张勋复辟，黎元洪逃到日本公使馆避难时，海军总长（国民党员）程璧光在上海，他曾派军舰两艘到秦皇岛迎黎南下，同时以海军总长名义发布海军讨伐叛逆的电报。这时冯国璋还在南京，对于程璧光的行动颇为不满。而北洋军阀认为李经羲在6年6月24日组阁时已发表萨镇冰为海军总长，调程璧光为海军总司令，程不应以海军总长名义自由行动。可是国民党认为从6月14日张勋到北京起，黎元洪就失去自由，李经羲内阁根本是张勋的傀儡工具，6月14日以后的总统命令应当视为无效，所以程仍以海军总长名义在上海宣称奉大总统命讨逆。
孙中山在上海曾有一通忠告段祺瑞的严正电文，这是7月19日发出的，电云：
“民国不幸，伪清僭据，足下以为马厂偏师，恢复共和，重奠京邑，此盖强虏自亡之会，而亦足下迷复之机。伏念共和、帝制迭相乘除，已历三次。所以起灭无常者，实由是非不定，刑赏无章耳。夫洪宪佐命之徒，宣统复辟之辅，其为帝制罪犯一也。去年洪宪祸首，隐忍未诛；佐命者既得从宽，则复辟者当然无忌。徐州、彰德二次会议，（张勋发起徐州会议会，与会各省曾在彰德会议一次。）正在足下初任首揆之时，拱手处中，不能锄治，而复奖以勋权，启其骄悍，是以伏戎遍国以有今日。而民间清议，亦谓复辟之祸叛督实为先驱。要求宣战之不已，以至殴击议员；殴击议员之不已，以至解散国会；解散国会之不已，以至复建伪清。本为一人保固权位，以召滔天之灾；足下奖成此患，岂得不为追咎。文于数月前，曾献忠言，不蒙采纳。至黄陂不得已而下免职令，犹不悛改，悻悻以引起祸乱，不负责任为词。今日因败为胜，功过相偿，天日鉴临，人心共谅。乃总理一职，既无同意，亦无副署，实为非法任命；果出黄陂手谕与否，亦未可知。足下当以义师首领自居，岂得以国务总理为号，以免职兴戒，而以复职自贵，狐埋狐搰，皆在一人，岂所谓为国忘身者乎。张勋以愎戾之资，悍然复辟，所统辫兵，素无训练，其势本易与耳；张绍曾等倡谋讨逆，近畿将领，不少靖献之人；器械完利，士马精强，扑灭殷顽，易如反掌；徐州余寇，复何足云；而足下必任段芝贵为东路总司令，倪嗣冲为三省总司令，段本洪宪元凶，倪则叛督首领，一蒙驱使，得冒天功以为己力，沮忠正倡义之气，开叛人狡诈之端，岂自比明之熊文灿耶。乃又抑止诸军，不容兴师致讨，欲以易成之绩，交与倡乱之人，偏私狭隘，毋乃过甚。丙辰近鉴，贻祸相同，此又足下所宜自省者也。文愿足下，上畏民岩，下思补过，任良将以伸正气，讨群叛以塞乱源，诛洪宪佐命以示至公，戮伪主溥仪以惩负约，保国赎愆，敦善于此。若以小腆易败，据为大功，因势乘便，援引帝党，擅据鼎钟，分布爪牙，则西晋八王之相驱除，唐末朱、李之相征讨，载在史册，曲直无分。正恐功业易隳，祸败踵至，凡我国民，亦不能为辅助矣。以足下天性强毅，本非狐媚之人，故愿尽忠以告，是非利害，在足下自审之耳。”
复辟时，广东省长朱庆澜曾派人到上海和孙中山联系，同意以广州为护法的根据地。7月10日孙中山率领应瑞、应琛两舰到汕头，13日派章炳麟先到广州接洽。广东内部虽然复杂，可是对孙中山仍然欢迎。因此孙便于7月17日到广州，广东督军陈炳焜和省长朱庆澜都到江岸欢迎。且在黄埔公园举行了欢迎大会。
孙中山在欢迎大会发表演说，揭破了复辟是北洋军阀所布置的政治圈套，他说：“段祺瑞引用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共和与假共和之争。今天真复辟者少，假共和者多。”这真是一针见血的话。
7月22日程璧光和海军第一舰队司令林葆怿自吴淞率领所属舰支开赴广东，唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等同行。就是这一天，他们由海军舰队发出宣告，通电自主，他们提出佣护《约法》，恢复国会，惩办祸首三项主张。并称自《约法》失效，国会解散之日起，一切命令无所根据，应视为无效，亦不承认发布命令之北京政府。
孙中山与驻沪海军是事先约好的，海军第一舰队南下护法，这使段祺瑞在北京大为震动。段内阁为了紧急应变，立即调升第二舰队司令饶怀文为海军总司令，并以林颂庆为第一舰队司令，杜锡珪为第二舰队司令。7月25日段内阁并发表广东省长朱庆澜和广西省长刘承恩对调。朱庆澜以广东自主为理由，拒绝接受这个命令。
广东在当时的西南，是政治和军事中心，不过广东内部的情势很不稳，虽然不像四川那么表面化，可是也是极复杂。段祺瑞对广东是采取一方面自外面施加压力，一方面在内部制造分化，利用地方派军人的排外主义，企图制造广东内部主客两军互相混乱，使北洋军能乘虚而入。当时北洋派势力已占领了福建和江西，这两省和广东毗连，段打算拿这两省当作进攻广东的跳板，同时从海道运兵在广东沿海地区登陆。段这个计划受阻于江西，因为江西督军陈光远是直系，直、皖两系对于向南方用兵意见不一致，所以后来段乃派兵取湖南另开一条取广东的路线。