段系决定不顾一切改选总统，南方的桂系则尽一切努力想延长冯国璋的总统任期。7年8月31日广州非常国会宣言，将继续召集护法会议，并进行总统的选举。对于所有北京政府缔结的对外条约和公布的法律，一概认为无效。政学系的议员进一步主张即选冯国璋为大总统。9月2日广州的军政府发表宣言，否认安福国会有选举总统之权，如果选出了总统，西南决不承认。
段系既然决心要选举，为了怕发生意外，于是召奉军一旅开到南苑。张作霖向北京政府呈请恢复张勋的自由，而康有为又公然到了北京，于是北京内外人心皇皇，以为又要发生第二次复辟。
9月4日，安福国会组织两院选举委员会，到议员436人，徐世昌以425票当选为总统。据说投票前每位议员都领了出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，少数不受控制的议员则以每张票5000元收买，由安福系所办的华通银行付款。整个大选经费是从日本借款中提出的。议员们在投票后，段内阁分别不同身价聘他们为顾问、咨议，每月送干薪200元到1000元不等。
9月5日继续选副总统，两院议员到者仅88人，因人数不足流会。副总统本有四个人有希望竞选，是冯国璋、段祺瑞、张作霖、曹锟。冯、段已有承诺同时下野，张作霖亦自动放弃，于是只剩下曹锟一人。交通系主张不要选北洋军人，以免西南更走极端，俾让徐世昌发动和平。积极主张的是梁士诒，北洋部分军人认为梁是广东人，想促成南方人当副总统，可是梁士诒则说他是希望缓选副座以留待对统一和平有功之人。梁曾有函致北洋军人申述自己意见书云：
“夫主张速选者，本谓选出曹使，则北洋系固结可期。士诒忝厕北洋有年，北洋系之固结，迩年来竭力经营，未尝稍懈。然士诒爱北洋系，而尤爱国家；且爱国家，即所以爱北洋系也。夫主张速选，以固结北洋系者，惟知固结北洋系，而不知因此足令国家分裂。曷言乎足令国家分裂？今日大总统已下令劝和，全国士商，多求罢战，是和平统一已为全国心理所同趋，苟无意外之阻力发生，则和平统一，当可告成。今若速选曹使为副座，则全国士商，不免大起猜疑，将谓中央又复主战，而西南人士，必以为故表对敌之意，是使已熟之和平终于无果。此足令国家分裂理由一也。西南对于主座之个人，本是同钦共仰，惟对于主座之选举，犹以违法相攻，今若选曹使为副座则彼等必合个人与选举而并攻之，其终也必至危及主座，若是则政局愈纷，去和平统一愈远矣。此足令国家分裂之理由二也。副座未选之前，则西南犹怀或归己得之望，此望未绝，则和平统一之机尚存。若一旦选出，则此望遂绝，而彼等必自行选举，若是则南北分立之局以成，而和平统一终于无望。此足令国家分裂之理由三也。有此三理由，故士诒主张缓举为有益于时局也。”
梁士诒因此一主张而和直系结怨，日后梁组阁受到吴佩孚的激烈反对，大部分由此而起。
徐世昌当选总统后有歌电谦辞，这是北洋政府官僚们例行地做作姿态。电云：
“国会成立，适值选举总统之期，乃以世昌克膺斯选，世昌爱民爱国，岂后于人，初非沽高蹈之名，并不存畏难之见。惟惓念国家杌陧之形，默察商民颠连之状，质诸当世，返诸藐躬，实有非衰老之躯，所能称职者。并非谦让。实本真诚，谨为我国会暨全国之军民长官并林下诸先生一言，幸垂听焉！民国递嬗，变乱屡经，想望承平，徒存虚愿，但艰危状况，有什佰于当时者。道德不立，威信不行。纪纲不肃，人心不定、国防日亟，边陲之扰乱堪虞、欧战将终，世局之变迁宜审。其他凡事实所发现，情势所抵牾，当局诸公，目击身膺，宁俟昌之喋喋？是即才能学识，十倍于昌，处此时艰，殆将束手，此爱国而无补于国，不能不审顾踌躇者也。国之本在民，乃者烽火之警，水潦之灾，商业之停滞，金融之顿挫，土匪劫掠，村落为墟，哀哀穷民，无可告诉。吏无抚治之方，人鲜来苏之望，固无暇为教养之计划，并不能苏喘息于须臾。忝居民上，其谓之何？睹此流离困苦之国民，无术以善其后，复何忍侈谈政策，愚我编氓？此爱民而无以保民，更悚惕而不自安者也。然使假昌以壮盛之年，亦未尝无澄清之志。今则衰病侵寻，习于闲散，偶及国事，辄废眠食。若以暮齿，更忝高位，将徒抱爱国爱民之愿，必至心有余而力不足，精神不注，丛脞堪虞，智虑不充，疏漏立见。既恐以救国者转贻国羞，更恐以救民者适为民病，彼时无以对我全国之民，更何以对诸君子乎？吾斯未信，不敢率尔以从，心所谓危，谨用掬诚以告，惟我国会暨我全国之军民长官，盱衡时局，日切隐忧，所望各勉责任，共济艰难，起垂蹙之民生，登诸衽席。挽濒危之国运，系于苞桑。昌虽在野，祷祀求之矣。邦基之重，非所敢承，干济艰屯，必有贤俊，幸全尘翮，俾遂初服。除致函参众两院恳辞，并函达冯大总统国务院外，特此电达。”