广东的军政府包括：国民党、政学系、桂系、滇系、粤系，以及名流派如唐绍仪等。当然大家意见并不一致。前面已叙述过广东桂系与地方派粤系军人的斗争，驻粤滇军的内哄等。粤系军人首领前广东省长李耀汉被桂系迫下台赴港养病后，仍然保有肇军总司令的名义，其部将翟汪代理省长，古日光代理肇阳罗镇守使，其他粤系军人如广惠镇守使李福林、警卫军统领魏邦平都和李耀汉有密切的联系，所以桂系对粤系戒心未除。民国8年6月12日广东督军莫荣新进一步下令通缉李耀汉，并没收其财产，派桂系健将林虎继任肇阳罗镇守使，时军政府下令罢免李耀汉的肇军总司令一职，14日林虎前赴肇庆布置一切，这是在广东的桂系准备以武力铲除李耀汉势力的具体行动。由于桂系的压力，广东代理省长翟汪力辞代理职务，派张锦芳暂行护理省长。
桂系在广东对广东军人的压制行为，引起了广东人民和各方面的极大反感，因此广东人民举行了大罢工、罢市、罢课来表示抗议。广九、广三铁路火车停驶，广州市电灯不明，形势极为紧张。这时候广东老百姓只希望桂系力量能够早日被逐出，他们曾有计划拟选举伍廷芳为省长以对抗桂系另派省长。同时在军事上粤系地方派也想连络国民党内的粤系军人，当时国民党内的粤系军人实力分子是陈炯明，陈炯明这时担任粤军总司令正驻军闽南，陈炯明的离粤，也是受到桂系的排挤，他内心当然想回广东，广东地方派军人魏邦平和李福林派人暗和陈炯明通款曲，要求陈率军秘密开回广东，魏李等在内接应，以便里应外合驱逐桂系。
然而桂系在广东的力量究竟是最大的，所以魏邦平和李福林这个计划是不容易实现的，因为桂系一直有军队监视粤闽边区的陈炯明，陈炯明回车的行动立刻会引起阻止行动，很难达到目的。
陈炯明率军回粤的消息传出去了，可是实际行动却很难实现，因此陈炯明只好公开通电否认他要率军回粤的谣言。否认尽管否认，事实上陈炯明在6月25日即秘密与福建督军李厚基签订了粤闽划界停战协定，这就表示陈炯明随时可能率军由闽南撤出，不会受到福建方面的追击。
陈炯明当然是日夜希望回到广东，他又何尝忘了广东督军的宝座。
南方的军政府由单一的大元帅制改组为合议形式的总裁制后，实际上的军政府并不在七总裁控制中，而是由桂系所控制。同时名虽号称七总裁，可是这时候，孙中山先生已去上海，宣布辞职。唐绍仪一直在上海担任南方的议和总代表。唐继尧在云南。陆荣廷则留在广西。所以在广州只有岑春煊、伍廷芳、林葆怿三人。虽然那些不在广州的总裁们都派有代表列席政务会议，可是桂系只承认陆荣廷的代表合格。孙、唐、唐的代表桂系都不承认。主席总裁岑春煊则一切听命于桂系。
8年8月7日孙中山在上海通电辞去总裁一职，并声明自辞职日起，以后军政府所发文电如果仍签署他的名字，概不负责。11日广州国会开会议决挽留孙中山。这个期间广州旧国会内政学系议员和照霞楼派议员之间冲突更尖锐化了（照霞楼派是国民党系议员的代称，因为当时国民党籍议员多数下榻照霞楼）。由于对军政府极为不满，照霞楼派策动第二次改组军政府，首先提案查办广东财政厅厅长杨永泰，提起杨永泰也是个了不起的人物，他是政学系的军师和智囊。随后照霞楼又建议撤回南方议和总代表，改组军政府为正式政府。对北京政府明令讨伐。又因岑春煊私派代表到北京秘密接洽和议，违反《约法》精神和军政府的合议制，照霞楼派议员提出不信任主席总裁一案，岑春煊于是忿而辞职。这期间政学系很孤单，旧国会各党派与国民党联合起来，于是改组军政府一案遂得通过。九十月间，军政府和国民党占有优势的旧国会已经处于对立的地位，使得军政府的地位摇摇欲坠。
这时候，滇系和桂系还是和好时期，所以唐继尧、莫荣新、谭延闿、刘显世联名通电，反对军政府改组。陆荣廷、林葆怿、谭延闿、谭浩明则纷纷通电挽留岑春煊。
9年初，滇桂两系因为争夺驻粤滇军的统率权而翻脸，唐继尧也打算辞去总裁以拆军政府的台，于是南方的政治局面为之一变，滇系和国民党结合起来，桂系便陷于孤立。国民党计划以云南为新根据地，把广州的非常国会搬去昆明，并在云南组织新的西南政府。当北江滇军问题发生时，广州参众两院议长吴景濂、林森都秘密地由广州潜赴香港，旧国会议员们也一批一批地前往香港集中。
唐继尧计划和粤军总司令陈炯明两面向广东进兵，夹攻桂系，粤军由闽回粤的谣言盛传一时，陈炯明不但和福建督军李厚基秘密妥协，并与亲桂系的滇军师长方声涛部在粤闽边境发生冲突。