直皖两系从冯国璋入京接任总统后即开始冷战，前后历时三年，这也是北洋军阀统治期间一个特色——冷战期长，热战期短。直皖冷战了三年，可是打仗不过三四天。尤其怪异的，是两系的阵容并不鲜明，真正敌对的，在皖系方面是段祺瑞和徐树铮可指挥的边防军，在直系方面则是曹锟和吴佩孚所统率的直军。其他各省的两系军人都按兵不动，坐观成败。
边防军战败，第一个倒台的是段祺瑞。段的失败给徐世昌带来一个美丽的幻想，段未倒前，徐有如芒刺在背，现在太上政府既垮，他是北洋的元老，自然可以做北洋派的真正领袖了。徐世昌是大家公认的老狐狸，他有他的打算，他想在直奉两系之间保持一个均衡，同时希望其他各省的军阀也保持原有地盘和地位，以与直奉两系造成鼎足而三之势，互相牵制，这样他就可以成为一个有职有权的总统了。所以他希望直奉军都不要开进北京城来，至于战争完了的后事如——惩办祸首、撤销边防军、改组内阁等等，最好由战胜一方提出具体意见，由他——大总统统一办理，他主张对段宽大，不为己甚，只要解除了兵权，就可自由安居，且应予以相当的优遇，至于皖系和安福分子，除了少数首要外，也尽量少予株连。
徐的宽大主张颇得张作霖的赞同，奉张和皖系并没有血海深仇，不必赶尽杀绝，更微妙的是他乘此机会如能收集皖系的残余，岂不是壮大了自己，所以他的态度非常缓和。曹锟主张惩办一切与事实有关的皖系政客和安福系分子，不过他为了保持和奉系的友好，因此尽可能将就张作霖。可是吴佩孚则主张彻底要肃清安福分子，查抄祸首的财产充作善后经费，解散安福国会，幽禁段祺瑞于汤山。
直皖战争虽然18日已经结束，可是直到23日直奉两军的先头部队才开到北京，24日大队人马开到，分别接管了南北苑兵房。
7月23日北京政府特派王怀庆督办近畿军队收束事宜。24日准免财政总长李思浩、司法总长朱深、交通总长曾毓隽职。派田文烈兼署交通总长，财政、司法两部则由次长代理部务。又准免京畿卫戍司令段芝贵职。26日令撤销曹锟、吴佩孚等处分。批准京师警察总监吴炳湘辞职，派殷鸿寿继任。28日准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞辞职。令裁撤督办边防事务处。令撤销西北军名义。29日派昭武上将军、热河都统姜桂题兼管将军府事务。
皖系战败后的主戏是直系要求惩办祸首，直系的祸首名单始终未曾公布，据闻名单内有曹汝霖、陆宗舆二人，因为这两位是经手向日本借款的人，陆宗舆在直皖开战前还垫付了定国军（段军）一笔军费。可是曹、陆两人的名字在徐世昌笔下删除了。
江苏督军李纯也电请加入王揖唐祸首之一，湖北督军王占元也请求把吴光新加入，徐世昌认为这两个人都不在北京，没有直接参加战争，应当另案办理。
7月29日北京政府下令通缉祸首，令文如下：
“国家大法，所以范围庶类，缅规干纪，邦有常刑。此次徐树铮等称兵畿辅，贻害闾阎。推原祸始，特因所属西北边防军队，有令交陆军部接收办理，始而蓄意把持，抗不交出。继而煽动军队，遽启兵端，甚至胁迫建威上将军段祺瑞，别立定国军名义，擅调队伍，占用军地军械，逾越法轨，咨逞私图。曾毓隽、段芝贵等，互结党援，同恶相济，或参预密谋，躬亲兵事；或多方勾结，图扰公安，并有滥用职权，侵挪国帑情事，自非从严惩办，何以伸国法而昭炯戒？徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、李思浩、姚国桢等，着分别褫夺官职勋位勋章，由步军统领京师警察厅一体严缉，务获依法讯办。其政治交通等部款项，应责成该部切实彻查，呈候核夺。国家虽存宽大，而似此情罪显著，法律具在，断不能为之曲宥也，此令。”
奉军入京后曾到安福俱乐部去进行搜查，8月4日徐世昌下令解散安福俱乐部，不承认安福系为政党而认为是一个构乱机关。但又声明：
“除已有明令拿办诸人外，其余该部党员，苟非确有附乱证据者，概予免究。其各省区设有该部支部者，一律解散。”
这道命令引起曹锟、吴佩孚和长江三督的严重不满，于是徐世昌乃于8月7日补发命令：
一、“据江苏督军李纯电呈：王揖唐遣派党徒，携带金钱，勾煽江苏军警及缉私各营。并收买会匪，携带危险物，散布扬州镇江省城一带，以图扰乱，均有确凿证据，请拿交法庭惩办等语。王揖唐经派充总代表职务，至为重要，乃竟勾煽军警，多方图乱，实属大干法纪，除已由国务院撤销总代表外，着即褫夺军官，暨所得勋位勋章，由京外各军民长官饬属一体严缉务获，依法惩办，此令。”