6年5月1日，戴戡宣布就任代理四川督军，同时以会办军务署参谋长张承礼任副官长，蒋方震为参谋长，杜步云为军需课长。戴出身佐贰，从军6年，一身兼四川督军、会办军务、省长三重任，年方40，真是时来运至。可是他深知四川局面的严重性，以黔军和川军、滇军相比，实力最弱，自己因缘时会，所以有战战兢兢临渊履冰之感。
罗佩金去，戴戡代理川督，对于四川来说，川人治川的目的，仍没有达到，于是用对付罗的手段来对付戴，仇滇军的情绪化为仇黔军。4月30日四川省议会通电指摘戴戡“假中立之名，阴谋取利”。这时的川省议会竟也主张以岑春煊继任四川督军。
5月9日滇军退驻简阳，川军完全撤出城外，戴戡正式就任代理督军，城内警察恢复站岗，黔军清除成都城内的军事设施，市民情绪才趋于安定。
不过，罗佩金和刘存厚都未遵照命令卸职北上，川、滇两军也仍旧在省城外好多地区时打时停，刘存厚不久又回到成都，在城外设置军司令部，把以前对付罗佩金那一套来对付戴戡。这样一来，川、黔两军又爆发了战火，成都人民又一次受到严重的战争灾难。川、黔军开火是7月5日夜半3时开始的，这时正是张勋在北京复辟政变，张勋的伪谕中任命刘存厚为“四川巡抚”。7月3日戴戡在成都皇城的督军署召开军事会议，邀刘存厚出席表明对北京政变的态度，一面派兵把守电报局，检查一切邮电。刘存厚派代表吴绍良出席了会议，要求督军署先撤去电报局的检查员，戴予以拒绝，并提出驻省川军应该移川北，吴绍良代表刘存厚不予接受。7月4日刘存厚所部川军从邻近成都一带的防区，源源开到省城北门外，第二天晚上川、黔军遂告开火。
这真是妙极了，两个月前川、滇军火并时，黔军守中立，袖手旁观，川、滇双方互相指责对方是“祸首”；现在川、黔军又开火了，黔军取代了滇军的地位，而滇军也作壁上观，戴戡说是刘存厚所部首先炮轰督署，刘则说是黔军首先开炮轰城外川军。戴坚称刘已接受张勋的伪命，刘则说绝无其事，因刘的电报被扣留不发，因此使自己立场不为各省所了解。
川军师长周道刚、熊克武也正如以前川、滇军战事爆发时一样，在川、黔军战争中采取了中立态度，他们于7月7日发出阳电云：
“本月六日渝电局报称：麻日午前三时，成都川、黔两军发生冲突，江门一带火势甚烈，枪炮声不绝。次日接贵阳刘督军鱼日电开：顷得成都戴督军电开，刘存厚甘受伪职，已带兵围成都，戡誓死不降逆、不叛国，祈飞电各省等语。昨晚（六日）十一时，炮声忽起，北门火光烛天，炮弹均向督、省二署乱射。炮声隆隆，至今未息。街断行人。……据戴督电传，则指刘存厚附逆，然据积之（刘存厚号）电称，又系拥护共和。兹拟由刚等及顾、赵（滇军）、钟（川军）三师长酌带卫队，兼程赴蓉（成都），公评是非，共谋解决；先在资州会齐，再为前进。若积之果系附逆，自应一致讨除，否则言归于好，速筹北伐。川中秩序，仍由戴兼督军主持一切。所有滇、黔军队，务恳唐、刘两督军立饬停止前进，免滋误会。……先后得顾、赵、钟三师长复电表示赞同，道刚等决于蒸日（十日）起程西上。”
川军师长周道刚、熊克武发表通电，联合川、滇将领发起武装调停。贵州督军刘显世正如以前唐继尧出兵援助罗佩金一样，准备派三个梯团入川援戴，同时接二连三地通电痛斥刘存厚的叛变行为。
滇军罗佩金率部退驻川南，他也像以前的戴戡一样，发表青电请各军各驻原防不得移动，并以调人自居。唐继尧则警告刘存厚离开四川，出兵北伐，否则将令罗佩金进兵成都先平川乱。唐继尧很想借川、黔军火并而乘机恢复滇军控制四川的局面。所以云南方面的军火源源不断地由昭通运到叙府来。
北京方面仍想派吴光新带兵入川平乱，借以达到北洋派控制四川的目的。进步党（研究系）则千方百计想维持戴戡，同时解决成都的兵乱。
四川和贵州两省省议会和两省国会议员也都根据地方观念，发出相对控诉和呼吁。
川、黔军的战争从7月5日到17日，前后共打了12天。7月6日起黔军被围在皇城内，由英、法领事从中调停，戴戡愿意率部退出成都。13日川军开放南门让黔军退走，黔军疑有伏兵，在掠夺南门粮食后，仍然退回皇城，固守待援。17日戴戡把督军和省长的印信咨交省议会保管，然后向南门突围。
滇军罗佩金同意参加周道刚和熊克武所吁请在资中召开的调停会议，宣称干7月13日带兵西上。周道刚则于7月15日由重庆赴资中主持调停会议。