的罪名全加于洪兆麟、李云复和湖南士兵身上，执杀洪、李及湘籍军官以谢天下，并将这支湖南客军以大逆不道罪名解散。由于洪兆麟向来对陈炯明很跋扈，陈早就想对付洪，现在借洪、李以害孙中山，然后以叛逆罪名除洪、李，正是借刀杀人的如意算盘。
6月15日夜10时，孙中山在总统府内批阅公文，忽然有一通电话来报告情况，据称今夜粤军将有行动，务请总统离开总统府。由于这是一通匿名电话，孙中山认为是谣言或陈系军人故意威胁，所以不予采信。到了午夜12时后，秘书林直勉、参军林树巍前后奔来总统府报告，据云今夜消息险恶，请总统离府暂避。孙不肯，认为陈炯明虽然恶劣，总不至于敢冒天下之大恶而叛变，即使有不轨打算，其部下皆与我久共患难，素有感情，且不乏明理之人，未必助纣为虐，受其愚弄。但林直勉认为粤军蛮横，不可以常理度之，如果真不利于总统，将如之何？孙说：“我在广州之警卫军既然已经全部撤赴韶关，即表示对陈无敌意，陈果不利于我，亦不必出之叛变，如真明目张胆，作乱谋叛，则为叛徒贼子，人人得而诛之。我身为总统，不能不重职守，如果临时退缩，屈服于??力之下，岂不贻笑中外，污辱民国，轻弃人民之付托。”林等见孙中山义正词严，态度坚决，不敢强劝，乃即辞去。
林等去后，各处电话报告均谓粤军将有行动，务请总统远离，孙中山仍不信。到了午夜2时许，有一位忠于孙的陈系军官自军中潜出，到总统府密报，称粤军各营提前早餐，约定立即叛乱。并备现金20万元以为谋害孙中山的赏金，且约定事成之后各营放假三日。孙中山还是不予置信。
孙中山以诚待人，以信示天下，所以陈炯明叛变的当晚，虽然各方都奔走来告消息不稳，可是，孙中山全不置信。就在这天午夜时候，忽然响起了尖厉的号声，接着到处号声齐鸣，于是“陈家军”叛变消息证实了，这时已是午夜3时多。孙中山左右力劝孙中山暂离公府以避叛军。虽在这紧急当口，孙中山却是临危不乱，镇定异常，以坚决的口吻对左右说：“竞存果然谋逆作乱，则戡乱平逆正是我的责任，我怎可放弃职守，逃避责任。万一力不从心，只有一死殉国，以谢国民。”秘书林直勉、参军林树巍等见孙很固执，乃用手强挽孙中山出离总统府。
这时，总统府附近已由粤军布哨，不能自由通行，林直勉等曾被叛军步哨盘诘了好几次，都侥幸通过。行至财政厅门前，遇叛军大队由东而来，众人因被盘问不能通过，可是孙中山却单身杂在叛军中向前行走，从容不迫，履险如夷。在深夜中，叛军看不清孙的真面目，以为是自己队伍中人，所以毫不疑心，到了永汉马路口，方才出险，便走入长堤海珠的海军总司令部。
海军总司令温树德已获知粤军叛变，现在听说总统微服抵达，真是喜出望外。孙见到温，态度依然从容，只说我们先上军舰去吧。于是温树德乃率领高级海军幕僚侍从孙同登楚豫舰，并立即召集各舰舰长前来商量应变戡乱之策。
广州市内，16日上午3时后，陈炯明的叛军已遍布全市断绝交通，并进占各机关，洪兆麟率领其部属于拂晓时围攻总统府，总统府中只有卫士50余人，在观音山粤秀楼附近防御，与叛军对抗，叛军先后十余次冲锋，都被卫队用手机关枪击退，死伤数目约在三四百人以上，叛军见步兵冲锋无效，乃用炮射击总统府。叛军以为孙中山还在粤秀楼，所以又用煤油浇烧粤秀楼的栈桥，杜绝出路。
保卫总统府的警卫团长陈可钰、卫士队长兼参军姚观顺守文澜阁，侍卫副官黄惠龙守正门，副官马湘守横门，副官陈喧守天桥，侦缉员陈龙韬、卫士冯俊、黄森、陈海廷、李东兴等守粤秀楼。由于众寡不敌，援绝弹尽，相持至16日上午12时，陈喧率卫队十余名由正门冲出，被击回，改装得脱；姚观顺、黄惠龙、马湘护送孙夫人，姚中弹伤腿，四人乃避入总统府后院，叛军从后院冲入，抢夺衣物，马湘、黄惠龙乘叛军抢劫之时，夹持孙夫人从第一公园小巷，往长洲要塞司令马伯麟宅寄宿。姚观顺负伤后，由卫队背负出险，陈喧等走东山总统法律顾问那文宅，由那文用美国小电船送至孙中山座舰。