“自治”运动是南北战争和直皖战争后的一个新兴主张，首倡自治的是湖南省，湖南是南北战争中兵家必争之地，身受战火洗劫最为浩大，因此逐渐地产生一种“保境息民”的愿望，希望不介入国内政争。
“自治”的性质和“独立”或“自主”完全不同。湖南首倡自治，提倡制定省宪法，不受外力干涉，反对中央集权，反对客军侵入湖南。
这个运动以后支配了北洋时代若干年，以后的若干年中，中央集权和联省自治一直是两个不同的观念在互争长短。
联省自治运动的创始人之一，赵恒惕氏曾回忆当时倡议的经过如下：
“湖南主张联省自治，谭公组庵实首倡斯议，日后余等之积极推行，实以完成谭公未竟之意旨而已。缘护法战争，湘省首当其冲，受祸最烈。张敬尧之荼毒三湘，尤令省民身受其痛。故九年夏湘省光复，谭公即于七月十七日以湘军总司令名义发布筱电，宣告湖南省自治宗旨，冀超出南北政争之外，予省民休养生息之机会。当时上海北京各界名流多表同情。至于省治之初步展开，则在是年冬季翦除反侧，安定全省之后。首先成立省宪筹备会，分湘中、湘西、湘南三路，挽省议会议长彭兆璜、国会议员吴景鸿、钟才宏分任三路筹备委员。复敦聘名流专家王正廷，蒋方震、彭允彝、李剑农、汤漪等十一人为省宪起草委员。假岳麓书院开会草拟宪法，自民国十年三月中旬，迄四月中旬，前后凡一月，谢绝访客，悉心起草。以后复召集审查委员会，详细审订修正。审查会由大县推举代表二人，小县推举一人组成。惜因种种关系，宪草之审查迟迟不能完成，而援鄂战事又告发生。省宪之正式订定与联治运动之具体进展，乃在援鄂失败之后。然而联治之说已风行全国。国民苦于南北兵事有年，联治运动有时雨之望。名贤纷纷撰论阐扬，川、滇、浙诸省相继仿效，而鄂人且乞湘援手，助成其省治之实现也。
直系王占元主鄂政有年，日事聚敛，所部军队复兵变迭起。当联省自治运动盛行之际，鄂人乃图驱逐占元自治，而苦无兵力，于是推李书成、蒋作宾、何成浚、孔庚等乞援于湘、川两省，以达成其目的。
湖南既倡导省治于先，与湖北又有唇齿之谊，故慨允出兵相助。李、蒋等人并公布湖北省自治临时约法一件，举蒋作宾为总监，孔庚领自治军，而以留湘数年之夏斗寅部鄂军为先锋，湘省则遣宋鹤庚为第一师援军主力。余曾躬赴前线视师。”
9年冬天起，各省都进行争取自治，各省的团体争取自治的通电和各省代表到北京请愿实施自治的新闻，占满了报纸的篇幅，自治运动成为五四运动后规模最大的一项运动。
在北京，自治运动有两个联合组织，一个是江苏、安徽、江西、山东、河南、甘肃、广东、四川、福建、湖北、广西、山西12省和北京市代表组成的各省区自治联合会。一个是直隶、山东、河南、山西、四川、湖北、湖南、江苏、江西、安徽、浙江、福建、广东、广西14省代表组成的自治运动同志会。在北京以外，天津成立了直隶、山东、河南、山西、陕西、热河五省一区自治运动的联合办事处。上海成立了旅沪各省区自治联合会。
“自治”这时成为时髦的名称，军阀们为了割据一方，要自治，反对军阀希望保境安民的人们也以自治为号召。
自治运动发源于湖南，蓬勃于南方各省，但很快地就蔓延到北京政府的管辖区。长江流域掀起了废除督军和主张民选省长运动：江苏省议会在李纯自杀后，决议废除督军，江西省议会弹劾省长戚扬并通过民选省长案，安徽和湖北两省也有同样的呼声。在北方，直隶省议会建议各省省议会派代表到上海于10年1月17日举行联省会议，讨论制定省自治法的问题；甘肃各团体和旅京同乡，在北京政府任命蔡成勋为甘肃督军后，于9年12月31日发起拒蔡、废督、和“甘人治甘”运动，吓得蔡成勋不敢到任。
北京政府面对这个“离心”运动，也手足无措，例如：已经决定派王克敏为江苏省长，由于江苏团体的反对，又改派了江苏籍的王瑚，已经任命孙振家为湖北省长，由于湖北团体的反对，又派了湖北籍的夏寿康。北京政府的困难是既不敢得罪握有兵权的各省督军，不能随便调动他们，所以只敢做到任命本省人为本省省长，以缓和各省自治浪潮。有军权的督军们当然反对北京政府这种做法，因为有的督军想自兼省长，有的想用自己人为省长，所以常发生北京政府任命的省长，因事先未征求各该省督军的同意而被挡驾。一个活生生的例子，湖北省长夏寿康因为受到督军王占元的反对，只得在汉口设立省长行署，不久就被驱逐下台。