7月15日，段祺瑞在北京正式组阁：特任汪大燮为外交总长，段自兼陆军总长，刘冠雄为海军总长。17日继续发表阁员名单，特任汤化龙为内务总长，梁启超为财政总长，林长民为司法总长，张国淦为农业总长，曹汝霖为交通总长，范源濂为教育总长。这个内阁中，研究系占了五席，是外交、内政、财政、司法、教育。梁启超得到了以前求之不得的财政总长。对研究系而言，这是它极盛时代。
17日国务院下令严缉康有为、刘廷琛、万绳栻、梁敦彦、胡嗣瑗。至于真正的罪魁祸首张勋，只受到免职拿办的处分。
据说张勋托庇于荷兰公使馆时，一手拿着手枪，一手拿着《复辟实录》，内有北洋军阀赞成复辟的文电。因此北洋军阀投鼠忌器，不敢惩办他。王占元、张怀芝、张作霖而且纷电北京政府，要求对张勋宽大处理。段祺瑞除了在形式上曾向荷兰公使要求引渡外，也无其他行动。
据说张勋所珍藏的《复辟实录》其分二类：第一类为徐州会议纪录，是由幕僚根据回忆补写的；第二类为北洋军阀赞成复辟的函电，共计82件。由于张手中有这些文件，所以他有恃无恐，以此为他勒索的本钱。
北洋派三领袖之一的王士珍自觉无颜见人，他的两个老朋友一个做了总统（冯国璋），一个当了总理（段祺瑞），而他却变成复辟的附从，因此他准备回正定原籍隐居，段听了马上跑到他的寓邸安慰他，劝他以北洋团体为重，继续担任参谋总长。
王士珍之外，北京军警长官江朝宗（步军统领）、吴炳湘（警察总监）、陈光远（第七师长）等附逆无罪，而且维持北京秩序有功，均不加罪。江朝宗是段所不欢喜的人，所以调为迪威将军，步军统领则调第八师长李长泰继任。复辟犯冯德麟因张作霖的保释电而获得自由。张镇芳、雷震春两人准在狱中自备菜肴，且特准吸食鸦片。
段不仅没有惩办复辟祸首的兴趣，甚至还想借题大赦洪宪帝制的祸首。原因是洪宪帝制祸首交通系首领梁士诒、朱启钤、周自齐等都是他的老朋友，在张勋复辟时，交通系曾慨助军费，不过他虽有此意，却因顾虑全国舆论而未立即实现。
复辟笑剧中，最有趣的是康有为和梁启超师徒两人各助一方，康助张复辟，复辟后的“宣统上谕”就是康的手笔；梁助段讨逆，讨逆檄则是梁的手笔。两大国手所撰文献都很动人，复辟失败后，康恨梁入骨，有诗为证：
“此次讨逆发难于梁贼启超也，诗曰：鸱枭食母獍食父，刑天舞戚虎守阙。逢蒙弯弓专射羿，坐看日落泪潸潸。”
康有为后来曾有《致徐太傅书》洋洋五千言，登在《不忍》杂志第九、第十两册中，揭发复辟经过，力指段祺瑞、冯国璋、徐世昌都曾与谋，始乱终弃，愤愤不平。且有诗为证——
“诸帅本与少轩徐州订盟复辟，今竟妒功背盟无信，感而赋诗，诗曰：围城惨淡睹龙争，蝉嘇声中听炮声。诸帅射王敢传檄，群僚卖友竟称兵，晋阳兴甲何名义？张柬无谋召丧倾。信义云亡人道绝，龙祣收影涕沾缨”。
冯国璋于8月1日抵北京，黎元洪本避住法国医院，因冯抵京后要来看他，所以回到东厂胡同迎接。冯抵京当天就去见黎，两位总统相见，互相客套一番，冯殷勤地要迎黎回任总统，黎却说了许多众望所归的话请冯继任。冯这次拜访，只坐了半个钟头就走了。黎送冯走后，仍回到法国医院去。
段不愿意让黎复任总统，却也并不希望冯继任总统，他本想暗示北方军阀推举徐世昌为临时总统，可是他的计划还未开始，北方军人们不识段的心意，即纷纷电请代总统入京执行元首职权。倪嗣冲在电报中呼冯为“我大总统”，呼黎为“前大总统”。这样一来，段不好意思不让冯代下去，只好作顺水人情，他认为今后的总统只是一个高拱无为的元首，冯当了这个毫无实权的总统，反而比较在南京拥兵自重好得多，冯是在段这种心情下当了总统。
冯抵京时，清室派有代表到站欢迎。8月4日冯特派内务总长汤化龙为代表答谢逊清皇帝派代表欢迎他的盛意。汤见到溥仪时，恭行三个鞠躬礼，大声地说：“大中华民国大总统，谨派内务总长汤化龙，致谢大清皇帝，并敬问大清皇帝安好！”世续代表溥仪也大声地唱道：“大清皇帝谨谢大中华民国大总统答礼的盛意，并回问大总统安好！”
冯就职后，派张一麐为秘书长，师景云为侍从武官兼军事办公处长，熊炳琦为侍从武官兼参谋长，张宗昌为侍从武官兼副官处长，殷鸿寿为侍从武官兼执法处长，侍从武官长仍为荫昌，总统府指挥使仍为徐邦杰，这两人是袁时代就担任这项职务，历事袁、黎、冯三位总统，可称三朝元老。