护法军政府在广州并不得意，因为桂系不予合作，桂系有桂系的打算，他们视两广为桂系的势力范围，陆荣延希望让湖南作为北洋派和桂系中间的缓冲地区。当傅良佐入湘后桂军便在湘桂边境黄沙河增兵布防。陆荣廷希望北方的直系能牵制皖系，使段祺瑞在湖南用兵的计划流产。冯国璋曾派密使到南宁访问陆荣廷，陆对冯的密使表示，对于国会问题并无成见，不过必须是一个国会，不能北边一个，南边又一个。至于湖南问题则应该恢复原状，划湖南为南北军事缓冲地区，允许湖南自治，大家保证互不侵犯。冯虽然同意陆的主张，可是段用兵冯无法阻止，因此冯和陆虽然声气相通，可是却不能阻止段的军事行动。
桂系鉴于湖南局势严重，直系无能为力，湘军无力单独抵抗北军，而北军如果占领全湘，第二步目标自然是两广，因此陆荣廷乃在南宁召集军事会议，桂系的广东督军陈炳焜奉命邀请护法军政府的海军总长程璧光到南宁和陆荣廷会商出兵援湘问题。
10月2日南宁军事会议开幕，陆荣廷慷慨发言，痛斥段祺瑞投降日本发动内战，号召出席全体人员签名宣誓，表示抵抗皖系军阀的决心。会议决定由两广当局陈炳焜、谭浩明、程璧光、李耀汉联合通电，痛斥段祺瑞，列举段的罪行如：主使公民团包围国会、主使督军团毁法叛国、任意发动内战等。同时提出：（一）迎黎大总统复职，（二）恢复国会，（三）罢免段祺瑞，（四）撤回湘督傅良佐的任命。最后并推定广西督军谭浩明为两广护国军总司令，广西出兵45营，广东出兵35营，共组成五个军，陆裕光为第一军司令，林俊廷为第二军司令，韦荣昌为第三军司令，马济为第四军司令，林虎为第五军司令。军事会议结束后，陆荣廷仍返原籍武鸣养病，暗中继续和北方直系通消息。
10月20日谭浩明通电就两广护国军总司令职，誓师援湘。于是湖南问题便演变为南北战争，这次南北战争又称为“护法战争”。本来段祺瑞的统一南方军事行动中，想用蚕食政策，一步一步地来，不想一开始就碰到桂系，现在桂系却对他大张旗鼓讨伐，怎不使他大为震怒，于是他便对桂系大张挞伐。
段内阁下令讨伐桂系，罢免两广巡阅使陆荣廷、广东督军陈炳焜和广西督军谭浩明。这时他刚办好两批日本借款，有了钱胆子更壮，因此便有恃无恐地决定征湘、平粤、伐桂、讨滇，四大任务同时并举，拟派卢永祥为湘粤方面总司令，以驻防山东的第五师长张树元继任淞沪护军使；抽调倪嗣冲的安武军20营及张敬尧部第七师开到湖南；另方面唆使琼州的龙济光反攻广东，收买潮汕镇守使莫乘宇、惠州督办张六骥作内应；并令福建督军李厚基派兵经海道在广东沿海登陆。调奉军、陕军入川协助吴光新、刘存厚攻击滇军。
10月20日两广护国军总司令谭浩明援湘时，直系的长江三督江苏督军李纯、湖北督军王占元、江西督军陈光远联名提出解决南北问题的四项意见：（一）停止湖南战争；（二）撤回傅良佐；（三）改组内阁；（四）整理倪嗣冲部。这是直系正面向皖系开炮的行动，也是和南方桂系相呼应。因为这四项主张中，第一、第二两项是反对段的武力统一政策，是打击段的威信；第三项主张是重申李纯以前的要求，要清除段内阁中的亲日派，也就是打击段的从日本方面取得军费和军火支援。直系这些主张，和桂系的差不多，而直系尤其重要的，是要把江苏北部徐州、海州一带的张勋旧部，从倪嗣冲手中夺过来，以削弱皖系主战分子的力量。
直系既然和桂系相呼应，皖系也拉拢了奉系，“新奉天王”张作霖于10月21日发出马电，敦促北京政府立即讨伐两广。
由于长江三督的强烈态度，段感到事态趋于严重，不得不把皖系大将卢永祥留在上海，以应付长江的意外事变，并且把进攻西南的计划展延。在皖系中一部分急进派酝酿再来一次政变，以对付冯国璋。从10月下旬到11月上旬，北京谣言炽烈，传说北京军人要发动政变软禁总统，使冯国璋一夕数惊。
段罢免陆荣廷、陈炳焜、谭浩明的命令需要总统盖印，冯却拒绝盖印，他委婉地说他希望大事化小，可是他又不敢坚持，怕段真的翻脸，10月27日他勉强地下令，罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎字会办广东军务，李福林接任广惠镇守使。10月30日又加授李耀汉为陆军上将衔，莫擎宇进级为陆军中将。李耀汉、莫擎宇和李福林都是广东地方派军人。原任广惠镇守使莫荣新也是桂系大将，这是段利用广东地方派驱逐桂系的釜底抽薪之计。冯国璋把罢免陆荣廷的命令留中不发，使段祺瑞深为不满，再度拟好了三道命令送给冯，一是调陆荣廷为宁威上将军，着即迅速来京；二是特派龙济光接任两广巡阅使；三是责成新任广东督军李耀汉严饰桂军开回广西。一方面催促冯盖印，一方面加紧散播要政变和驱逐总统的谣言。